В результате мирного договора между Речью Посполитой и Москвой в 1686 году, Польша признала все территориальные изменения, указанные в Андрусовском перемирии. Она отказалась от Левобережной Украины и Киева. За Киев поляки получили денежную компенсацию в размере 146000 рублей серебром. Рубль в то время весил 48 грамм серебра. Поляки получили около 7 тонн серебром, за город Киев.
Россия стала обладателем польских территорий на левом берегу Днепра. На этой, теперь уже российской территории, проживали в большом количестве казаки войска Запорожского, объединенные под властью гетмана, но в составе Российского государства. Войску была представлена широкая автономия. Во внутренние дела войска, если они не касались интересов России, царское правительство старалось не вмешиваться. Само Войско имело полковое административное деление. Полки в свою очередь делились на сотни. Полковые и сотенные командиры были выборными.
Количество полков и количество сотен в полках не было постоянным. Полки насчитывали от несколько тысяч до несколько десятков тысяч человек. Население на территории, занимаемой Войском, достигало временами 1.2 млн. человек. Казаков, находящихся на службе, согласно договору с царским правительством, было около 60000. Казаки войска были самой привилегированной частью населения.
Но среди казачьей старшины были недовольные своим положением, они мечтали о том, чтобы их статус уровняли с русским дворянством. Были среди гетманов мечтающие о независимом государстве и прилагали к этому свои усилия. Когда Петр I начал войну со Швецией, казачья старшина на Гетманщине внимательно следила за ходом этой войны.
Карл XII был талантливый военный и умный полководец, хорошо подготовился к предстоящей войне. Первоначально он нанес несколько поражений русской армии и у гетмана Мазепы и его окружения сложилось мнение, что Петр I проиграет войну. И Мазепа принял опрометчивое, как оказалось в последствии, решение перейти на сторону шведского короля. Всё закончилось для него полнейшим крахом. Более того, ни один полк малороссийских казаков за ним не последовал.
Петр I после победы над Швецией упразднил гетманство и создал Малороссийскую коллегию (прообраз сегодняшнего министерства) в 1722 году. В 1727 году Малороссийскую коллегию упразднили, но Петр II восстановил гетманство. В 1734-1750 годах деятельность гетманской администрации контролировала специально созданная Канцелярия Малороссийских дел при Сенате. В 1750 году гетманом был назначен К. Разумовский. Обстановка в Малороссии улучшилась, но, несмотря на то, что он был братом преданного Екатерине II, графа Разумовского, контроль снят не был. Правда, сменилось название органа контроля, контролировать деятельность гетмана стала Экспедиция Малороссийских дел при Сенате.
21 ноября 1764 года должность гетмана была упразднена и вся власть в войске перешла к президенту Малороссийской коллегии генералу П. Румянцеву. В ходе административно-территориальной реформы 1781-1782 годов, в границах войска были созданы три наместничества; Киевское, Новгород-Северское и Черниговское.
Всей старшине было пожаловано дворянство. И сепаратистские настроения на тот момент рассеялись. А из казаков было сформировано 10 регулярных полков.
Население бывшего войска было определено в крестьянское, мещанское и дворянское сословия. Но казаки, внесенные в свое время в реестр, были определены в специально созданное сословие - не войсковое казачество. Был разрешён вопрос о праве казаков на владение принадлежащей им земельной собственности. Казаки сохранили за собой некоторые права и привилегии, имели льготы по уплате налогов. Их призывали в армию не на 25 лет, а на 15 лет.
Правительство часто прибегало к переселению малороссийских казаков на Кавказ для увеличения численности казачьих войск, находящихся там. Пополняли малороссийскими казаками казачьи войска Оренбурга, Сибири, Дальнего Востока. По разным оценкам было переселено около 120000 казаков с семьями. Малороссийских казаков привлекали в случае необходимости, формируя из них конные полки для решения различных боевых задач.
В 1812 году в ходе войны с Наполеоном из малороссийских казаков было сформировано 15 полков в составе 8 эскадронов каждый.
Для подавления польского бунта 1830-31 годов было сформировано 8 казачьих малороссийских полков.
В 1832 году был принят именной указ, данный Сенату: "О обязанностях Малороссийских казаков относительно военной службы и прочих повинностей". В этом указе казакам Полтавской и Черниговской губерний за их заслуги перед Отечеством были дарованы льготы по военной службе и уменьшению повинностей. По военной службе был установлен срок службы 15 лет. Малороссийских казаков вместо рекрутской повинности, учредили ежегодный набор по пять человек с тысячи. Казаков определяли служить только в кавалерийские полки. Срок службы для казаков был установлен 15 лет (рекруты не казаки из других губерний служили 25 лет). Выбранные казачьим обществом люди снабжались трёхмесячным запасом провианта, жалованием по три рубля и деньгами на одежду. Офицеры малороссийских казачьих полков могли по желанию продолжить службу в регулярной кавалерии в прежних чинах.
В 1834 году был утверждён "Устав об управлении Малороссийскими казаками". Указом было утверждено, что надзор за благосостоянием Малороссийских казаков возложен на Малороссийского военного губернатора. Определён состав частного управления, Главная хозяйственная контора для Малороссийских казаков в Полтаве. Для местного управления утверждается "Попечительная контора" в городах, где будет признана необходимость в создании. В заведовании такой Попечительной конторы находилось от 35 до 40 тысяч казаков. В ведении такой конторы находились казачьи волостные правления численностью от 4 до 6 тысяч человек. Каждое волостное управление делилось на отделения, в состав которых были включены одно или несколько селений или хуторов. Были утверждены штаты этих административных образований.
7 мая 1855 года (для участия в Крымской войне) было сформировано шесть казачьих полков из малороссийских казаков. Полк состоял из 6 сотен, в каждом полку было 27 офицеров, 58 старших и младших урядников, 56 приказных и 875 казаков.
В мае 1863 года для подавления очередного польского бунта было сформировано три казачьих полка. Царское правительство в экстренных ситуациях использовало малороссийских казаков в качестве иррегулярных войск.
Малороссийские казаки Полтавской и Черниговской губерний относились к сословью казаков до 1917 года. В ходе гражданской войны они воевали в армиях всех политических режимов. После 1917 года казачье сословие было упразднено. На этом и закончилась славная история малороссийского казачества.