Станица Екатерино-Никольская Амурского казачьего войска основана в 1858 г. забайкальскими казаками.
Из описаний С. Максимова «На Восток»: «На берегу Амура пропасть ребятишек: шум, смех и громкие, звонкие разговоры: подбирают разбросанные кули с семенным хлебом. Станица обещает многолюдство; два съезда – некоторый род хозяйственного благоустройства. И действительно – станица глядит приветливо и весело. Недаром ходят слухи, что на этом месте хотят выстроить город…»
В Списке населенных пунктов Амурской области за 1859 г с указанием количества дворов и числа жителей в них, в станице 134 двора, 809 жителей, деревянная церковь. В других источниках говорится, что строительство церкви закончилось в 1863 году.
В первой метрической книге Екатерино-Никольской церкви 1860 г. записаны фамилии: Журавлевы, Пасмуровы, Подкорытовы, Лалетины, Свадковы …
В 1860-х гг. в Екатерино-Никольской Горный инженер Николай Павлович Аносов арендовал жилье у местных жителей. В период годового вынужденного затишья своей деятельности купил в станице дом, а убывая на Верхний Амур, подарил его местной казачке из зажиточной семьи. Близким кругом общения Аносова были сотник станицы, семья священника Павла Петрова Миротворцева и студент, занимавшийся разведением скота. Возможно, этот студент был сыном казачки, которой Аносов подарил дом.
Первыми купцами станицы были красноярский купец Кузнецов и верхнеудинский купец Курбатов. Одновременно с этим коммерсантами открыла торговлю Амурская компания, возникшая по мысли графа Н. Н. Муравьева-Амурского, в первые два года имевшая магазины только в Благовещенске, Албазине и Екатерино-Никольской. Из Сборника статей Сельского вестника о Сибири и переселении. 1897 г.: «…Льнов на Амуре сеют мало, и то только переселенцы из северных губерний, так как женщины южных русских губерний ткать и прясть не умеют. Одеваются поэтому все в покупной ситец, который стоит тут очень дорого: в с.Екатерино-Никольском на Амуре ситец простой – 12 и 15 коп.аршин, а красный 17 и 25 коп; а чуть подальше от Амура – на все цены еще выше…»
В 1895 г. Екатерино-Никольская школа, построенная в 1863 году, была отмечена инспекторами, как одна из лучших в Амурской области. В школьной библиотеке было 69 наименований книг в 80 томах, в библиотеке церковно-приходской школы было 508 наименований книг в 996 томах.
В Епархиальных ведомостях от 30 апреля 1900 был опубликован список представителей попечительского совета от прихожан Екатерино-Никольской церкви: Афанасий Матафонов и Ермил Кибирев; Пузиновский урядник Иоанн Ядрищенский и приказный Павел Дутов.
К 1911 г. в станице 1697 жителей, церковь, почтово-телеграфная контора, хлебозапасный магазин, контора судоходной дистанции, таможенная застава, станичное правление, мировой судья, начальник 3-го участка округи, участковый врач и ветеринар. В станице расположен штаб Амурского пешего казачьего полбатальона, перемещенный сюда в 1888 году из Михайло-Семеновской станицы и первоочередная сотня.
Ко времени образования станицы между станицей и возвышением, на котором строилась церковь, еще были замечательно сохраненные следы трех рвов, два из которых с насыпными возвышениями, шли от станицы и круто, под прямым углом, поворачивали в Амур и оканчивались на его берегу. Напротив них был третий ров, который почти правильным квадратом ограничивал площадку сажен в десять-двенадцать. Внутри этой площадки были глубокие и хорошо сохранившиеся следы ям – места землянок. Подробности земляных работ тождественны с работами Албазина и видимо производились под одними и теми же условиями, по одному и тому же закону, но к 1891 году от них не осталось и следа. После наводнения 2013 г. в Екатерино-Никольском обнажилась странная кладка из камня, исследование которой может дать толчок для проведения археологических работ и раскрыть новую страницу в истории Амура.
Считается, что станица названа в честь жены Н.Н. Муравьева-Амурского, Екатерины Николаевны. До крещения имя этой женщины, француженки по происхождению – Элизабет Буржуа де Ришмон. Супруга Муравьева-Амурского была участницей первых сплавов по Амуру в середине XIX в. и даже стала невольной участницей событий в заливе Де-Кастри, пережив одну из атак английской эскадры.
Имя - Екатерина,возможно дано новокрещенной жене графа Муравьева-Амурского в соответствии с святцами по имени святой Екатерины, покровительнице жен казачьих. Возможно так. Но дата принятия крещения неизвестна, как и место крещения, и потому утверждать, что жена Муравьева наречена Екатериной в соответствии со святцами, некорректно. Отчество ей было дано по имени или по отчеству самого Николая Николаевича Муравьева-Амурского – Николаевна. Что ж, красивый и благородный жест. Но если обратиться к истории семьи Николая Николаевича, то момент о присвоении имени станице Екатерино-Никольской приобретает другие краски. Дело в том, что мать Муравьева-Амурского звали Екатериной Николаевной. Она умерла, когда будущему генерал-губернатору Восточной Сибири было всего 10 лет. Исходя из этого, предполагаю, что имя своей жене Николай Николаевич выбирал сам, а название станицы Екатерино-Никольской, хоть и имеет официальную версию о присвоении ей названия по имени-отчеству жены Муравьева-Амурского, но всё равно отсылает нас к его матери – Екатерине Николаевне Муравьевой в девичестве Мордвиновой.