В начале 1990-х годов (точная дата в настоящее время уже неизвестна. Н.А.Александров упоминает 1990 год) вдова Кубышкина – Наталия Борисовна умерла. Никаких документальных источников об этом не сохранилось. Вновь осталась только легенда.
Согласно легенде, Карнеева приехала из Новосибирска в Болотное к своему сыну Алексею. В Болотном ей стало плохо и она внезапно скончалась. Другом семьи Кубышкиных всегда была Любовь Емельяновна Афанасьевская – она одна из первых узнала о смерти Наталии Борисовны. Алексей отправился в город в квартиру матери за ее документами и деньгами, на которые нужно было организовать похороны, а Любовь Емельяновна осталась в доме с умершей. Время шло, а Алексей не возвращался. Афанасьевская поневоле была вынуждена начать сбор денег на похороны Карнеевой среди болотнинцев, пожелавших принять участие в проводах в последний путь своей знаменитой землячки. В основном это были учителя школ, в которых она когда-то работала.
Уже когда Наталию Борисовну Карнееву похоронили, пришло известие, что в Новосибирске умер и ее сын Алексей.
Место могилы Наталии Борисовны на болотнинском кладбище в настоящее время неизвестно, как неизвестно, где в итоге был похоронен в Новосибирске Алексей Кубышкин.
Не совсем ясно также, что стало с имуществом Кубышкиных: оставались ли у них какие-либо родственники, к которым их имущество перешло по наследству, либо имущество это оказалось вымороченным и перешло в собственность государства.
Память о Кубышкине, тем не менее, продолжила сохраняться среди болотнинцев.
В 1990-х годах газета «Путь Ильича», переименованная затем в «Наши новости» периодически публиковала на своих страницах стихотворения и рассказы Кубышкина. О Кубышкине вспоминали и сотрудники газеты. Олег Бочков, много лет проработавший в ней, писал:
«Я знал Михаила Павловича, мне посчастливилось услышать из его уст оценки моих первых виршей. Надо сказать, к начинающим авторам он относился очень бережно, щадил самолюбие, ведь несли к нему стихи различного качества. Потом, когда я пришел работать в редакцию газеты «Путь Ильича» тридцать лет тому назад, застал там в качестве ответсекретаря Михаила Павловича».
Какое-то время в библиотеках района продолжались активные чтения произведений Кубышкина. В середине 1990-х годов традиция проведения их стала затухать.
В 2003 года в Болотнинском районном историко-краеведческом музее впервые после долгого перерыва вновь прошли Кубышкинские чтения, в которых приняли участие учителя и ученики Болотнинской вечерней школы, главный библиотекарь Центральной районной библиотеки Екатерина Петровна Ерышева и сотрудники музея. Директор музея Хомченко Тамара Николаевна в своем интервью корреспонденту газеты «Неделька» так пояснила возрождение чтений в музейном формате:
«…многие болотнинцы старшего поколения лично помнят Михаила Павловича как ответственного работника районной газеты «Путь Ильича»…а вот нынешнее поколение болотнинцев о таком писателе знают мало, многие слышат такую фамилию впервые…многие юные посетители с интересом слушают отрывки из рассказов Кубышкина…если хоть один из посетивших в дни Кубышкинских чтений школьников, потом придет в библиотеку и возьмет томик Кубышкина, я буду считать, что вся работа проделана не зря…».
В 2004 году фонды Болотнинского районного историко-краеведческого музея пополнились новыми источниками о жизни и творчестве Михаила Павловича Кубышкина и Наталии Борисовны Карнеевой. В бывшем болотнинском доме Кубышкиных на улице Октябрьская появились новые жильцы, которые обнаружили на чердаке дома документы, дневники, черновики произведений Кубышкина и Карнеевой, остатки семейного альбома Кубышкиных.
Обеспокоенные судьбой находки, соседи людей, обнаруживших архив Кубышкиных, оперативно связались с Болотнинским районным историко-краеведческим музеем, назвав адрес дома и попросив как можно скорее забрать эту находку.
Во многом благодаря этому сохраненному архиву Кубышкиных, нам стала чуточку известнее жизнь этой творческой семьи.
В 2019-2020 годах произведения Михаила Павловича Кубышкина и его жены Карнеевой Наталии Борисовны были впервые после весьма долгого перерыва переизданы.
В 2019 году по заказу Администрации Болотнинского района Новосибирской области Издательский Дом «Историческое наследие Сибири» переиздал целый ряд стихотворений, поэм и рассказов Михаила Павловича Кубышкина в книге «Агафониха». Книга вышла в серии «Писатели – земляки».
Через год, в 2020 году по заказу Администрации Болотнинского района Новосибирской области Издательский Дом «Историческое наследие Сибири» выпустил все в той же серии «Писатели-земляки» роман Карнеевой Наталии Борисовны «Решающий фактор» с частью дневников автора 1941-1944, 1964-1969 и 1970-1973 годов.
Евгений Терентьев