До 1946 года Андрей Андреевич Андреев оставался секретарем ЦК ВКП(б) и одновременно был заведующим сельскохозяйственным отделом ЦК. С 1939 по 1952 год занимал должность председателя КПК при ЦК ВКП (б).
В начале Великой Отечественной войны Андрееву сначала поручили обеспечить военные перевозки. С возникновением прямой угрозы захвата немцами Москвы 17 октября 1941 года Андреев, как и многие высшие партийные и советские руководители, был эвакуирован в Куйбышев (современный город Самара). На него возложили задачи ведения кадровой политики между Уралом и Волгой. Позже ему поручили сельское хозяйство страны (в 1943-1946 годах он возглавлял Народный комиссариат земледелия СССР).
В годы Великой Отечественной войны жена Андреева - Дора Моисеевна отвечала за размещение на востоке страны эвакуированных текстильных фабрик и за производство военного обмундирования.
После войны состояние здоровья Андреева ухудшилось. В ноябре 1945 года он сообщил Молотову и Маленкову: «Около года как у меня…стало ухудшаться состояние слуха…Я просто уже перестаю слышать разговорную речь, особенно на заседаниях…». Однако, на пенсию Андреева не отпустили. В марте 1946 года Андреев был убран из секретарей ЦК ВКП(б), но назначен заместителем председателя Совета Министров СССР по сельскому хозяйству, которым и оставался до смерти Сталина.
В 1948 году жена Андреева Дора Моисеевна Хазан-Андреева была арестована. Арест жены Андреева был произведен, видимо, для того, чтобы держать под дальнейшим контролем самого Андреева. Аресты жен ведущих партийных и советских деятелей в то время не были единичными случаями. Например, в 1949 году была арестована жена министра иностранных дел СССР В.М.Молотова – Полина Жемчужина (Перл Карповская), которую обвинили в том, что она «на протяжении ряда лет находилась в преступной связи с еврейскими националистами». В 1937 году по обвинению в шпионаже и в попытке отравить своего мужа была арестована Ольга Стефановна Михайлова – жена знаменитого маршала, героя Гражданской войны Семена Михайловича Буденного. В 1938 году по обвинению в троцкизме была арестована Екатерина Ивановна Калинина (Лорберг) – жена председателя Президиума Верховного Совета СССР, «всесоюзного старосты» Михаила Ивановича Калинина. В том же 1939 году по обвинению в троцкизме была арестована и Бронислава Соломоновна Металликова-Поскребышева – жена Александра Николаевича Поскребышева – заведующего особым сектором ЦК, работавшего непосредственно в аппарате Сталина. Высокопоставленные мужья легко соглашались с арестами своих жен и продолжали так, как будто ничего не случилось, осуществлять свои государственные обязанности. Из всей партийной верхушки того времени за свою жену посмел заступиться лишь нарком обороны СССР Климент Ефремович Ворошилов: в 1937 году невзирая ни на какую опасность лично для себя, он оказал вооруженное сопротивление сотрудникам ОГПУ, пришедшим арестовать его жену – Екатерину (Голду) Давидовну Ворошилову (Горбман). Этот поступок Ворошилова никак не отразился в дальнейшем на его политическом статусе и карьере. Чету Ворошиловых больше никто никогда не беспокоил.
Примечательно, что Андреев Андрей Андреевич, пока его жена находилась в заключении, закрутил роман с обслугой на одной из дач Политбюро – Зинаидой Десятовой. Этот роман имел последствия, Десятова успела родить Андрееву двух дочерей, но затем она была вынуждена покинуть кремлевскую дачу и устроиться работать на завод.
В начале 1950-х годов у Андреева вновь обострились проблемы со слухом. Так как никакие процедуры Андрееву не помогали, было решено в Политбюро его больше не оставлять. В октябре 1952 года Сталин заметил: «Относительно уважаемого Андреева все ясно, совсем оглох, ничего не слышит, работать не может, пусть лечится».
Историк Серго Микоян, рассматривая этот эпизод из жизни Андреева, отмечал: «Уйти с работы в Политбюро можно было только в мир иной. Единственный, кто сумел это сделать и не погибнуть – Андрей Андреевич Андреев. Это стало возможным, потому что он потерял слух. Носил слуховой аппарат. Но они тогда очень мало помогали…Сталин его отпустил на покой – в Верховный Совет…не тронув. Другого такого случая я не знаю».
После смерти Сталина 15 марта 1953 года Андреев начал терять свое влияние в партийных и советских органах страны.
С 1953 по 1962 год он являлся членом Президиума Верховного Совета СССР, где уже играл лишь декоративную роль. В 1957-1962 годах был председателем Общества советско-китайской дружбы, этот пост также был, хоть и почетным, но незначительным.
6 ноября 1961 года в возрасте 67 лет умерла жена Андреева Андрея Андреевича – Дора Моисеевна. Она была похоронена на Новодевичьем кладбище.
В 1962 году Андреев назначается советником при Президиуме Верховного Совета СССР и становится персональным пенсионером союзного значения. Андрею Андреевичу была установлена пенсия в размере 450 рублей, за ним сохранили право пользования центральной поликлиникой и столовой лечебного питания, дачей № 4 в поселке Архангельское с обслуживанием, а также право пользования автомашиной за счет государства.
За время своей долгой политической карьеры Андреев трижды избирался депутатом Верховного Совета СССР по Ашхабадскому избирательному округу Туркменской ССР и дважды избирался депутатом Верховного Совета РСФСР по Новосибирскому избирательному округу.
За годы своей работы он был награжден четырьмя орденами Ленина, орденом Октябрьской Революции и многими медалями.
Андрей Андреевич Андреев умер в возрасте 76 лет 5 декабря 1971 года в Москве и был похоронен на Новодевичьем кладбище – напротив могилы Доры Моисеевны Хазан-Андреевой. Согласно воспоминаниям Анастаса Микояна, в своем завещании Андреев написал, что не хочет быть похороненным в Кремлевской стене, хотя, как занимавший до этого должность секретаря ЦК ВКП(б), он имел на это полное право. Из старых большевиков в последний путь бывшего соратника Сталина пришел проводить Петр Поспелов, когда-то считавшийся главным партийным идеологом.
Таким был партийный и советский деятель СССР Андреев Андрей Андреевич, именем которого болотнинцы хотели в 1943 году назвать свой город.
Евгений Терентьев