В 1574 году, воевода Иван Нагой с отрядом стрельцов и конных казаков построил на реке Уфе небольшое укрепление, ставшее в будущем оплотом русского влияния в богатом Приуральском крае, Уфимский острог.
В 1584 году казаки Уфимского острога участвовали в походе для усмирения волнений башкир. Это первое упоминание о деятельности уфимских казаков. Также существуют сведения, что уфимские городовые казаки в 1635 году «участвовали в защите города Уфы от сибирских татар и калмыков и пленении сибирских царевичей Аблая и Тевкея…». Первые точные данные о численности уфимских казаков относятся к 1681 году. В окладной расходной росписи денежного и хлебного жалованья за тот год показано: "Уфимским конным казакам 165 человекам по 7 рублей, итого 1155 руб". Всего в это время в Уфе служили 107 детей боярских, 754 стрельца, 165 казаков. За длительное время сложилась казачья община численностью в несколько сотен человек.
В 1719 году Казанская губерния была разделена на 4 провинции, среди которых была и Уфимская провинция. Население Уфимской провинции в большинстве своем составляли башкиры. Башкир притесняли и губернские власти, и местные царские чиновники и представители церкви, но башкиры являлись поставщиками легкой кавалерии в русскую армию. И иногда их выслушивали.
В 1728 году башкиры составили челобитную, выбрали из своих рядов наиболее достойных людей и отправили их в Санкт-Петербург к Петру II, в челобитной указали на все притеснения со стороны властей. Император вник в их просьбы и назначил к ним в Уфимскую провинцию воеводу; бригадира (воинский чин в то время: выше полковника, но ниже генерал-майора) Петра Батурлина. А что бы оградить башкиров от произвола и мести губернских чиновников, выделил Уфимскую провинцию из подчинения Казанской губернии и напрямую подчинил сенату.
По своему положению бригадир Бутурлин приравнивался к губернатору. И все нерегулярные формирования из казаков, служилых татар и башкир, расположенные на территории Уфимской провинции, стали называться Уфимским нерегулярным войском, с непосредственным подчинением воеводе. Провинция была разделена на 4 дороги (дорога, административно-территориальная единица в Русском государстве в конце 16 — конце 18 веков на землях башкир, татар и других народов проживавших в Поволжье). Каждая дорога занималась административно хозяйственной деятельностью и кроме того, осуществляло сбор конных башкир в состав русской армии и для несения службы на пограничных (порою до трех тысяч конников) оренбургской и сибирской линиях, и для выполнения других различных обязанности, которые возлагали на них. Население городов и пригородов составляли казаки и служилые татары.
В Уфе несли службу 150 казаков (включая одного атамана, одного сотника и одного писаря), которые состояли на жаловании у государства (вскоре были переведены в Оренбург в состав Оренбургского нерегулярного корпуса) и несколько сотен казаков несли службу без жалования. В крепостях Ельдяцкая, Табынской, Красноуфимская и Нагайбацкая, которые входили в провинцию, должно было быть по штату более 1100 казаков, назначенных служить без жалованья, (в том числе 4 есаулов, 4 сотников, 4 хорунжих и 4 писарей). Кроме службы на пограничной линии, казаки несли внутреннюю службу и внешнюю. Внутренняя служба была караульной, конвойной, полицейской, почтовой и подводной. Казакам приходилось участвовать в розыске и поимке беглых, сопровождении колодников, охране государственных транспортов, содействии администрации в сборе налогов и податей.
С 1733 года, Уфимская провинция переподчиняется Казанской губернии, и власть уфимского воеводы несколько ограничивается. Однако уже со следующего года, когда в Уфу прибыла Оренбургская экспедиция, фактически все управление краем сосредоточилось в канцелярии экспедиции.
Казачьи гарнизоны городов и крепостей активно привлекались местными властями и для выполнения охранных функций. Гарнизон Красноуфимской крепости, построенной в 1735 году в верховьях р. Уфы состоял из пехотной роты и 300 служилых казаков. Эти казаки вместе с казаками Ельдяцкой станицы, на время разлива р.Уфы выставляли пикеты и разъезды для охраны барок с грузами.
В 1735-1741 годах уфимские и исетские казаки участвовали в подавлении башкирского восстания.
В 1747 году вспыхнули волнения мещеряков, тептярей и бобылей Уфимской провинции, недовольных обложением ясаком. На их подавление были брошены воинские отряды, в состав которых входили оренбургские и уфимские казаки.
В 1748 году Уфимской провинции числилось казаков 1250 казаков.
В 1781 году учреждено Уфимское наместничество, но границы Уфимской провинции и права воеводы были сохранены.
В 1787 году к Уфимскому нерегулярному войску были причислены торговые татары Оренбургской Сейтовой слободы, те кто пожелал.
В 1783 году уфимские казаки наряжались, для сопровождения из казенных винных магазинов (по несколько бочек) водки, в разные города губернии: Бирск, Мензелинск, Бугульму, Белебей, Бугуруслан, Стерлитамак, Бузулук, Верхнеуральск.
В 1792 году указом Екатерины II татары Подгородной Сейтовой слободы из числа крестьян, мещан и оставшиеся в купеческом звании татары были причислены (по желанию) в Уфимское нерегулярное войско (свыше 2000 человек).
В 1790 году из тептярей и бобылей был сформирован казачий полк.
В 1791 году казачий полк из тептярей и бобылей был назван Уфимским казачьим полком. 23 июля 1791 года 1-й полк был назван Уфимским казачьим. Первым командиром полка был армейский премьер-майор и полковник Войска Донского Яков Захарович Сычев. Законом «О разделении тептярского полка на два и о наполнении оных вновь избираемых из того же народа людьми.» в 1798 году полк был разделен на 2 полка; 1-й и 2-й Тептярские казачьи полки.
Как видим состав Уфимского нерегулярного войска был очень разнообразен. Кроме казаков очень большую часть составляли формирования из инородцев. При этом башкиры составляли явное большинство. Они выставляли порой несколько тысяч вооруженных человек в состав русской армии, до 1000 человек отправляли даже на Сибирскую оборонительную линию.
В 12 декабря 1796 года, наместничество переименовали в Оренбургскую губернию. Центром губернии остался город Уфа. В 1798 году Оренбургская губерния стала делиться на 24 кантоны. Уфимские казаки составили 3-й кантон. Башкиры были выделены в свои 11 кантонов.
В 1799 году вся внутригородская служба для уфимских казаков стала регулярной: им приходилось патрулировать город на предмет предупреждения пожаров, во время весеннего половодья эвакуировать обывателей из затапливаемых мест, охранять острог, цейхгауз, соляные склады и т.п.
В 1803 году было утверждено Положение об Оренбургском казачьем войске. Все казачьи кантоны Оренбургских казаков и Уфимский кантон были включены в состав Оренбургского казачьего войска. Об Уфимских казаках и об Уфимском нерегулярном войске, как об отдельных структурах больше не упоминалось.