В Сибири войско Ермака разгромило силы хана Кучума в урочище Бабасан и у Караульного Яра, овладело улусами мурз Карачи и Атика. 26 октября 1582 года в решающем сражении у Чувашского мыса в устье реки Тобол, где противник устроил засеку, Ермак нанес поражение войску Кучума, которым командовал Маметкул. Вскоре казаки вступили в столицу Сибирского ханства – Искер, покинутую Кучумом. В декабре 1582 года на реке Вагай казаки взяли в плен и отправили в Москву Маметкула. Утвердившись в Искере, Ермак стал приводить к присяге на верность царю Ивану Грозному местное население и взимать с него дань (ясак) в пользу русского государя. Тогда же в Москву были отправлены казаки с сообщением о завоевании Сибирского ханства, которые в том числе доставили ясак: 60 сороков соболей, 20 – черных лисиц, 50 – бобров.
Весной 1583 года из Москвы в Искер с отрядом из 300 стрельцов был направлен князь Семен Дмитриевич Болховской (Болховский) с письменным головой стольником Иваном Глуховым – первые официальные представители государственной власти в завоеванном Сибирском ханстве. Зимой 1583-1584 года князь и большая часть стрельцов погибли в Искере от голода и болезней, так как для них вовремя не было доставлено продовольствие. В это время казаки Ермака совершили поход по Иртышу и Оби, подчинив обширную территорию. Откочевавший от хана Кучума мурза Карача убедил Ермака отправить ему на помощь небольшой отряд в 40 казаков во главе с Иваном Кольцо, который он уничтожил, а затем осадил Искер. Ермак смог отстоять Искер, его казаки нанесли крупные потери противнику.
6 августа 1585 года близ устья реки Вагай Ермак с небольшим отрядом принял ночной бой с врагами. В этом бою атаман погиб. Узнав о гибели своего предводителя, оставшиеся казаки Ермака (90 человек) вместе с немногими уцелевшими стрельцами, возглавляемые Иваном Глуховым, вернулись через Уральские горы в пределы владений Строгановых. По легенде, тело Ермака было обнаружено рыбаком через неделю после его гибели. Посмотреть на тело атамана съехались мурзы и Кучум, которые несколько дней стреляли в него из луков и пировали. Одежда, кольчуги и вещи Ермака были поделены между торжествующими. Местных жителей поразило, что тело атамана, месяц пролежавшее на воздухе, не начало разлагаться, они посчитали это признаком святости и похоронили Ермака на почетном месте у мусульманского Баишевского кладбища, рядом с Епанчинскими юртами (современная деревня Баишево Вагайского района Тюменской области), где находились астаны (могилы) почитаемых ими мусульманских святых. Ремезовская летопись сообщает об этом событии так: «…и погребли по своему обычаю на Баишевском кладбище под украшенной сосной. А панцири его разделили пополам: один отдали в дар Белогорскому идолу, а взял его князь Алач…2-й отдали Кайдаулу мурзе. Кафтан же взял Сейдяк царь, а пояс с саблей дали Караче. И собрали абызам на поминки 30 быков, 10 баранов и начали совершать жертвоприношения по своему обычаю…». Согласно легенде, вскоре могила Ермака стала популярной среди окрестных племен: к ней шли за исцелениями. Внук Кучума Аблай-Гирей, взятый в плен в 1635 году, рассказывал о том, что он сам лечился землей, взятой с могилы атамана, и всегда имел эту землю при себе, так как верил в ее чудодейственную силу. Он же сообщил, что мусульманское духовенство, недовольное открывшимся паломничеством к могиле Ермака, скрыло ее, взяв с местных жителей клятву, что больше о ней никто не узнает.
В 1621 году первый епископ Сибири Киприан повелел имена Ермака и казаков, убитых при покорении Сибири, записать в синодик соборной Софийской церкви в Тобольске (синодик «ермаковым казакам») и заповедовал каждый год в неделю Торжества Православия в соборе возглашать им вечную память. Исследователи считают, что епископ Киприан планировал канонизировать атамана и сделать его местночтимым святым Тобольской епархии. В 1636 году, в связи с вопросом о канонизации Ермака, написал свою летопись Савва Есипов, служивший дьяком при архиепископе Сибирском и Тобольском Макарии. Однако, церковная канонизация Ермака в 17 веке так и не состоялась. В начале 20 века вновь вставал вопрос о возможной канонизации Ермака, была создана инициативная группа, которая начала собирать необходимые материалы, но начавшаяся Первая Мировая война, революции и Гражданская война остановили этот процесс. Уже в наше время, в 2017 году представители общественной организации «Казаки Сибири», собравшись в Барнауле, предложили канонизировать Ермака. В 14 городах Российской Федерации сегодня есть памятники этому знаменитому атаману. Во многих российских городах есть улицы, названные его именем. Есть улица Ермака и в нашем городе.
В то время, как ермаковцы покидали Сибирь, сюда прибыл отряд стрельцов воеводы Ивана Алексеевича Мансурова, не обнаруживший ни администрации князя Болховского, ни русского воинства. Перезимовал у места слияния Оби и Иртыша и подчинив остяков, весной 1586 года Мансуров вернулся из Сибири. В том же 1586 году в Сибирь прибыл отряд из 300 стрельцов воевод Василия Борисовича Сукина и Ивана Никитича Мясного, которые рядом с Чинги-Турой построили Тюменский острог – будущий город Тюмень и стали подчинять земли по рекам Туре, Пышме, Исети, Тавде и Тоболу. Тюмень была поставлена на древней караванной дороге из Средней Азии в Поволжье, которая теперь контролировалась русскими воеводами.
В 1587 году с отрядом из 500 стрельцов в Сибирь прибыл воевода Данил Григорьевич Чулков, в 17 километрах от Искера, на месте впадения Тобола в Иртыш он построил Тобольский острог – будущий Тобольск. Город был основан в праздник Святой Троицы, вероятно, поэтому первой городской постройкой стала Троицкая церковь, а мыс, на котором расположился город, был назван Троицким.
После гибели Ермака и ухода из Искера и возвращения за Урал остатка русского воинства в Искере обосновался Сейдяк – сын погибшего Бекбулата, нашедший поддержку у Казахского ханства. Для защиты Сейдяка прибыл казахский отряд с Ураз-Мухаммедом – старшим сыном султана Казахского ханства Ондана. Вероятно, чувствуя свою слабость, Сейдяк не пытался воевать с Кучумом или войском Русского государства. В 1588 году Сейдяк, Ураз-Мухаммед и мурза Карача были взяты в плен воеводой Чулковым и отправлены в Москву. Бывшая столица Сибирского ханства город Искер окончательно опустел, был заброшен и разрушился, отчасти подмываемый Иртышом. Ныне историческая территория городища практически смыта рекой.
В 1590 году в Тобольске воеводу Чулкова сменил воевода боярин Владимир Васильевич Кольцов-Мосальский. В это время Тобольск сделался центром Тобольского разряда (разрядами назвались крупные административно-территориальные единицы), в состав которого вошла территория Западной Сибири, на тот момент находившаяся в составе Русского государства. Русские источники конца 16- начала 17 веков называют Тобольск первенствующим, столичным городом Сибири. Управление Сибирью переходит в ведение Посольского приказа.
Кольцов-Мосальский сумел привлечь на русскую службу большое количество сибирских татар, недовольных насилием Кучума, прячущегося от русского войска и мстящего местному населению, принесшему присягу Русскому государству. Опираясь на служилых татар и собственные гарнизоны, воевода настиг Кучума на реке Ишим и взял в плен и отправил в Москву его сына Абдул-Хаира и двух жен. Кучум бежал в Барабинскую степь – на территорию современной Новосибирской области.
Конец 16 века – время окончательного закрепления Русского государства в Югре. В 1593 году воевода Никифор Васильевич Траханиотов построил Березовский острог на реке Северная Сосьва, в 42 километрах от Оби – город Березов, превратившийся в современный поселок Березово в Ханты-Мансийском автономном округе Тюменской области. В 1594 году воеводой Федором Петровичем Барятинским – Борцом на берегу Оби, в центре Западно–Сибирской равнины был основан Сургутский острог – современный город Сургут. В 1595 году русскими казаками на берегу Оби при впадении в нее реки Полуй был построен Обдорский острог, на месте которого сегодня расположен полярный город Салехард. В 1596 году на берегу Оби, рядом с впадением в нее реки Кеть казаки построили Нарымский острог, который затем был известен как город Нарым, современное село в Парабельском районе Томской области. В 1601 году на реке Таз в месте впадения в нее реки Мангазейки была основана Мангазея – первый русский заполярный город в Сибири, ставший опорным пунктом для продвижения казачьих отрядов вглубь Восточной Сибири, за пределы Югры.
В 1594 году на реке Тара воеводой князем Андреем Васильевичем Елецким был построен Тарский острог (современный город Тара в Омской области). В том же году воевода Елецкий штурмом взял Черный городок, основанный сыном Кучума Алеем, и пленил собравшихся в нем князьков, мурз и есаулов – союзников Кучума. В 1595-1596 годах тарские воеводы нанесли поражение Кучуму в устье реки Оми и окончательно изгнали хана из Прииртышья.
В 1596 году управление Сибирью переходит из Посольского приказа в отдельный орган – четь дьяка Вахрамея Иванова, находившийся под началом боярина Бориса Федоровича Годунова, шурина царя Федора Ивановича – сына Ивана Грозного, последнего представителя московской ветви династии Рюриковичей.
К 1597 году относится переписка между царем Федором и его воеводами и Кучумом: царь склонял Кучума закончить военное противостояние и перейти к нему на службу, как это сделали сын и племянник Кучума Абдул-Хаир и Маметкул. Кучум не согласился. В 1598 году царь Федор умер, в Москве был собран Земский собор, который избрал царем Бориса Годунова. 1 августа 1598 года тарский воевода боярин Андрей Матвеевич Воейков получил от царя Бориса Годунова грамоту, которая предписывала начать и возглавить новый поход против Кучума силами тарских, тобольских и тюменских служилых людей. Руководствуясь этой грамотой, 4 августа 1598 года войско Воейкова и второго тарского воеводы князя Ивана Владимировича Кольцова-Мосальского выступило из Тары. Войско составляли 397 казаков и юртовских татар, три сына боярских, три атамана и татарский голова Иван Александров по прозвищу Черкас (начальник татарского отряда московской службы) – всего 406 человек (по другим данным – 700 русских и 300 татар). Примечательно, что в походе участвовали и люди из дружины Ермака, вернувшиеся в Сибирь. Разведка установила место стоянки Кучума – устье реки Ирмень на современной территории Ордынского района Новосибирской области. С восходом солнца 20 августа 1598 г. развернулось сражение. Первыми начали атаку на ставку хана служилые татары, следом за ними двинулись конной лавой казаки и взяли неприятеля в полукольцо. Ставка Кучума была взята приступом, остатки ханских воинов были прижаты к Оби. О самой битве Воейков сообщал: «И пришел, государь…на Кучума царя августа в 20 день, на солночном восходе и бился с Кучумом до полдень; и Божиим милосердием …». По донесению Воейкова, в бою погибли брат и двое внуков Кучума, 6 князей, 15 мурз и 300 воинов. В плен попали 5 младших сыновей хана, 8 жен из его гарема, 5 приближенных хана, 150 воинов. «…да сто, государь, потопло на Оби реке, как оне поплыли за Обь-реку, и твои…царевы…люди их побивали из пищалей и из луков; да пятьдесят…человек служилых взяли живых, и я…повелел их побить, а иных перевешать». Кучум с отрядом в 50 воинов успели вырваться и «поутекали с бою». 70 казаков атамана Третьяка Жареного с сыном боярским Глебовым настигли и уничтожили ханских воинов, однако, Кучума среди них не оказалось. Всего убитыми хан Кучум потерял более 350 человек. Из людей воеводы Воейкова было убито и ранено около 50 человек. Покончив с остатками разбежавшихся по окрестностям кучумовцев, 25 августа 1598 года Воейков со своим войском, пленными и добычей двинулся прежней дорогой назад в Тару. В 1599 году попавшая в плен семья Кучума была доставлена в Москву, где к тому времени успела обосноваться другая часть семьи хана, попавшая в плен ранее. Члены семьи Кучума, попавшие в Москву, были известны как царевичи и князья Сибирские, многие из них впоследствии отличились на воинской службе, со временем все они приняли православие и пополнили российское дворянство.
В результате разгрома хана Кучума в Ирменском сражении владычество Кучума было полностью утрачено. Страх перед Кучумом покинул местное население и поддержки от него хану ждать уже не приходилось. Ясак ему больше не несли, и даже появилась угроза, что и самого хана теперь могли схватить и привести в Тару, ожидая от царских воевод за это награду. От Кучума отошли и приягнули на верность русскому царю последние его данники – барабинцы, отвернулись союзники – чаты. И хотя царевич Али сразу после смерти отца был провозглашен ханом, однако, Сибирское ханство перестало уже существовать фактически, а после смерти последнего сына Кучума - и номинально. Внуки Кучума – Кучумовичи, в союзе со степными народами тревожившие сибирские пограничные волости, воспринимались народами Западной Сибири уже однозначно как разбойники. Оставшись один и утратив всякую власть, Кучум кочевал около озера Зайсан. Затем он решил вернуться в ишимские степи, где надеялся найти разбросанных по разным местам родственников и улусных людей и укрепить свое положение. По сведениям из одних источников, Кучум и его соратники были убиты калмыками на реке Нор-Ишим у озера Каргальчина, по другим – ногайцами, по третьим – каракалпаками, по четвертым – хан погиб в стычке с бухарцами.
Евгений Терентьев