В сентябре 2013 года Саратовская православная духовная семинария вернулась в отреставрированное здание дореволюционной постройки на улицу Мичурина. На втором этаже возродили храм апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Его настоятелем стал игумен Варфоломей, проректор семинарии. В течение восьми лет под наставничеством Владыки Лонгина с большой любовью возрождалось здание семинарии и храм.
9 октября 2013года Митрополит Лонгин провел первую Божественную Литургию. Но предстояло ещё много сделать, чтобы храм стал таким, каким его хотели видеть создатели. Он поразил всех величественностью и красотой, сиянием и золотом краски. На куполе лики святых. С купола спускается огромное паникадило. Необыкновенно красивый иконостас. Кажется, что из алтаря на него проникают лучи солнца. Над вратами, ведущими в алтарь, святой дух, символ света и веры, как огромное солнце, яркий и лучистый. На аналое иконы праздничного дня. В течение года храм преображался, появились киоты с ликами святых, новые иконы. Обозначился клир с хором семинаристов. Иконы точно разместили по стенам храма.
На северной стороне храма с киота устремляют свои взоры 12 новомучеников и исповедников земли Саратовской. Они пришли к Иисусу Христу в пору гонений, чтобы засвидетельствовать Ему свою веру. Рядом икона «Андрей Критский и Мария Египетская». На большой иконе святой праведный Иоанн Кронштадский - великий угодник Российской земли, который одновременно собирал в храмы тысячи людей. Старинная икона Божьей Матери «Достойная есть». У нее просят помощи родным, близким. Рядом огромное распятие Иисуса Христа. На канон верующие ставят свечки святым и ушедшим в мир иной.
Иконы южной стороны. На киоте святой апостол и евангелист Иоанн Богослов, апостол любви, в честь которого назван храм. Следом икона Сергия Радонежского, одного из первых русских святых. Икона - дар Патриарха Кирилла во время освящения храма. Святой Сергий благословил Дмитрия Донского на битву за свободу и независимость от татаро-монгольского ига, одним из первых возродил веру в победу народа. Следом на киоте лики трех великих святителей христианства: «Василий Великий, Иоанн Златоуст, Григорий Богослов». Рядом большая емкость со святой водой. Замыкает южную сторону икона Николая Чудотворца, На Чудотворца верующие возлагают большие надежды. Справа от входа церковная лавка. Сюда прихожане несут записочки, покупают, свечи, акафисты, иконы и иконки.
Глава Русской Православной Церкви Патриарх Кирилл осенью 2014 года провел Великое освящение храма, что для всех верующих стало добрым знаком.
Храм объединил будущих священников и прихожан. В жизни семинаристов он занимает особое место. Здесь они учатся понимать богослужение, узнают богослужебный устав. Для прихожан становится вторым домом. Сюда идут с радостями и печалями, вопросами и проблемами. О своем месте в храме делится выпускник Иван: «Священнослужители - уникальные люди. В современном мире, полном искушений и плотских утех, они выбрали путь самопожертвования и служения Богу. Благодаря нравственному примеру жизни тех священников, которых я узнал, личному общению с ними, я решил остаться в Церкви и служить Богу и людям».
В апреле 2022 года игумен Варфоломей стал епископом Балаковским, настоятелем храма – игумен Серафим (Баранов), диаконом, вместо отца Тимофея (Улямаева) – отец Михаил (Федоров), его сменил диакон отец Григорий (Смочук).
Чтобы храм апостола и евангелиста Иоанна Богослова много лет хранил великолепие, его создатели вкладывали: большую любовь, душевное тепло, хорошие знания и умения. Их дело в надежных руках последователей. Ежегодно 9 октября, в день преставления небесного покровителя храма и семинарии, Иоанна Богослова – престольный праздник семинарии. В этом году 10 лет открытия храма Иоанна Богослова на улице Мичурина. На Божественной Литургии многолюдно: здесь преподаватели, сотрудники, студенты, выпускники семинарии, прихожане.