Глава 20. Как доктор Фаучи продал свою бессмертную

Глава 15. Как доктор Фаучи продал свою бессмертную душу Дьяволу.

И стал, так сказать, современным доктором Фаустом, а также о том, как в УИВ проводились рискованные эксперименты по усилению функции(GOF), которые реально могли привести к созданию коронавируса SARS-CoV-2, рассказывается в статье Юрия Дейгина "Гром из Китая" в журнале Inference(том 6, №4/ февраль 2022)

Гром из Китая

Юрий Дейгин

27 августа 2021 года Управление директора национальной разведки опубликовало краткое изложение оценки разведывательного сообщества США о происхождении COVID-19.1 Четыре вовлеченных агентства и Национальный совет по разведке оценили “с низкой уверенностью, что первоначальная инфекция SARS-CoV-2, скорее всего, была вызвана в результате естественного контакта с животным, зараженным им или близким вирусом-предшественником”2.

Одно из агентств — позже сообщенное как ФБР 3 — оценило “с умеренной уверенностью, что первое заражение человека SARS-CoV-2, скорее всего, было результатом инцидента, связанного с лабораторией, вероятно, связанного с экспериментами, обращением с животными или отбором проб Уханьским институтом вирусологии”.

“Эти аналитики, ” продолжалось в резюме, “ придают значение изначально рискованному характеру работы с коронавирусами”4.

По данным Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), в настоящее время зарегистрировано более 360 миллионов подтвержденных случаев заболевания COVID-19, что привело к более чем 5,6 миллионам смертей во всем мире.5

Вопросы о происхождении COVID-19 представляют не только академический интерес.

От хозяев животных

Зооноз считается стандартным объяснением вспышки любого нового инфекционного заболевания. В двадцатом веке произошел ряд пандемий, почти все они зоонозного происхождения. Единственным известным исключением является пандемия гриппа H1N1 1977 года, которая была вызвана недостаточно ослабленным кандидатом на вакцину, который ускользнул либо из лаборатории, либо из клинических испытаний6.

Ряд вспышек заболеваний начался в Юго-Восточной Азии после зоонозных скачков: азиатская пандемия гриппа (1957), которая возникла в Китае; пандемия гриппа в Гонконге (1967); и вспышка птичьего гриппа (2005), о которой впервые сообщили во Вьетнаме. Первая вспышка коронавируса SARS (тяжелый острый респираторный синдром) началась в Китае в 2002 году и заразила более 8000 человек по всему миру в период с 2002 по 2003 год, а также еще десятки людей в 2004 году после нескольких утечек из лабораторий.

В статье 2007 года для журнала Clinical Microbiology Reviews группа вирусологов из Университета Гонконга выпустила четкое предупреждение:

Наличие большого резервуара вирусов, подобных SARS-CoV, у подковообразных летучих мышей, вместе с культурой поедания экзотических млекопитающих на юге Китая - это бомба замедленного действия. Не следует игнорировать возможность повторного появления атипичной пневмонии и других новых вирусов от животных или лабораторий и, следовательно, необходимость обеспечения готовности.7

Подковообразные летучие мыши, род Rhinolophus, являются естественным резервуаром для сотен штаммов коронавируса, тесно связанных с вирусом атипичной пневмонии.8

Как только началась вспышка SARS-CoV-2, вирусологи быстро пришли к выводу, что пандемия почти наверняка имеет естественное происхождение. В феврале 2020 года, всего через месяц после публикации генома SARS-CoV-2, команда, возглавляемая Кристианом Андерсеном, иммунологом из Исследовательского института Скриппса в Калифорнии, опубликовала препринт, а затем статью в Nature Medicine под названием “Ближайшее происхождение SARS-CoV-2”9.Они утверждали, что если бы SARS-CoV-2 был спроектирован, его можно было бы спроектировать лучше, а поскольку он не был спроектирован лучше, он, скорее всего, не был спроектирован. “Хотя анализы ... предполагают, что SARS-CoV-2 может связывать ACE2 человека с высокой аффинностью”, - отмечается в статье Nature Medicine, “вычислительный анализ предсказывает, что взаимодействие не является идеальным и что последовательность RBD [рецептор-связывающий домен] отличается от последовательности, показанной в SARS-CoV как оптимальной для связывания с рецептором ”. “Высокоаффинное связывание белка-шипа SARS-CoV-2 с ACE2 человека”, - заключили авторы,скорее всего, это результат естественного отбора у человека или человекоподобного ACE2, который позволяет возникнуть другому оптимальному решению для связывания. Это убедительное доказательство того, что SARS-CoV-2 не является результатом целенаправленных манипуляций [курсив добавлен] 10.

За месяц до того, как Nature Medicine опубликовала статью Андерсена и др., The Lancet опубликовал письмо, подписанное 27 ведущими вирусологами, отвергающими гипотезу о том, что вирус возник в лаборатории:

Быстрый, открытый и прозрачный обмен данными об этой вспышке в настоящее время находится под угрозой из-за слухов и дезинформации о ее происхождении. Мы вместе решительно осуждаем теории заговора, предполагающие, что COVID-19 не имеет естественного происхождения11.

Одним из авторов письма был Питер Дашак, президент EcoHealth Alliance, некоммерческой неправительственной организации, базирующейся в США. С 2004 года EcoHealth сотрудничает с Уханьским институтом вирусологии (WIV) в исследованиях коронавирусов у летучих мышей.12 Отношения между Экологическим здравоохранением и WIV были тесными. Специалист по передаче инфекционных заболеваний среди животных, Дашак часто фигурировал в качестве соавтора в их статьях, часто вместе с директором Центра новых инфекционных заболеваний WIV Ши Чжэнли.13

Авторы письма, появившегося в The Lancet, в том числе Дашак, заявили, что они пришли к своим выводам, не имея конкурирующих интересов. Только 16 месяцев спустя журнал объявил перерыв в отношении заявления Дашака. Он обновил свое заявление, чтобы уточнить свою работу в EcoHealth и характер исследований EcoHealth в Китае, а также подтвердить, что их “работа в Китае ранее финансировалась Национальными институтами здравоохранения США (NIH) и Агентством США по международному развитию (USAID)”.14 Обновленное раскрытие информации Daszak не содержит никакого упоминания о WIV, вместо этого ссылаясь на “сотрудничество EcoHealth с рядом университетов и правительственных организаций в области здравоохранения и экологических наук”.

14 января 2021 года многопрофильная группа международных экспертов, в том числе Дашак, отправилась в Ухань для расследования происхождения вируса от имени ВОЗ.15 Исследование длилось 28 дней. Для группы ВОЗ была организована экскурсия по объектам WIV, и они смогли взять интервью у некоторых из ее ученых. “Внедрение [вируса] в результате лабораторного инцидента, - заключила ВОЗ, - считалось крайне маловероятным путем”.16 Вместо этого они утверждали, что “внедрение через промежуточного хозяина считается вероятным или очень вероятным путем”.17 В другом месте своего отчета группа ВОЗ повторила заверения, которые они получили во время своего пребывания в Китае:

Лаборатория Уханьского центра по контролю и профилактике заболеваний [Центр по контролю и профилактике заболеваний], которая переехала 2 декабря 2019 года [в новое место рядом с рынком Хуанань], не сообщила о каких-либо сбоях или инцидентах, вызванных переездом. Они также не сообщали о каких-либо хранениях или лабораторных мероприятиях в отношении КОВ или других вирусов летучих мышей, предшествовавших вспышке.18

Если в феврале 2021 года группа экспертов ВОЗ была готова поверить ученым-женщинам на слово, то к августу 2021 года некоторые из них признались, что с самого начала имели оговорки. В интервью для документального фильма датского телевидения Питер Бен Эмбарек, руководитель группы ВОЗ, признал, что китайские официальные лица оказывали на них давление, чтобы они отказались от гипотезы об утечке в лаборатории. “Вначале они не хотели ничего знать о лаборатории [в отчете ВОЗ], потому что это было невозможно, поэтому не было необходимости тратить на это время”, - отметил Бен Эмбарек. “Мы настояли на том, чтобы включить это, - продолжил он, - потому что это было частью общей проблемы происхождения вируса”19. Бен Эмбарек добавил, что существуют сценарии, при которых гипотеза об утечке в лаборатории может соответствовать предположению о том, что COVID-19 имеет животное происхождение:

Сотрудник лаборатории заразился в полевых условиях во время сбора образцов в пещере летучих мышей — такой сценарий относится как [выделение добавлено] к гипотезе утечки из лаборатории, так и к нашей первой гипотезе прямого заражения от летучей мыши к человеку. Мы рассматривали эту гипотезу как вероятную гипотезу20.

Отвечая на вопрос об интервью The Washington Post, Бен Эмбарек сначала заявил, что его замечания были неправильно переведены, прежде чем отказаться от дальнейших комментариев.21 Но Бен Эмбарек был не единственным, кто высказал оговорки. Месяцем ранее генеральный директор ВОЗ Тедрос Адханом Гебрейесус признал во время пресс-конференции, что имело место “преждевременное стремление” исключить гипотезу об утечке в лаборатории — комментарии, которые противоречили выводам собственного доклада ВОЗ, опубликованного всего за несколько месяцев до этого.22 Он призвал Китай разрешить полный аудит лабораторий в Ухане.23 “Я сам был лаборантом, я иммунолог, и я работал в лаборатории, и в лаборатории случаются несчастные случаи”, - заметил Тедрос. “Это обычное дело”24.

Как оказалось, у Тедроса были все основания проявлять осторожность. На сегодняшний день в Китае на наличие SARS-CoV-2 было протестировано около 82 000 образцов животных. Ни в Ухане, ни где-либо еще в стране не было выявлено промежуточного животного-хозяина.25

Когда мандарины командуют

Энтони Фаучи является директором Национального института аллергии и инфекционных заболеваний США (NIAID) с 1984 года. За последние несколько десятилетий он неоднократно выражал свою поддержку исследованиям в области усиления функций. В статье 2011 года для Washington Post, написанной в соавторстве с Фрэнсисом Коллинзом, директором NIH в период с 1993 по 2019 год, они привели доводы в пользу вирусов, “сконструированных в изолированных лабораториях биоконтроля”, как средства выявления “генетических путей, с помощью которых такой вирус мог бы лучше адаптироваться к передаче среди людей.”26 Преимущества не были подробно описаны, авторы просто отметили, что “важная информация и идеи могут быть получены в результате создания потенциально опасного вируса в лаборатории”. Статья завершается кратким рассмотрением связанных с этим рисков.

В следующем году Фаучи опубликовал статью под названием “Исследование высокопатогенного вируса гриппа H5N1: путь вперед”, в которой снова приводятся аргументы в пользу исследований с целью усиления функции.27 В своем комментарии Фаучи признает вопрос о том, могут ли “знания, полученные в результате этих экспериментов, непреднамеренно неблагоприятно повлиять на общественное здравоохранение, даже в странах, находящихся на расстоянии нескольких часовых поясов”28. Затем он предлагает читателю рассмотреть гипотетический сценарий, касающийся “важного функционального эксперимента с участием вируса с серьезным пандемическим потенциалом … проводится в хорошо организованной лаборатории мирового класса опытными исследователями ”. Информация, полученная в результате исследования, затем “используется другим ученым, который не имеет такой же подготовки и возможностей и не подчиняется тем же правилам”.

Что, если при маловероятном, но мыслимом повороте событий этот ученый заразится вирусом, что приведет к вспышке и в конечном итоге вызовет пандемию? Многие задают разумные вопросы: учитывая возможность такого сценария, каким бы отдаленным он ни был, должны ли были быть проведены и / или опубликованы первоначальные эксперименты в первую очередь, и какие процессы были задействованы в этом решении?

Ответ Фаучи однозначен:

Ученые, работающие в этой области, могут сказать — как я уже говорил — что преимущества таких экспериментов и полученные в результате знания перевешивают риски [курсив добавлен]. Более вероятно, что пандемия произойдет в природе, и необходимость опережать такую угрозу является основной причиной для проведения эксперимента, который может показаться рискованным.
В своем заключении Фаучи признает “подлинные и законные опасения по поводу такого рода исследований”, но его послание остается ясным: исследование стоит и важно.

Конечно, никакие исследования по улучшению функций не помогли миру “опередить” пандемию COVID-19, и ни один сторонник вирусологических исследований по улучшению функций не может точно объяснить, как можно опередить природу.

В конце 2012 года Фаучи выступил на семинаре по исследованию усиления функции вирусов HPAI H5N1, организованном NIH. “Существуют разногласия по поводу научной и / или общественной ценности этих экспериментов, - отметил он в разделе своей презентации, в котором обсуждались руководящие принципы финансирования, - но я считаю, что люди, которые считают, что их не следует проводить, находятся в меньшинстве”29.

Во время пребывания Фаучи в NIAID NIH финансировал многочисленные исследования, связанные с коронавирусами и исследованиями усиления функции. В 2015 году NIH поддержал исследование, проведенное Ральфом Бариком, вирусологом из Университета Северной Каролины в Чапел-Хилл, и Ши из WIV. Опубликованная в Nature Medicine, их статья описала создание химеры, результат того, что ген спайкового белка из коронавируса летучей мыши был вставлен в адаптированный к мыши вирус SARS30.

Завершение этого исследования стало возможным только после того, как Барич получил разрешение на свое исследование от представителей NIH.31 В октябре 2014 года Управление науки и технологий Белого дома приостановило новое финансирование исследований с целью повышения эффективности после серии “инцидентов с биологической безопасностью на федеральных исследовательских объектах”32. Они также рекомендовали “тем, кто в настоящее время проводит такого рода работы, финансируемые из федерального бюджета или нет, добровольно приостановите их исследования, пока риски и выгоды пересматриваются ”. Барич написал в совет по биобезопасности NIH, чтобы изложить свое дело, и ему было предоставлено освобождение.33

Три года спустя, после избрания Дональда Трампа, Фаучи сыграл ключевую роль в решении NIH возобновить исследования по повышению эффективности.34 NIH профинансировал новое исследование, которое расширило работу WIV 2015 года с Baric, создав восемь новых химерных коронавирусов.35 Когда в 2019 году произошла вспышка SARS-CoV-2, в WIV велись дальнейшие исследования в рамках еще одного раунда финансирования.36

На слушаниях в Сенате США в мае 2021 года Фаучи заявил, что исследование, финансируемое NIH в WIV, не является исследованием с целью улучшения функций.37 Он был категоричен в своем отрицании, потому что его память была неполноценной в своем объеме. В электронном письме от февраля 2020 года, которое Фаучи отправил своим подчиненным, полученном в соответствии с Законом о свободе информации (FOIA), прикрепленный PDF-файл документа Барика и Ши был помечен как “SARS Усиление функции”38.

Идеальный вызов

В распоряжении Фаучи были вирусологи, готовые дать ему свой совет. Среди них был Кристиан Андерсен. Проконсультировавшись со своими коллегами, Андерсен 1 февраля 2020 года отправил Фаучи электронное письмо, также полученное в рамках FOIA, в котором он утверждал, что геном SARS—CoV—2 выглядел сконструированным и, более того, что его геном “не соответствует ожиданиям эволюционной теории”39. В течение нескольких часов Фаучи провел телеконференцию с Андерсеном, сэром Джереми Фарраром, директором Wellcome Trust, Коллинзом и несколькими другими вирусологами.40

В статье USA Today от июня 2021 года сообщалось, что “детали того, что было сказано на встрече, в том числе подробные заметки, сделанные одним участником, и дальнейшие мысли, которыми поделились другие, были затемнены NIH до того, как электронные письма были обнародованы”41. Интервью для той же статьи, вспоминал Фаучи:

“Это был очень продуктивный разговор, в ходе которого некоторые участники разговора почувствовали, что это может быть искусственный вирус” … Другие, по словам [Фаучи], считают, что доказательства “сильно перевешивают” на вирус, исходящий от животного-хозяина.42
Хотя детали разговора остаются непрозрачными, когда несколько недель спустя появился препринт статьи Андерсена “Ближайшее происхождение”, то, что раньше выглядело искусственным, теперь выглядело естественным.43

Когда электронные письма Фаучи были опубликованы в июне 2021 года44, изменения во взглядах Андерсена были встречены с ужасом. Позже Андерсен объяснил, что его мнение изменилось после того, как Ши Чженли опубликовала геном вирусного штамма под названием RaTG13.45 Достаточно любопытно, что Андерсен написал в твиттере о RaTG13 за неделю до того, как написал свое первое электронное письмо Фаучи.46 Вместо того, чтобы пытаться устранить все эти несоответствия, когда ему на них указали, Андерсен вместо этого решил сначала удалить оскорбительные твиты, а затем вообще удалить свой аккаунт в Твиттере.47

По словам старшего коллеги Андерсена, Фаррара, другие соавторы статьи “Ближайшее происхождение” изначально были еще более убеждены, что вирус возник в лаборатории. Позже Фаррар описал события, связанные со встречей с Фаучи, Коллинзом, Андерсеном и др., в своей книге "Спайк: вирус против Людей".48 Этот отчет был предметом статьи Unherd, опубликованной в середине 2021 года:

Перед звонком 1 февраля Фаррар говорит, что Андерсен был “на 60-70%” убежден, что вирус поступил из лаборатории, в то время как австралийский вирусолог Эдди Холмс был “на 80% уверен, что эта штука вышла из лаборатории”. Патрик Вэлланс, главный научный сотрудник Великобритании, который присоединился к звонку, сообщил спецслужбам о своих опасениях. Но другие участники часового разговора утверждали, что новый вирус “был более убедительно объяснен с научной точки зрения как естественный побочный эффект, чем лабораторное событие”. После этого участники обменялись нотами, но Фаррар остался раздираемым противоречиями. “В спектре, если 0 - природа, а 100 - высвобождение, мне, честно говоря, 50”, - написал он Фаучи по электронной почте. “Я предполагаю, что это останется серым, если не будет доступа к лаборатории в Ухане, а я подозреваю, что это маловероятно”49.
Электронные письма, полученные в рамках FOIA, показали, что через три дня после разговора с Фаучи Андерсен и Барич помогли Дашаку составить письмо, которое впоследствии появилось в The Lancet, осуждая то, что в электронном письме Андерсен назвал бы “сумасшедшими” и “второстепенными” гипотезами о том, что SARS-CoV-2 был спроектирован.50

На следующий день Фаррар снова отправил электронное письмо Фаучи и Коллинзу.51 В своем сообщении Фаррар сообщил, что убедил ВОЗ сформировать группу, которая изучит происхождение SARS-CoV-2. Он также сообщил Фаучи и Коллинзу, что со стороны ВОЗ попросили “имена для участия в этой группе” и попросили пару “пожалуйста, присылайте любые имена”. Фаррар предложил провести последующую встречу, чтобы “сформулировать работу группы”, и предположил, что на следующей неделе на эту группу будет оказано “давление со стороны вашей и нашей команд”.

Электронные письма также показывают, что, помогая составить письмо Lancet, Барик и Дашак — по крайней мере, сначала — решили не подписывать его.52 Барик выразил обеспокоенность тем, что, если он подпишет письмо, это может выглядеть “корыстным, и мы потеряем влияние”. Дашак, с другой стороны, стремился преуменьшить свое собственное участие, а также участие Барика и другого вирусолога, Линфы Ван. “Вы, я и он не должны подписывать это заявление, - предложил Дашак Барику и Вану, - чтобы оно было на некотором расстоянии от нас и, следовательно, не работало контрпродуктивно”.

“Затем мы изложим это так, чтобы не связывать это с нашим сотрудничеством, чтобы максимально использовать независимый голос”.

Горячая точка

Независимо от происхожденияSARS-CoV-2, впервые его наблюдали в Ухане, первоначальная вспышка произошла в период с октября по декабрь 2019 года. Гипотеза о том, что SARS-CoV-2 возник в другом месте и путешествовал незамеченным, пока не достиг Уханя, неправдоподобна. Более ранняя передача привела бы к более ранним вспышкам в других местах или привела бы к появлению вирусных линий в более ранних точках филогенетического древа SARS-CoV-2. Филогения вируса прочно укоренилась в Ухане.53

Хотя нет никаких сомнений в том, что SARS-CoV-2 возник в Ухане, остаются вопросы о том, где в Ухане он возник. После вспышки атипичной пневмонии в 2002 году в провинции Гуандун первые пациенты с атипичной пневмонией почти сразу были обнаружены среди работников ресторанов, занимающихся экзотическими животными: пальмовые циветты, продаваемые на местном рынке, были в течение нескольких недель идентифицированы как промежуточные хозяина54.

В ноябре 2021 года вирусолог Майкл Воробей, пишущий в Science, утверждал, что вспышка SARS-CoV-2 возникла на рынке морепродуктов Хуанань в Ухане.55 В интервью University of Arizona News Воробей отметил, что доказательства похожи на “мигающую красную стрелку, указывающую на рынок Хуанань как на наиболее вероятное место происхождения, и причиной тому является неспособность положить конец незаконной продаже диких животных на рынках, подобных Хуанань”56.

Следует отметить, что в статье Воробея не было никаких новых доказательств зооноза, и его вывод был основан исключительно на повторном анализе данных пациентов из Ухани за декабрь 2019 года. Впоследствии было показано, что данные были ошибочными.57 “Убедительные доказательства” зооноза, приведенные Воробеем в его статье для Science, представляют собой не более чем предположение: “ то, что большинство ранних симптоматических случаев были связаны с рынком Хуанань — в частности, с западной секцией (1), где содержались енотовидные собаки (2) — убедительные доказательства происхождение пандемии на рынке живых животных ”.58 До сих пор не было обнаружено ни одной енотовидной собаки, несущей предка SARS-CoV-2, и ни одно другое животное не было заражено таким предком. В настоящее время в Китае проанализировано около 82 000 образцов животных, в том числе 1700 образцов, недавно проданных на рынках дикой природы.У 59 человек был отрицательный результат на любой вирус, подобный SARS.

Остается неясным, возникла ли вспышка у женщины-продавца морепродуктов на рынке Хуанань. Но сам рынок явно служил эпидемиологической горячей точкой, укрывая то, что Воробей назвал “подлинным преобладанием ранних случаев COVID-19”.60 Хотя некоторые ранние случаи заболевания людей действительно были связаны с рынком Хуанань, многие случаи заболевания предшествовали вспышке на рынке.61 Более того, SARS-CoV -2 штамма, циркулирующие на рынке, не были наследственными, все они несли три новые мутации, не замеченные у более ранних пациентов.62 Известно, что Ухань также не является домом для подковообразных летучих мышей, которые переносят вирусы, подобные SARS. Действительно, вероятность вспышки вируса летучих мышей в Ухане считалась настолько малой, что в 2018 году город использовался в качестве отрицательного контроля для исследования, проведенного WIV, в котором оценивался риск зоонозных скачков SARS-подобных вирусов в Юньнани от летучих мышей к людям, которые жили в пределах от одного до шести километров от таких летучих мышей.63 Исследование показало, что у шести из 218 фермеров были антитела к вирусу, похожему на SARS летучих мышей, называемому Rp3, в отличие от ни одного из 240 жителей Ухани. И Дашак, и Ши перечислены среди шестнадцати соавторов исследования.

После того, как разразилась вспышка SARS-CoV-2, Дашак процитировал это исследование в твиттере, чтобы оценить общую частоту зоонозных побочных эффектов коронавируса.

Эти скачки происходят каждый день. Мы провели серологические исследования в Юго-Восточной Азии и обнаружили, что у 3% сельских жителей есть антитела к летучим мышам. Это означает, что 1-7 миллионов человек в год подвергаются воздействию КОВ, связанных с атипичной пневмонией. Совершенно нелогично думать, что это не привело к нынешней вспышке64.

Если у 218 жителей сельской провинции Юньнань, живущих в непосредственной близости от пещер летучих мышей, уровень серопозитивности составил 3%, то, по его мнению, путем экстраполяции, от одного до семи миллионов человек в сельской местности Юго-Восточной Азии должны подвергаться воздействию какого-либо коронавируса, связанного с SARS, каждый год. Это был, безусловно, любопытный аргумент для кого-то в положении Дашака.

Напротив, Ши признала, что Ухань - маловероятное место для появления вируса, подобного SARS. Она затронула эту тему в интервью Scientific American в 2020 году:

“Я никогда не ожидала, что подобное произойдет в Ухане, в центральном Китае”, - заметила [Ши]. Ее исследования показали, что южные субтропические провинции Гуандун, Гуанси и Юньнань подвергаются наибольшему риску передачи коронавирусов людям от животных, особенно от летучих мышей, которые являются известным резервуаром. Если виноваты коронавирусы, она вспоминает, как подумала: “Могли ли они появиться в нашей лаборатории?”65

Уханьская лаборатория

В 2019 году EcoHealth планировалось получить еще один раунд финансирования от NIH для проекта 2R01AI110964-06 “Понимание риска возникновения коронавируса летучих мышей”.66 Этот грант, объединяющий проект, который финансировал сотрудничество EcoHealth с WIV с 2014 года, был инициирован с тремя широкими целями. Первый заключался в том, чтобы “охарактеризовать разнообразие и распространение SARSr-CoV с высоким риском распространения у летучих мышей на юге Китая”, в то время как второй включал “наблюдение за сообществом и синдромами на основе клиники для выявления побочных эффектов SARSr-CoV, путей воздействия и потенциальных последствий для общественного здравоохранения.” Третья цель была гораздо более четкой в отношении того, что имели в виду исследователи:

Определение характеристик риска вторичного распространения SARSr-CoV in vitro и in vivo в сочетании с пространственным и филогенетическим анализом для выявления регионов и вирусов, вызывающих озабоченность общественного здравоохранения. Мы будем использовать данные о последовательности белка S, технологию инфекционного клонирования, эксперименты по заражению in vitro и in vivo и анализ связывания с рецептором, чтобы проверить гипотезу о том, что пороговые значения% расхождения в последовательностях белка S предсказывают побочный потенциал.67

До отмены гранта NIH в апреле 2020 года68 EcoHealth получила 3,1 млн долларов США на финансирование проекта.69 Из этой суммы 600 000 долларов США были переданы WIV.70

В статье, опубликованной в декабре 2018 года для журнала Nature Reviews Microbiology, исследователи из WIV изложили свое видение следующих этапов проекта:

[Дальнейшая работа должна быть сосредоточена на биологических свойствах [похожих на SARS и MERS (ближневосточный респираторный синдром)] вирусов с использованием выделения вируса, обратной генетики и анализов инфекции in vitro и in vivo. Полученные данные помогут в будущем в профилактике и борьбе с возникающими заболеваниями, подобными SARS или MERS.71
Конечной целью такой работы, возможно, было создание панкоронавирусной вакцины. Исследования, направленные на вирусы, подобные SARS и MERS, были заявленной целью не только для WIV, но и для EcoHealth. Дашак публично заявил об этом в интервью в ноябре 2019 года:

Вы можете довольно легко манипулировать [коронавирусами] в лаборатории, именно спайковый белок во многом определяет зоонозный риск коронавируса. Вы можете получить последовательность, вы можете построить белок. Мы работали с Ральфом Бариком из UNC, который сделал это, внедрил в магистраль другой вирус и проделал некоторую работу в лаборатории. Таким образом, вы можете получить больше предсказаний, когда найдете последовательность. … Логический ход для вакцин — если вы собираетесь разработать вакцину от атипичной пневмонии, люди будут использовать пандемическую атипичную пневмонию, но давайте попробуем вставить некоторые из этих [других генов-спайков] и получить лучшую вакцину.72

В дополнение к субгрантам от EcoHealth, исследования в WIV были поддержаны китайским финансированием. Бен Ху, исследователь из WIV, получил трехлетний грант от Молодежного научного фонда для проекта по исследованию “Патогенности двух новых коронавирусов, связанных с SARS летучих мышей, для трансгенных мышей, экспрессирующих человеческий рецептор ACE2”.73 Ху является членом группы Ши в WIV с 2015 года74.

WIV взялась за свою работу из лучших побуждений. До появления SARS-CoV-2 среди исследователей широко распространялось мнение, что будущая эпидемия, или Болезнь X, как ее назвала ВОЗ, может быть вызвана коронавирусом.75 В июне 2020 года Ши и ее коллега Шибо Цзян опубликовали статью под названием “Первая болезнь X вызвана коронавирусом с высокой степенью передачи острого респираторного синдрома”76. “Болезнь X, - отметили Ши и Цзян, - будет новым заболеванием с эпидемическим или пандемическим потенциалом, вызываемым неизвестным патогеном.” Неизвестно? Не совсем. “Первая болезнь X, - писали они, - может быть передающимся инфекционным заболеванием, вызванным новым коронавирусом, передающимся от летучих мышей”.

Контрольный геном

SARS-CoV-2 содержит ряд любопытных геномных особенностей — наиболее очевиден его новый сайт расщепления фурина. Ни у одного другого известного коронавируса, связанного с SARS, нет места расщепления фурина. Для проникновения в клетки человека SARS-CoV-2 использует спайковый белок, который прикрепляется к человеческим рецепторам ACE2. Затем белок должен быть разрезан ферментом, чтобы слиться с клеточной мембраной и проникнуть в клетку. Спайковый белок состоит из двух частей, S1 и S2. S1 отвечает за первичный контакт с рецептором, а S2 - за слияние и проникновение. Чтобы S2 инициировал слияние, соединение S1 / S2 должно быть разрезано ферментом-хозяином, таким как furin или TMPRSS2. Именно на этом перекрестке находится новое место расщепления фурина в SARS-CoV-2. Фурин - очень эффективный фермент, обнаруженный как на поверхности, так и внутри многих клеток человека, особенно в эпителии дыхательных путей. Именно присутствие фурина внутри клетки позволяет новообразованным вирионам появляться в предварительно вырезанной конформации, повышая их инфекционность.

Сайт расщепления фурина в SARS-CoV-2 был создан с помощью своеобразной 12-нуклеотидной вставки — настолько своеобразной, что геномный локус в SARS-CoV-2, охватывающий его сайт расщепления фурина, по крайней мере, на двенадцать нуклеотидов длиннее, чем у любого из его родственников.77 Вирусологи неоднократно создавали новые места расщепления фурина в коронавирусах.78 Очевидно, почему.79 Сайты расщепления фурина значительно расширяют как тканевой, так и видовой тропизм вируса.Сайты расщепления 80  фурина усиливают адаптацию вирусного штамма к определенным клеточным линиям.

WIV не упомянул новую вставку фурина в своих первых двух статьях о SARS-CoV-2,81, хотя в то время WIV располагал ближайшим родственником SARS-CoV-2 — штаммом RaTG13.82, Сравнение генома сделало очевидным место расщепления фурина. На своей диаграмме, сравнивающей два генома, Ши Чженли прервала сравнение непосредственно перед новой вставкой. В статье, в которой впервые упоминается RaTG13, исследователи WIV не объяснили, откуда взялся RaTG13 или как они им овладели.

Новая вставка состоит из нуклеотидов T CCT CGG CGG GC; соответствующими аминокислотами являются пролин (CCT) аргинин (CGG) аргинин (CGG) аланин (GCA) — или PRRA в однобуквенном обозначении аминокислот. Вставка нуклеотида странная, потому что она не полностью входит в фрейм, вставка расщепляет предковый сериновый кодон TCA, сохраняя при этом нижестоящий фрейм.83 Также нечетными являются два повторяющихся кодона аргинина CGG. CGG - самый редкий из шести кодонов, кодирующих аргинин в коронавирусах летучих мышей, а вставка SARS-CoV-2 - единственный пример, в котором два кодона CGG являются последовательными. Фактически, дублет CGG-CGG является единственным, кодирующим два аргинина во всех 255 SARS-подобных вирусах с аннотациями белков, перечисленных в базе данных генетических последовательностей NIH (GenBank) 84.

В отличие от коронавирусов летучих мышей, CGG является наиболее распространенным кодоном аргинина у людей.

RaTG13

Вирус  RaTG13 похож на SARS и относится к семейству бета-коронавирусов. Это близкий родственник SARS-CoV-2. Получив геном SARS-CoV-2 27 декабря 2019 г. 85, женщина могла бы увидеть, что он соответствует RaTG13 на 96,2%. WIV объявили, что у них есть RaTG13 в препринте, загруженном в bioRxiv 23 января 2020 года и вскоре после этого опубликованном в Nature.86 Их объяснение было кратким:

Затем мы обнаружили, что короткая область РНК-зависимой РНК—полимеразы (RdRp) из коронавируса летучей мыши (BatCoV RaTG13), которая ранее была обнаружена у Rhinolophus affinis из провинции Юньнань, показала высокую идентичность последовательности с 2019—nCoV. Мы провели полноразмерное секвенирование этого образца РНК.87
Это говорит о том, что исследователи WIV впервые обнаружили совпадение между SARS-CoV-2 и коротким фрагментом RdRp RaTG13. Затем, когда матч был в руках, их привели к полной последовательности RaTG13. После того, как WIV был вынужден опубликовать необработанные данные секвенирования, было отмечено, что они содержали ампликоны 2017 и 2018,88

Когда был секвенирован RaTG13?

В 2018 году, как позже признала Ши Чженли.89

Это было компрометирующее признание. Для установления соответствия между RaTG13 и SARS-CoV-2 не требовалось совпадения между фрагментом RdRp и SARS-CoV-2. У женщины уже был полный геном RaTG13: он показал бы лучшее соответствие SARS-CoV-2.

Но был еще один важный аспект истории RaTG13, который WIV не раскрыла: тот факт, что он был собран в 2012 году на шахте в Моцзяне, уезде на юге провинции Юньнань. В том году шесть шахтеров заболели вирусной пневмонией во время работы в шахте, и трое из них позже умерли.90 Впоследствии женщину пригласили для анализа образцов тканей, взятых у шахтеров. Они обнаружили антитела IgG, реагирующие на SARS.91 В течение следующих нескольких лет исследователи из WIV несколько раз посещали шахту Моцзян в поисках новых вирусов. В конце концов WIV признал эти детали в приложении, опубликованном через девять месяцев после публикации статьи Nature.92 В том же приложении WIV утверждал, что RaTG13 идентичен образцу с маркировкой Ra4991, который впервые был упомянут в статье 2016 года,93 и чей 370-нтл фрагмент RdRp был депонирован в GenBank в то время.94

WIV также забыл упомянуть новое место расщепления фурина в SARS-CoV-2: это было бы сразу очевидно любому квалифицированному коронавирусологу, изучающему выравнивание спайковых белков в SARS-CoV-2 и RaTG13. В своей статье, раскрывающей RaTG13,95, WIV решили отрезать это выравнивание непосредственно перед новым местом расщепления фурина. За несколько дней до того, как стать соавтором этой статьи, Ши стала соавтором другой статьи, на этот раз с Цзяном, о SARS-CoV-2, в которой правильно идентифицировано место расщепления SARS-CoV-2 S1 / S2 на новом месте расщепления RRAR | S.96

Трудно поверить, что такие эксперты, как Ши или Цзян, могли пропустить новое место расщепления фурина на стыке расщепления S1 / S2, в то время как специально выполняли их выравнивание в поисках места расщепления S1 / S2 SARS-CoV-2. Кажется, Ши дважды промахнулась. В Nature alignment использовалась исправленная аминокислотная нумерация спайка SARS-CoV-2, в то время как в статье Цзяна использовалась некорректированная нумерация: WIV изначально ошибочно включили девять дополнительных аминокислот в последовательность белка-шипа SARS-CoV-2, которую они загрузили в GenBank.97 Таким образом, правильный локус расщепления S1 / S2 SARS-CoV-2 - это R685 / S686, а не R694 / S695. Другим исследователем, который, по-видимому, пропустил новое место расщепления фурина, был Бен Ху, который был отмечен в статье Цзяна и Ши за его работу “филогенетический анализ гена 2019-nCoV S”98.

Сама RaTG13 остается несколько загадочной. Его рецепторсвязывающий домен не связывается ни с одним из изученных рецепторов bat ACE2. В недавнем исследовании был протестирован рецептор ACE2 у того самого вида летучих мышей, у которого, как утверждается, был взят образец RaTG13, R. affinis.99 Было обнаружено, что RaTG13 плохо связывается с R. affinis ACE2. Даже мутация спайка T403R, которая, как наблюдалось, заставляла его хорошо связываться с человеческим ACE2, была беспомощна, когда дело доходило до связывания ACE2 с R. affinis.

В отличие от этого, RaTG13 очень хорошо связывается с человеческим ACE2 и лучше всего связывается с рецепторами ACE2 крысы и мыши. Используя метрику цитируемого исследования о количестве инфицированных клеток на лунку, RaTG13 был лишь примерно вдвое менее эффективен, чем SARS-CoV-2 при связывании с рецептором ACE2 человека (100 тыс. клеток / лунка), и примерно в восемь раз лучше, чем эффективность SARS-CoV-2 с использованием R. affinis летучая мышь ACE2 (12 тыс. клеток /колодец).

Эти данные свидетельствуют о том, что RaTG13 может не быть исходным вирусом летучей мыши, а может быть результатом значительного серийного пассирования вируса летучей мыши в клетках человека или у мышей 100, где он мог столкнуться с избирательным давлением для оптимизации его связывания с рецепторами ACE2 как у человека, так и у грызунов. Женщина определенно взяла образец какого-то похожего на SARS коронавируса из шахты в Моцзяне, который они первоначально назвали Ra4991. Это имя впервые появилось в печати в магистерской диссертации 2014 года Нин Вана, написанной под руководством Ши.101 В рамках своей диссертации Ван амплифицировал ген N для ряда коронавирусов летучих мышей, среди которых был Ra4991. Затем Ra4991 был кратко упомянут в статье WIV 2016 года как новый штамм, связанный с атипичной пневмонией.102 370-нуклеотидный фрагмент его гена RdRp был передан в GenBank.103 В 2019 году магистерская диссертация WIV Ю Пин, совместно руководимая Ши, описала Ra4991 как полностью секвенированный,наряду с тремя другими SARS-подобными коронавирусами.104 Эти геномы никогда не были обнародованы.

Неясно, почему RaTG13 пришлось переименовать в начале 2020 года, если было вполне приемлемо продолжать называть его Ra4991 в 2019 году. Переименование вирусных последовательностей довольно редко встречается в коронавирусологии, а переименование чего-либо без ссылки на его ранее опубликованное название неслыханно. В вопросах и ответах, опубликованных Science в июле 2020 года, 105 Ши дала следующее объяснение:

Ra4991 - это идентификатор образца летучей мыши, в то время как RaTG13 - это идентификатор коронавируса, обнаруженного в образце. Мы изменили название, поскольку хотели, чтобы оно отражало время и место сбора образцов. 13 означает, что образец был собран в 2013 году, а TG - это аббревиатура города Тунгуань, места, где был собран образец.106

Для образца, относящегося к мазку из фекалий летучей мыши, метагеном данных секвенирования RaTG13 содержит нехарактерно низкое количество бактериальных считываний.107 Всего 0,65% от общего количества считываний принадлежат бактериям. Для сравнения, другой образец мазка кала  из R. affinis (SRR11085736), который был загружен в GenBank в тот же день, что и RaTG13, содержал 91% бактериальных показателей. Метагеномный профиль исходных данных RaTG13 более соответствует культивируемому образцу.

В том же Q & A с Science Ши утверждала, что оригинальный образец RaTG13 больше не доступен для внешней проверки.

Поскольку образец [RaTG13] использовался много раз с целью выделения вирусных нуклеиновых кислот, после того, как мы закончили секвенирование генома, больше не было образца, и мы не проводили выделение вируса и другие исследования.108
Это утверждение не только вызывает крайнюю тревогу, учитывая все его особенности, но и явно противоречит культивируемому образцу, то есть образцу, который ученым удалось заставить саморазмножаться в культуре клеток бесконечно.

Всемирная паутина

Известно, что за последние сорок лет произошли утечки из everal lab. В ноябре 2019 года, незадолго до нынешней пандемии, вспышка бруцеллеза была обнаружена в двух лабораториях в Ланьчжоу на северо-западе китая109. Первоначально было инфицировано около 100 студентов и сотрудников, и со временем это число выросло до 10 528 подтвержденных случаев заражения.

Самой смертоносной пандемией прошлых лет была так называемая вспышка русского гриппа 1977 года, которая впервые была обнаружена среди детей в Китае.110 Сегодня научный консенсус заключается в том, что вспышка возникла либо в результате утечки в лаборатории, либо в результате клинических испытаний недостаточно ослабленной вакцины.111

Последовавшая за этим пандемия унесла жизни 700 000 человек.112

В 1979 году произошла утечка вируса сибирской язвы из лаборатории в Свердловске, Россия, в результате которой погибли 66 человек.113 Первый вирус атипичной пневмонии также ускользал из лабораторий по меньшей мере четыре раза: в 2003 году в Сингапуре, в декабре 2003 года на Тайване и дважды весной 2004 года в Китае.114

Аудиторы-аутсайдеры выразили обеспокоенность по поводу безопасности в WIV еще в 2018 году115 В том же году сотрудники посольства США посетили институт и провели несколько интервью с исследователями, в том числе с Ши. После своего визита дипломаты направили в Вашингтон телеграммы, в которых изложили свою обеспокоенность по поводу неадекватного контроля безопасности. “Во время общения с учеными в лаборатории WIV, - сообщается в одной из телеграмм, - [официальные лица] отметили, что в новой лаборатории наблюдается серьезная нехватка должным образом подготовленных техников и исследователей, необходимых для безопасной работы этой лаборатории с высокой степенью изоляции”116.

Опасения по поводу рисков, связанных с функционированием исследовательских лабораторий, разделяло китайское правительство. В январе 2019 года государственное информационное агентство Китая “Синьхуа” сообщило, что Министерство образования распорядилось "провести общенациональную проверку безопасности в лабораториях высших учебных заведений":

Согласно уведомлению, выпущенному министерством, университетам было предложено осуществлять круглосуточный и всесторонний контроль за лабораторными опасностями и рисками при закупке, транспортировке, хранении и использовании опасных грузов и опасных веществ, а также утилизации отходов117.

Вскоре после вспышки COVID-19, в феврале 2020 года, сообщалось, что новый вирус SARS-CoV-2 заразил персонал лаборатории в Китае118, хотя впоследствии эти сообщения были опровергнуты. В ноябре 2021 года подтвержденная утечка из лаборатории SARS-CoV-2 на Тайване привела к тому, что 110 человек подверглись воздействию вируса от одного инфицированного сотрудника лаборатории BSL-3119.

Среди многочисленных изменений, наблюдаемых на веб-сайте WIV после вспышки COVID-19 в последние годы, одним из наиболее заметных стало удаление страницы, на которой коронавирусы летучих мышей были перечислены как патогены BSL-2.120 Обозначение BSL означает соответствие четырем уровням “стандартных микробиологических методов, специальных методов, оборудования для обеспечения безопасности и лабораторных помещений” для “деятельности, связанной с инфекционными микроорганизмами, токсинами и лабораторными животными”, определенными Центрами по контролю и профилактике заболеваний.121 Как часть ее Вопросы и ответы по науке, Ши подтвердила, что “исследования коронавируса в нашей лаборатории проводятся в лабораториях BSL-2 или BSL-3”122. Критические различия между BSL-2 и BSL-3 были изложены в статье, опубликованной MIT Technology Review:

BSL-2 предназначен для умеренно опасных патогенов ... и показаны относительно мягкие вмешательства: закройте дверь, наденьте защитные очки, утилизируйте отходы в автоклаве. BSL-3 предназначен для патогенов, которые могут вызывать серьезные заболевания, передаваемые через дыхательные пути, такие как грипп и атипичная пневмония, и соответствующие протоколы включают в себя множество барьеров для эвакуации. Лаборатории отгорожены двумя комплектами самозакрывающихся, запирающихся дверей; воздух фильтруется; персонал использует все СИЗ [средства индивидуальной защиты] и маски N95 и находится под медицинским наблюдением.123
В отличие от WIV, исследование Baric по созданию новых химерных коронавирусов проводилось в улучшенных условиях BSL-3 с “дополнительными мерами, такими как костюмы Tyvek, двойные перчатки и респираторы с подачей воздуха для всех работников”.124 Меры предосторожности на этом не закончились. “Все работники, - сообщает MIT Technology Review, - находились под наблюдением на предмет инфекций, а в местных больницах были разработаны процедуры для приема прибывающих ученых. Вероятно, это был один из самых безопасных объектов BSL-3 в мире ”.125 Но даже при соблюдении всех этих мер предосторожности риски были неизбежны: “Этого все равно было недостаточно, чтобы предотвратить несколько ошибок за эти годы: некоторых ученых даже укусили мыши-переносчики вируса. Но заражения не последовало”126.

В мае 2021 года The Wall Street Journal опубликовала статью о том, что, согласно ранее нераскрытому докладу разведки США, три женщины-исследователя были госпитализированы в ноябре 2019 года “с симптомами, соответствующими как COVID-19, так и обычному сезонному заболеванию”.127 В то время как китайские власти утверждают, что первые случаи SARS-CoV-2известно, что они произошли только в декабре, есть по крайней мере одно сообщение о том, что первый случай был зарегистрирован 17 ноября 2019 года128

Если

В марте 2018 года EcoHealth и WIV подали заявку на получение гранта в Агентство перспективных оборонных исследовательских проектов (DARPA) для своей программы предотвращения возникающих патогенных угроз.129 Предложение было озаглавлено “Проект DEFUSE: устранение угрозы коронавирусов, переносимых летучими мышами.” В нем изложена масштабная исследовательская программа стоимостью 14 миллионов долларов США, которая включала сбор тысяч образцов вируса в пещерах летучих мышей в Юньнани для выявления штаммов высокого риска с конечной целью иммунизации летучих мышей против них. Что наиболее интригующе, предложение выявило намерения генетически спроектировать новые участки расщепления в гене spike коронавирусов, подобных SARS:

После связывания с рецептором различные протеазы клеточной поверхности или эндосомы расщепляют гликопротеин SARS-CoV S, вызывая массивные изменения в структуре S и активируя вход, опосредованный слиянием. Мы проанализируем все последовательности гена SARSr-CoV S на наличие надлежащим образом сохраненных сайтов протеолитического расщепления в S2 и на наличие потенциальных сайтов расщепления фурином. … Там, где происходят явные несоответствия, мы вводим соответствующие участки расщепления, специфичные для человека, и оцениваем потенциал роста в клетках Vero и культурах HAE. ... Мы также рассмотрим данные глубокой последовательности для SARSr-CoV с низким содержанием и высоким риском, которые кодируют функциональные сайты протеолитического расщепления, и, если это так, внесем эти изменения в соответствующий родительский штамм с высоким содержанием и низким риском.130

Ясно, что исследователи планировали искать наличие сайтов расщепления фурина в эволюционно сохраненных местах расщепления в гене spike, и если по какой-то причине в таких сохраненных местах было несоответствие, они вводили бы специфичный для человека сайт расщепления в такие вирусы. Они также предложили искать “сайты функционального протеолитического расщепления” в других SARSr-CoV с высоким риском, а затем генетически модифицировать такие сайты расщепления в штаммы с низким риском, чтобы оценить их потенциал роста в культурах эпителиальных клеток дыхательных путей человека (HAE).

Мы путешествуем по всем старым знакомым кругам. Введение PRRA в SARS-CoV-2 создало участок расщепления фурина в эволюционно сохраненном месте расщепления S1 / S2. Именно там многие другие коронавирусы имеют функциональные участки расщепления фурина, в том числе коронавирус грызунов с участком расщепления фурина RRAR, собранный командой Ши из пещеры в Юньнани в 2017 году131.

Вставка PRRA для создания сайта расщепления PRRAR | SV, возможно, была вдохновлена фрагментом PAAR, обнаруженным на стыке S1 / S2 в другом SARS-подобном вирусе из Юньнани. Штамм RmYN02 был выделен из рукокрылых R. malayanus в 2019 году — того же вида летучих мышей, который содержал штамм BANAL-52, обнаруженный в Лаосе в сентябре 2021 года. 132 BANAL-52 заслуживает внимания как первый штамм летучих мышей, у которого обнаружен RBD, почти идентичный RBD, обнаруженному в SARS-CoV-2. До открытия BANAL-52 было известно, что только штамм, полученный из панголина, содержит этот конкретный RBD.

У BANAL-52 есть еще одно отличие. Как только он был оценен по всему своему геному, BANAL-52 вытеснил RaTG13 как ближайшего родственника SARS-CoV-2.133

В рамках своих совместных договоренностей EcoHealth отправила образцы летучих мышей в WIV для анализа.134 WIV также собрали свои собственные образцы во время полевых поездок в Лаос и из мест в провинции Юньнань недалеко от границы Китая с Лаосом.135 Исследование с использованием этих образцов обсуждается в статье 2020 года Элис Латинн и др..:

Наш филогенетический анализ показывает большое разнообразие CoV от летучих мышей, отобранных в Китае, причем большинство родов летучих мышей, включенных в это исследование (10/16), заражены как ;-, так и ;-CoV. В нашем филогенетическом анализе, который включает все известные виды летучих мышей из Китая, мы обнаружили, что SARS-CoV-2, вероятно, происходит от клады вирусов, происходящих от подковообразных летучих мышей (Rhinolophus spp.). Географическое местоположение этого источника, по-видимому, провинция Юньнань. Однако важно отметить, что: (1) в нашем исследовании были собраны и проанализированы образцы исключительно из Китая; (2) многие места отбора проб были близки к границам Мьянмы и Лаосской Народно-Демократической Республики; и (3) большинство летучих мышей, отобранных в Юньнани, также встречаются в этих странах, включая R. affinis иR. malayanus, вид, укрывающий CoV с наивысшей идентификацией последовательности RdRp с SARS-CoV-2. По этим причинам мы не можем исключить происхождение клады вирусов, являющихся предшественниками SARS-CoV-2, за пределами Китая, а также в Мьянме, Лаосской Народно-Демократической Республике, Вьетнаме или другой стране Юго-Восточной Азии. Кроме того, наш анализ показывает, что вирус RmYN02 из R. malayanus, который характеризуется вставкой нескольких аминокислот в месте соединения субъединиц S1 и S2 белка Spike (S), принадлежит к той же кладе, что и RaTG13 и SARS-CoV-2, обеспечивая дальнейшую поддержку естественного происхождения SARS-CoV-2 у летучих мышей Rhinolophus spp. в регионе.136

Лаосские БАНАЛЬНЫЕ вирусы включают штаммы, обозначенные как BANAL-116 и BANAL-247. Оба штамма идентичны RmYN02 в их локусе PAA на стыке S1 / S2, но отличаются по своим RBD.

Если WIV собирал образцы внутри или вблизи Лаоса до начала пандемии, они вполне могли столкнуться с вирусом летучей мыши, подобным BANAL-52, в совместной циркуляции с RmYN02-подобным штаммом, демонстрирующим нефункциональный участок расщепления PAAR на стыке S1 / S2. Открытие, возможно, побудило их провести эксперимент в духе, предложенном в предложении DEFUSE: эксперимент по превращению PAAR в PRRAR и созданию полностью функционального сайта многоосновного расщепления RRAR.

Если это считается предположением, оно ни в коем случае не лишено правдоподобия. Фрагмент PAA в RmYN02 и BANAL-116 и -247 кодируется кодонами CCT GCA GCG; вставка PRRA в SARS-CoV-2 кодируется CCT CGG CGG GCA — т.е. кодоны во вставке SARS2, кодирующие пролин (CCT) и аланин (GCA), идентичны найденнымв RmYN02 и лаосских штаммах.

Идея, лежащая в основе такой работы, очевидна и четко изложена в предложении DARPA: исследовать, какое влияние может оказать новое место расщепления фурина на клетки человека — например, клетки HAE — или гуманизированных мышей, чтобы оценить риск появления у человека новых штаммов летучих мышей. Такие эксперименты хорошо подошли бы для гранта 2019 года от Молодежного научного фонда, присужденного Бену Ху из WIV за исследования “Патогенности двух новых коронавирусов, связанных с SARS летучих мышей, для трансгенных мышей, экспрессирующих человеческий рецептор ACE2”137.

Решение использовать кодоны CGG-CGG для двух аргининов, возможно, было вызвано желанием встроить маяк отслеживания Fau I в недавно созданный сайт расщепления фурина, который позволил бы быстро определить, присутствует ли вставка все еще или мутировала.138 Вирусологи используют различные ферменты рестрикции, предназначенные для распознавания определенных генетических последовательностей и разрезать нуклеотидные цепочки при распознавании. Фермент рестрикции Fau I распознает

5' CCCGC

3' GGGCG

и режет

5' —CATG— 3'

3' —GTAC— 5'.

Метод, использующий ферменты рестрикции для целей скрининга на наличие или отсутствие определенного геномного признака, называется полиморфизмом длины фрагмента рестрикции (RFLP), 139 и используется десятилетиями.140 Примеров использования Fau I для анализа RFLP хорошо документированы в научной литературе, 141 и известно, что WIV в прошлом использовал метод RFLP.142 Если бы исследователь из WIV решил вставить новый участок расщепления фурина в коронавирус, он мог бы также оснастить свою вставку маяком слежения, который мог бы подтвердить его постоянное присутствие с помощью метода RFLP. Участок расщепления фурина имеет тенденцию мутировать in vitro или у некоторых лабораторных животных.143

Растущий интерес WIV к расщеплению шипов в течение 2019 года, возможно, был вызван работой, проводимой группой Барика в то время.144 В 2015 году Барик и Ши опубликовали статью о критической важности места расщепления фурина в MERS как катализатора его перехода от летучих мышей к людям.145 Одним из соавторов их статьи был Шибо Цзян. Двумя годами ранее Цзян сообщил о создании нового сайта расщепления RIRR с помощью 12-нуклеотидной вставки (CGG ATC AGG CGC), хотя и не в коронавирусе.146 В 2020 году он сотрудничал с Ши в разработке панкоронавирусного терапевтического средства - пептида-ингибитора слияния.147 Работа над этим проектом, по-видимому, продолжалась в конце 2019 года148 Расщепление белка spike - это то, что активирует вход, опосредованный слиянием.

Эти наблюдения указывают на наводящий на размышления или даже подозрительный характер проведенных или запланированных исследований в WIV, которые вполне могли привести к появлению SARS-CoV-2 с новым участком расщепления фурина, столь нехарактерным для коронавирусов летучих мышей, подобных SARS.

EcoHealth и WIV провели исследования по повышению эффективности как SARS-подобных вирусов, так и гораздо более смертоносных MERS-подобных вирусов. Вспышка MERS в 2012 году унесла жизни примерно 35% всех, кто заразился вирусом.149 В период с 2016 по 2019 год EcoHealth и WIV занимались созданием новых химерных MERS-подобных вирусов с различными RBD, скрещенными с другими MERS-подобными вирусами летучих мышей.150

В отчете EcoHealth за пятый год работы сообщается о создании двенадцати новых химер.151 Полученные новые вирусы были затем протестированы на гуманизированных мышах и продемонстрировали значительно усиленный патогенез.

Похоже, что WIV участвовала в исследованиях усиления функции MERS не только в сотрудничестве с EcoHealth, но и отдельно. В сельскохозяйственных наборах данных из Ухани были обнаружены неопубликованные обратные генетические костяки, подобные MERS, которые, по-видимому, не связаны с грантом  Экологического здравоохранения152.

Заключение

Нынешняя пандемия SARS-CoV-2 была и продолжает оставаться катастрофой для общественного здравоохранения — самой серьезной за столетие. Вопросы о происхождении COVID-19 - это одновременно вопросы юридического, финансового и морального характера. На данный момент исследователи не могут сделать ничего лучшего, кроме как надеяться на лучшее объяснение; и на данный момент лучшим объяснением, по-видимому, является то, что вирус вырвался из WIV.

WIV был крупнейшим переносчиком вирусов в Ухань со всей Азии, в том числе многих SARS-подобных вирусов из Лаоса и Юньнани. Филогенетический анализ показывает, что вспышка SARS-CoV-2 была полностью локализована в Ухане, поскольку все штаммы, которые были обнаружены в других местах, являются потомками уханьского штамма. Если бы вирус циркулировал незамеченным в других частях Китая, вирусологи в конечном итоге отметили бы эти штаммы до Ухань и их потомков в филогенетическом дереве. Даже после секвенирования более шести миллионов геномов SARS-CoV-2 не было обнаружено никаких доказательств наличия SARS-CoV-2 до Уханя.

Мало того, что WIV был крупнейшим резервуаром SARS-подобных вирусов в Ухане, если не во всем мире, его ученые занимались созданием новых SARS-подобных и MERS-подобных химер и потенциально повышали их трансмиссивность и патогенность. Учитывая эти обстоятельства, рассмотрим следующие факты:

Ши и Цзян были экспертами в расщеплении спайковых белков и работали над панкоронавирусным терапевтическим средством для ингибирования слияния вируса с клеточными мембранами после расщепления.

Цзян ранее создал новый сайт расщепления фурина с помощью 12-нуклеотидной вставки, хотя и не в коронавирусе.

В совместном грантовом предложении, представленном DARPA, WIV и EcoHealth предложили создать новые участки расщепления, специфичные для человека.
В совокупности эти моменты делают вставку из 12 нуклеотидов, которая создала новый сайт расщепления фурина в SARS-CoV-2, столь нехарактерный для SARS-подобных вирусов, крайне подозрительным.

Поведение WIV и его ученых также вызывает множество тревожных вопросов. Вирусный штамм RaTG13 является показательным примером. Впервые собранный WIV в 2013 году, RaTG13 был секвенирован в 2018 году, но раскрыт только после вспышки SARS-CoV-2. В своем первоначальном раскрытии WIV не упомянули, как и когда они стали обладателями RaTG13, не указали, что ранее он назывался Ra4991, не смогли сослаться на свою собственную статью 2016 года, в которой впервые упоминается об этом, и, по-видимому, подразумевали, что они секвенировали образец только после вспышки. Это не похоже на поведение ученых, которые изо всех сил пытаются установить, как лаосский или юньнаньский вирус вызвал вспышку в Ухане.

Ни один из этих пунктов сам по себе не является убедительным, но косвенные доказательства скорее указывают на утечку в лаборатории, чем на стихийное бедствие.

Есть еще одна причина серьезно отнестись к рассматриваемому вопросу. Это профилактическое средство. Знание, наконец, о том, что COVID-19 берет свое начало в WIV, в какой-то степени способствовало бы введению всемирного запрета на исследования с целью повышения эффективности — исследования, которые почти столь же бесполезны, сколь и опасны.

References

1.Office of the Director of National Intelligence, “Unclassified Summary of Assessment on COVID-19 Origins,” August 27, 2021. The full report was released several months later: Office of the Director of National Intelligence, “Declassified Assessment on COVID-19 Origins,” October 29, 2021. ;
2.Office of the Director of National Intelligence, “Unclassified Summary of Assessment on COVID-19 Origins,” August 27, 2021, 1. ;
3.Julian Barnes, “Origin of Virus May Remain Murky, U.S. Intelligence Agencies Say,” New York Times, November 1, 2021. ;
4.Office of the Director of National Intelligence, “Unclassified Summary of Assessment on COVID-19 Origins,” August 27, 2021, 1. They had a point. Virologists now agree that the 1977 H1N1 pandemic was most likely caused by an insufficiently attenuated vaccine leaked from a Chinese laboratory. See Joel Wertheim, “The Re-Emergence of H1N1 Influenza Virus in 1977: A Cautionary Tale for Estimating Divergence Times Using Biologically Unrealistic Sampling Dates,” PLOS ONE 5, no. 6 (2010), doi:10.1371/journal.pone.0011184.

For decades, the 1979 anthrax outbreak in Sverdlovsk, USSR, was believed to be zoonotic. The USSR even invited international experts to interview Soviet scientists about the outbreak. The scientific consensus might have remained untroubled were it not for Boris Yeltsin’s shocking admission in 1992 that he helped cover up the laboratory leak that had caused it. See R. Jeffrey Smith, “Yeltsin Blames ’79 Anthrax on Germ Warfare Efforts,” The Washington Post, June 16, 1992. ;
5.World Health Organization, “WHO Coronavirus (COVID-19) Dashboard.” ;
6.Wertheim, “The Re-Emergence of H1N1 Influenza Virus.” ;
7.Vincent Cheng et al., “Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus as an Agent of Emerging and Reemerging Infection,” Clinical Microbiology Reviews 20, no. 4 (2007): 683, doi:10.1128/CMR.00023-07. ;
8.Wikipedia, “Horseshoe Bat.”

It is worth noting that the bats deemed the origin for the 2002 outbreak of SARS had a close bat virus relative, discovered in 2011 in Yunnan horseshoe bats by the head of coronavirus research at the Wuhan Institute of Virology, Shi Zhengli. Jane Qiu, “How China’s ‘Bat Woman’ Hunted Down Viruses from SARS to the New Coronavirus,” Scientific American, June 1, 2020. Designated as Rs3367, the bat virus shares 96% of its amino acid sequence with SARS. It is believed that the original bat virus first jumped to palm civets, the intermediate host, and then jumped to humans in Guangdong. The palm civet SARS progenitor strain shared over 99.8% of its genome with the human SARS strain identified in Guangdong. Yi Guan et al., “Isolation and Characterization of Viruses Related to the SARS Coronavirus from Animals in Southern China,” Science 302, no. 5,643 (2003): 276–78, doi:10.1126/science.1087139. ;
9..Kristian Andersen et al., “The Proximal Origin of SARS-CoV-2” (preprint), virological.org (February 17, 2020); and Kristian Andersen et al., “The Proximal Origin of SARS-CoV-2,” Nature Medicine 26 (March 17, 2020): 450–52, doi:10.1038/s41591-020-0820-9.

The paper became one of the most widely cited papers in all of virology, eliciting more than 2,700 citations, and also earned the third spot out of almost 20 million scientific papers tracked by the Altmetric score, which tallies up references to scientific publications in press and social media. “The Proximal Origin of SARS-CoV-2 Overview of Attention for Article Published in Nature Medicine, March 2020,” Altmetric. ;
10.One of the most striking aspects of the Andersen et al. papers concerns the significance of the novel furin cleavage site insertion. Just days before publishing the paper, Andersen remarked that the insertion “looks engineered” during an email exchange with Anthony Fauci, director of the National Institute of Allergy and Infectious Diseases. In their paper, Andersen et al. do not express any surprise over the furin cleavage site. Instead they state that, “the acquisition of both the polybasic cleavage site and predicted O-linked glycans also argues against culture-based scenarios.”

Subsequent culture-based passaging of SARS-CoV-2 in the presence of antibodies reveal that novel glycan sequons can arise in vitro. See Emanuele Andreano et al., “SARS-CoV-2 Escape from a Highly Neutralizing COVID-19 Convalescent Plasma,” Proceedings of the National Academy of Sciences 118, no. 36 (2021), doi:10.1073/pnas.2103154118. The posited presence of O-linked glycans near the furin cleavage site was later experimentally shown to be false, as Andersen himself publicly admitted. Rosanna Segretto, Twitter post, May 10, 2021, 1:06 AM.

Finally, Andersen et al. remark,
[S]ubsequent generation of a polybasic cleavage site would have then required repeated passage in cell culture or animals with ACE2 receptors similar to those of humans, but such work has also not previously been described.
It is now well documented that the WIV used humanized mice and passaged viruses in humanized mice or civets. Moreover, a novel polybasic cleavage site can easily be generated through genetic engineering. Rowan Jacobsen, “Inside the Risky Bat-Virus Engineering that Links America to Wuhan,” MIT Technology Review, June 29, 2021; Jon Cohen, “Wuhan Coronavirus Hunter Shi Zhengli Speaks Out,” Science 369, no. 6,503 (2020): 487–88, doi:10.1126/science.369.6503.487; and Zhengli Shi, “Reply to Science Magazine,” July 15, 2020. The latter reference contains the responses from Shi that appeared in Cohen’s interview. ;
11.Charles Calisher et al., “Statement in Support of the Scientists, Public Health Professionals, and Medical Professionals of China Combatting COVID-19,” The Lancet 395, no. 10,226 (2020): E42–43, doi:10.1016/S0140-6736(20)30418-9. ;
12.Betsy McKay, “NIH Presses U.S. Nonprofit for Information on Wuhan Virology Lab,” Wall Street Journal, August 19, 2020. ;
13.Jacobsen, “Inside the Risky Bat-Virus Engineering.” ;
14.Editors of the Lancet, “Addendum: Competing Interests and the Origins of SARS;CoV;2,” The Lancet 397, no. 10,293 (2021): 2,449–50, doi:10.1016/S0140-6736(21)01377-5. ;
15.Simone McCarthy, “WHO Names Line-up for International Team looking into Coronavirus Origins,” Yahoo! News, November 25, 2020. The reporting notes that Daszak was “known for his research into SARS-like bat coronaviruses in southeastern China and president of US group EcoHealth Alliance. Daszak is also heading a separate task force looking into the virus origins under The Lancet scientific journal’s COVID-19 Commission.” ;
16.World Health Organization, WHO-Convened Global Study of Origins of SARS-CoV-2: China Part; Joint WHO–China Study 14 January–10 February 2021 (March 30, 2021), 9, 120. ;
17.WHO-Convened Global Study of Origins, 9, 115. ;
18.WHO-Convened Global Study of Origins, 119. ;
19.Peter Ben Embarek quoted in Adam Taylor, Emily Rauhala, and Martin Selsoe Sorensen, “In New Documentary, WHO Scientist Says Chinese Officials Pressured Investigation to Drop Lab-Leak Hypothesis,” Washington Post, August 12, 2021. ;
20.Ben Embarek quoted in Taylor, Rauhala, and Sorensen, “WHO Scientist Says Chinese Officials Pressured Investigation.” ;
21.Taylor, Rauhala, and Sorensen, “WHO Scientist Says Chinese Officials Pressured Investigation.” ;
22.The Associated Press, “The WHO’s Chief Says It Was Premature to Rule out a Lab Leak as the Pandemic’s Origin,” NPR, July 15, 2021. ;
23.“WHO Calls for Audit of Chinese Labs Where COVID-19 Was First Identified,” Euronews, July 17, 2021. ;
24.The Associated Press, “WHO’s Chief Says It Was Premature to Rule Out a Lab Leak,” NPR, July 15, 2021. ;
25.See the studies described in WHO-Convened Global Study of Origins, 8; and Wan-Ting He et al., “Total Virome Characterizations of Game Animals in China Reveals a Spectrum of Emerging Viral Pathogens,” bioRxiv (2021), doi:10.1101/2021.11.10.467646. ;
26.Anthony Fauci, Gary Nabel, and Francis Collins, “A Flu Virus Risk Worth Taking,” Washington Post, December 30, 2011. ;
27.Anthony Fauci, “Research on Highly Pathogenic H5N1 Influenza Virus: The Way Forward,” mBio 3, no. 5 (2012), doi:10.1128/mBio.00359-12. ;
28.Fauci, “Research on Highly Pathogenic H5N1.” ;
29.Remarks cited in David Willman and Madison Muller, “A Science in the Shadows,” Washington Post, August 26, 2021. Fauci’s complete presentation and these remarks can be viewed on YouTube. National Institutes of Health (NIH), “Gain-of-Function Research on HPAI H5N1 Viruses: Welcome and Introductory Remarks,” YouTube video, March 20, 2013, 32:56. ;
30.Vineet Menachery et al., “A SARS-Like Cluster of Circulating Bat Coronaviruses Shows Potential for Human Emergence,” Nature Medicine 21 (2015): 1,508–13, doi:10.1038/nm.3985. ;
31.Willman and Muller, “A Science in the Shadows.” ;
32.Willman and Muller, “A Science in the Shadows.” ;
33.Willman and Muller, “A Science in the Shadows”; Jacobsen, “Inside the Risky Bat-Virus Engineering.” ;
34.It has been claimed that this announcement occurred without proper consultation. A report in The Australian affirmed that, “[m]ultiple Trump administration officials told [the paper] Dr Fauci had not raised the issue of restarting the research funding with senior figures in the White House.” One official was quoted as saying that “It kind of just got rammed through.” The official continued: “I think there’s truth in the narrative that the (National Security Council) staff, the president, the White House chief-of-staff, those people were in the dark that he was switching back on the research.” Sharri Markson, “Anthony Fauci Backed Virus Experiments ‘Despite Pandemic Risk’,” The Australian, May 28, 2021. ;
35.Ben Hu et al., “Discovery of a Rich Gene Pool of Bat SARS-Related Coronaviruses Provides New Insights into the Origin of SARS Coronavirus,” PLOS Pathogens 13, no. 11 (2017), doi:10.1371/journal.ppat.1006698. ;
36.“Understanding the Risk of Bat Coronavirus Emergence,” NIH RePORTER, Project Number 2R01AI110964-06, Project Leader Peter Daszak (2019). ;
37.“Dr. Fauci Testifies at Senate Hearing on Covid-19 Response | NBC News,” YouTube video, May 11, 2021, 2:38:35. ;
38.Email from Anthony Fauci to Hugh Auchincloss, February 1, 2020, released under the Freedom of Information Act. ;
39.Emails between Anthony Fauci and Kristian Andersen, January 31, 2020, released under the Freedom of Information Act. ;
40.Alison Young, “Opinion: ‘I Remember It Very Well’: Dr. Fauci Describes a Secret 2020 Meeting to Talk About COVID Origins,” USA Today, June 17, 2021. ;
41.Young, “Opinion: ‘I Remember It Very Well’.” ;
42.Young, “Opinion: ‘I Remember It Very Well’.” ;
43.Andersen et al., “The Proximal Origin of SARS-CoV-2.” ;
44.The emails were obtained under the FOIA in response to a lawsuit filed by Buzzfeed News and the Washington Post. Natalie Bettendorf and Jason Leopold, “Anthony Fauci’s Emails Reveal the Pressure That Fell on One Man,” Buzzfeed News, June 2, 2021; and Christina Maxouris and Paul LeBlanc, “Thousands of Fauci’s Emails Were Released under the Freedom of Information Act,” CNN, June 3, 2021. ;
45.Yuri Deigin, “Response of Dr. Kristian G. Andersen to Questions Relating to His Email to Dr. Fauci Recently Released under FOIA,” Medium (Yuri Deigin), June 4, 2021. ;
46.Archive.Today version of Kristian Anderson, Twitter post, January 23, 2020, 11:11 PM (since deleted); and Lab Leak, Twitter post, June 4, 2021. ;
47.Anders Anglesey, “Scientist Who Warned Fauci COVID Could Be ‘Engineered’ Deletes Twitter Account,” Newsweek, June 7, 2021; and Ian Birrell, “Did Scientists Stifle the Lab-Leak Theory?,” UnHerd, July 22, 2021. ;
48.Jeremy Farrar and Anjana Ahuja, Spike: The Virus vs. The People – The Inside Story (London: Profile, 2022). ;
49.Birrell, “Did Scientists Stifle the Lab-Leak Theory?” ;
50.Email from Kristian Andersen to Peter Daszak, February 4, 2020, released under the Freedom of Information Act; and Calisher et al., “Statement in Support of the Scientists.” ;
51.Email from Jeremy Farrar to Anthony Fauci and Francis Collins, February 5, 2020, released under the Freedom of Information Act; to view the email, see CDommasch, Twitter post, January 15, 2022, 12:52 PM. ;
52.Emails between Peter Daszak and Ralph Baric, February 6, 2020, released under the Freedom of Information Act. ;
53.Lucy van Dorp et al., “Emergence of Genomic Diversity and Recurrent Mutations in SARS-CoV-2,” Infection, Genetics and Evolution 83 (2020), doi:10.1016/j.meegid.2020.104351. ;
54.Guan et al., “Isolation and Characterization of Viruses.” ;
55.Michael Worobey, “Dissecting the Early COVID-19 Cases in Wuhan,” Science 374, no. 6,572 (2021), doi:10.1126/science.abm4454. His story was picked up by other outlets: Jane Qiu, “This Scientist Now Believes Covid Started in Wuhan’s Wet Market. Here’s Why,” MIT Technology Review, November 19, 2021. ;
56.Worobey quoted in Daniel Stolte, “Evidence Points to Animal Market, Not Lab, as Epicenter of Pandemic,” University of Arizona News, November 18, 2021. ;
57.Linda Lew, “Chinese Scientist Hits Back at Wuhan Market Coronavirus Origin Paper,” South China Morning Post, December 11, 2021; and Yuri Deigin, Twitter post, December 12, 2021, 3:22 PM. ;
58.Worobey, “Dissecting the Early COVID-19 Cases in Wuhan.” ;
59.He et al., “Total Virome Characterizations of Game Animals.” ;
60.Worobey, “Dissecting the Early COVID-19 Cases in Wuhan.” ;
61.Jesse Bloom, “Recovery of Deleted Deep Sequencing Data Sheds More Light on the Early Wuhan SARS-CoV-2 Epidemic,” Molecular Biology and Evolution (2021): msab246, doi:10.1093/molbev/msab246. ;
62.Bloom, “Recovery of Deleted Deep Sequencing Data”; and Sudhir Kumar et al., “An Evolutionary Portrait of the Progenitor SARS-CoV-2 and Its Dominant Offshoots in COVID-19 Pandemic,” Molecular Biology and Evolution 38, no. 8 (2021): 3,046–59, doi:10.1093/molbev/msab118. ;
63.Ning Wang et al., “Serological Evidence of Bat SARS-Related Coronavirus Infection in Humans, China,” Virologica Sinica 33, no. 1 (2018): 104–107, doi:10.1007/s12250-018-0012-7. ;
64.Peter Daszak, Twitter post, April 16, 2020, 4:30 PM. ;
65.Qiu, “How China’s ‘Bat Woman’ Hunted Down Viruses.” ;
66.“Understanding the Risk of Bat Coronavirus Emergence,” NIH RePORTER. ;
67.“Understanding the Risk of Bat Coronavirus Emergence,” NIH RePORTER. ;
68.Meredith Wadman and Jon Cohen, “NIH’s Axing of Bat Coronavirus Grant a ‘Horrible Precedent’ and Might Break Rules, Critics Say,” Science, April 30, 2020; Sarah Owermohle, “Trump Cuts U.S. Research on Bat-Human Virus Transmission over China Ties,” Politico, April 27, 2020; and EcoHealth Alliance, “Regarding NIH Termination of Coronavirus Research Funding.” ;
69.Wadman and Cohen, “NIH’s Axing of Bat Coronavirus Grant”; and Nurith Aizenman, “Why the U.S. Government Stopped Funding a Research Project on Bats and Coronaviruses,” NPR, April 29, 2020. ;
70.USASPENDING.gov, “Project Grant FAIN R01AI11964.” See the Sub-Awards section of the Award History for details of the funds distributed to WIV. The services provided are summarized as “Conduct high-quality testing, sequencing, and analyses of field samples; maintenance of cold-chains from field to lab; ensuring quality control of sample storage and testing; collaborating on scientific publications and programmatic reporting.” ;
71.Jie Cui, Fang Li, and Zheng-Li Shi, “Origin and Evolution of Pathogenic Coronaviruses,” Nature Reviews Microbiology 17, no. 3 (2019): 181–92, doi:10.1038/s41579-018-0118-9. ;
72.Yuri Deigin, Twitter post, May 23, 2020, 8:06 PM; and Vincent Racaniello, “TWiV 615: Peter Daszak of EcoHealth Alliance,” YouTube video, May 29, 2020, 30:00. ;
73.MedSci, “;;;;;;SARS;;;;;;;;;;ACE2;;;;;;;;;;;;-;;;;;;;;;;;;-MedSci.cn. (Pathogenicity of Two Novel Bat SARS-Associated Coronaviruses in Transgenic Mice Expressing Human ACE2-National Natural Science Foundation of China-MedSci.cn).”
74/Xing-Yi Ge, Ben Hu, and Zheng-Li Shi, “Bat Coronaviruses” in Bats and Viruses: A New Frontier of Emerging Infectious Diseases, ed. Lin-Fa Wang and Christopher Cowled (Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, 2015), 127–55. ;
75.“Coronaviruses: The Next Disease X?,” The Native Antigen Company, November 5, 2019; Menachery et al., “A SARS-Like Cluster of Circulating Bat Coronaviruses”; Kevin Loria, “The World Health Organisation Is Worried about Disease X and You Should Be Too,” World Economic Forum, March 15, 2018; and Simone McCarthy et al., “How Disease X, the Epidemic-in-Waiting, Erupted in China,” South China Morning Post, February 27, 2020. ;
76.Shibo Jiang and Zheng-Li Shi, “The First Disease X Is Caused by a Highly Transmissible Acute Respiratory Syndrome Coronavirus,” Virologica Sinica 35, no. 3 (2020): 263–65, doi:10.1007/s12250-020-00206-5. ;
77.Yuri Deigin and Rossana Segreto, “SARS-CoV-2’s Claimed Natural Origin Is Undermined by Issues with Genome Sequences of Its Relative Strains,” BioEssays 43, no. 7 (2021): e2100015, doi:10.1002/bies.202100015. ;
78.In China specifically, they did so as early as 2006 and as recently as 2019. See Kathryn Follis, Joanne York, and Jack Nunberg, “Furin Cleavage of the SARS Coronavirus Spike Glycoprotein Enhances Cell-Cell Fusion but Does Not Affect Virion Entry,” Virology 350, no. 2 (2006): 358–69, doi:10.1016/j.virol.2006.02.003; and Jinlong Cheng et al., “The S2 Subunit of QX-type Infectious Bronchitis Coronavirus Spike Protein Is an Essential Determinant of Neurotropism,” Viruses 11, no. 10 (2019): 972, doi:10.3390/v11100972. ;
79.Bill Gallaher, “Analysis of Wuhan Coronavirus: Deja Vu,” virological.org, January 2020; and Wei Zhang et al., “A Furin Cleavage Site Was Discovered in the S Protein of the 2019 Novel Coronavirus,” Chinese Journal of Bioinformatics (in Chinese) 18, no. 2 (2020): 103–108, doi:10.12113/202002001.

An even more peculiar feature is dependent on the presence of CGG codons in the insertion. The furin cleavage site has a tendency to mutate away in culture or in certain lab animals. The CGG codons in the insertion allow the concurrent creation of a FauI restriction enzyme digestion site, which can be used for quick and efficient viral colony screening to check if the furin cleavage site is still there. The method of using restriction sites to screen for the presence or absence of a particular genomic feature is called restriction fragment length polymorphism (RFLP). It has been in use for decades. Examples of using FauI for RFLP analysis are well documented in scientific literature, and the WIV itself has been known to employ the RFLP technique before. If someone at the WIV chose to insert a furin cleavage site into a coronavirus, it is plausible they would also equip their insertion with a “tracking beacon” to be able to quickly assert its continued presence via the RFLP technique. ;
80.Kamal Shokeen et al., “Insight towards the Effect of the Multibasic Cleavage Site of SARS-CoV-2 Spike Protein on Cellular Proteases,” bioRxiv (2020), doi:10.1101/2020.04.25.061507; Jean Kaoru Millet and Gary Whittaker, “Host Cell Proteases: Critical Determinants of Coronavirus Tropism and Pathogenesis,” Virus Research 202 (2014): 120–34, doi:10.1016/j.virusres.2014.11.021; and Thomas Peacock et al., “The Furin Cleavage Site in the SARS-CoV-2 Spike Protein Is Required for Transmission in Ferrets,” Nature Microbiology 6 (2021): 899–909, doi:10.1038/s41564-021-00908-w. ;
81.Peng Zhou et al., “A Pneumonia Outbreak Associated with a New Coronavirus of Probable Bat Origin,” Nature 579, (2020): 270–73, doi:10.1038/s41586-020-2012-7; and Shibo Jiang, Lanying Du, and Zhengli Shi, “An Emerging Coronavirus Causing Pneumonia outbreak in Wuhan, China: Calling for Developing Therapeutic and Prophylactic Strategies,” Emerging Microbes & Infections 9, no. 1 (2020): 275–77, doi:10.1080/22221751.2020.1723441. ;
82.See the discussion concerning RaTG13 in Zhou et al., “A Pneumonia Outbreak”:
Phylogenetic analysis of the full-length genome and the gene sequences of RdRp and spike (S) showed that—for all sequences—RaTG13 is the closest relative of 2019-nCoV and they form a distinct lineage from other SARSr-CoVs.
 ;
83.Another possibility is that the ancestral strain already had TCT rather than TCA for the serine codon preceding the insertion, and the insertion is fully in frame: CCT CGG CGG GCA [PRRA]. ;
84.Yuri Deigin and Rossana Segretto, “The Genetic Structure of SARS-CoV-2 is Consistent with Both Natural or Laboratory Origin: Response to Tyshkovskiy and Panchin (10.1002/bies.202000325),” BioEssays 43, no. 9 (2021): e2100137, doi:10.1002/bies.202100137. ;
85.Gao Yu et al., “How Early Signs of the Coronavirus Were Spotted, Spread and Throttled in China,” The Straits Times, February 28, 2020. ;
86.Peng Zhou et al., “Discovery of a Novel Coronavirus Associated with the Recent Pneumonia Outbreak in Humans and Its Potential Bat Origin,” bioRxiv (2020); Zhou et al., “A Pneumonia Outbreak.” ;
87.Zhou et al., “A Pneumonia Outbreak.” ;
88.“amplicon_sequences of RaTG13 (SRR11806578),” NCBI Sequence Read Archive. ;
89.This is confirmed by Shi in her answer to question (7) in Shi, “Reply to Science Magazine.” Further confirmation of the chronology was provided in the following paper: Peng Zhou et al., “Addendum: A Pneumonia Outbreak Associated with a New Coronavirus of Probable Bat Origin,” Nature 588, E6 (2020), doi:10.1038/s41586-020-2951-z. ;
90.Monali Rahalkar and Rahul Bahulikar, “Lethal Pneumonia Cases in Mojiang Miners (2012) and the Mineshaft Could Provide Important Clues to the Origin of SARS-CoV-2,” Frontiers in Public Health 8:581569 (2020), doi:10.3389/fpubh.2020.581569. ;
91.Rossana Segreto and Yuri Deigin, “The Genetic Structure of SARS-CoV-2 Does Not Rule Out a Laboratory Origin,” BioEssays 43, no. 3 (2020), doi:10.1002/bies.202000240. ;
92.Zhou et al., “Addendum.” ;
93.Xing-Yi Ge et al., “Coexistence of Multiple Coronaviruses in Several Bat Colonies in an Abandoned Mineshaft,” Virologica Sinica 31 (2016): 31–40, doi:10.1007/s12250-016-3713-9. ;
94“Rhinolophus Bat Coronavirus BtCoV/4991 RNA-Dependent RNA polymerase (RdRp) Gene, Partial cds,” GenBank: KP876546.1 ;
95.Zhou et al., “A Pneumonia Outbreak.” ;
96.Jiang, Du, and Shi, “An Emerging Coronavirus.” This paper was submitted on January 20, 2020, three days before the preprint by Zhou et al., “Discovery of a Novel Coronavirus.” ;
97.The initial submission QHR63260.1 was subsequently corrected by QHR63260.2 that saw the first nine amino acids (mfllttkrt) of the spike protein deleted. ;
98.Jiang, Du, and Shi, “An Emerging Coronavirus.” ;
99.Fabian Zech et al., “Spike Residue 403 Affects Binding of Coronavirus Spikes to Human ACE2,” Nature Communications 12, no. 6,855 (2021), doi:10.1038/s41467-021-27180-0:
Both WT SARS-CoV-2 S and (to a lesser extent) R403T SARS-CoV-2 S proteins were also capable of using bat (Rhinolophus affinis) ACE2 for viral entry although the overall infection rates were low. In contrast, the RaTG13 S proteins were unable to use bat ACE2 for infection suggesting that RaTG13 might use an alternative receptor for infection of bat cells [emphasis added].
 ;
100.The WIV clearly knew how to adapt human viruses to rodent animal models, as they had humanized mice in their lab. Ren-Di Jiang et al., “Pathogenesis of SARS-CoV-2 in Transgenic Mice Expressing Human Angiotensin-Converting Enzyme 2,” Cell 182, no. 1 (2020): 50–58.E8, doi:10.1016/j.cell.2020.05.027. ;
101.Ning Wang, “Serological Cross-Reactivity Analysis of Coronavirus Based on Nucleocapsid Proteins” (MSc thesis, Wuhan Institute of Virology, May 2014). ;
102.Ge et al., “Coexistence of Multiple Coronaviruses.” ;
103.“Rhinolophus Bat Coronavirus BtCoV/4991 RNA-Dependent RNA Polymerase (RdRp) Gene, Partial CDS,” GenBank: KP876546.1. ;
104.Yu Ping, “Geographic Evolution of Bat SARS-related Coronaviruses” (MSc thesis, Wuhan Institute of Virology, June 2019). ;
105.The Q&A was published alongside an article on Shi that drew upon this material. Cohen, “Wuhan Coronavirus Hunter Shi Zhengli Speaks Out.” ;
106.The explanation appears on page 7 of Shi, “Reply to Science Magazine.” ;
107.Deigin and Segreto, “SARS-CoV-2’s Claimed Natural Origin Is Undermined.” ;
108.See page 7 in Shi, “Reply to Science Magazine.” ;
109.David Cyranoski, “Chinese Institutes Investigate Pathogen Outbreaks in Lab Workers,” Nature, December 17, 2019; and Shah Marzia Mahjabin Lina, Mohana Priya Kunasekaran, and Aye Moa, “Brucellosis Outbreak in China, 2019,” Global Biosecurity 3, no. 1 (2021), doi:10.31646/gbio.108. ;
110.Wertheim, “The Re-Emergence of H1N1 Influenza Virus.” ;
111.Peter Palese, “Influenza: Old and New Threats,” Nature Medicine 10 (2004): S82–S87, doi:10.1038/nm1141. ;
112.See Table 1, “Influenza Pandemics Since the 20th Century,” in Martin Michaelis, Hans Wilhem Doerr, and Jindrich Cinatl Jr., “Novel Swine-Origin Influenza A Virus in Humans: Another Pandemic Knocking at the Door,” Medical Microbiology and Immunology 198, no. 3 (2009): 175–83, doi:10.1007/s00430-009-0118-5.  ;
113.Wikipedia, “Sverdlovsk Anthrax Leak.” ;
114.Poh Lian Lim et al., “Laboratory-Acquired Severe Acute Respiratory Syndrome,” New England Journal of Medicine 350 (2004): 1,740–45, doi:10.1056/NEJMoa032565; “SARS Case Confirmed in Taiwan,” Wired, December 17, 2003; and Robert Walgate, “SARS Escaped Beijing Lab Twice,” The Scientist, April 25, 2004. ;
115.Josh Rogin, “State Department Cables Warned of Safety Issues at Wuhan Lab Studying Bat Coronaviruses,” The Washington Post, April 14, 2020. ;
116.Rogin, “State Department Cables Warned of Safety Issues.” ;
117.“China Orders Safety Overhaul at University Labs,” Xinhua Net, January 26, 2019. ;
118.Sainath Suryanarayana, “Senior Chinese Scientist Acquired SARS-CoV-2 in Lab Infection Accident, Virologist Says,” U.S. Right to Know, August 5, 2021. ;
119.Matt Field, “A Lab Assistant Involved in Covid-19 Research in Taiwan Exposed 110 People after Becoming Infected at Work,” Bulletin of the Atomic Scientists, January 25, 2022. ;
120.“;;;; (Virus Resources)” archived at web.archive.org on October 23, 2017.

Another notable change was the deletion of the WIV’s viral database, which was once publicly available. The database originally contained 61.5Mb of data, but when I tried to download it again in May 2020, it was no longer available. Soon after, the database description page was also taken down, but its archived copy is still available. In a December 2020 interview with the BBC, Shi was asked why the the database had been deleted. She replied that it was removed for security reasons. Yuri Deigin, Twitter post, May 11, 2020, 7:02 PM; Tang Yijie et al., “Bat and Rodent-Borne Viral Pathogen Database,” CSData 4, no. 4 (2019), doi:10.11922/csdata.2019.0018.zh, archived at web.archive.org on May 29, 2020; and John Sudworth, “Covid: Wuhan Scientist Would ‘Welcome’ Visit Probing Lab Leak Theory,” BBC News, December 21, 2020. ;
121.“Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories,” 6th edn., Centers for Disease Control and Prevention, National Institutes of Health, June 2020, 32. ;
122.Shi, “Reply to Science Magazine,” 1. ;
123.Jacobsen, “Inside the Risky Bat-Virus Engineering.” ;
124.Jacobsen, “Inside the Risky Bat-Virus Engineering.” ;
125.Jacobsen, “Inside the Risky Bat-Virus Engineering.” ;
126.Jacobsen, “Inside the Risky Bat-Virus Engineering.” ;
127.Michael Gordon, Warren Strobel, and Drew Hinshaw, “Intelligence on Sick Staff at Wuhan Lab Fuels Debate on Covid-19 Origin,” Wall Street Journal, May 23, 2021; and Office of the Spokesperson, “Fact Sheet: Activity at the Wuhan Institute of Virology,” US Department of State, January 15, 2021. ;
128.Josephine Ma, “Coronavirus: China’s First Confirmed COVID-19 Case Traced Back to November 17,” South China Morning Post, March 13, 2020. There were other reports of expats living in Wuhan having contracted COVID-19 published in November 2019, e.g., “Man ‘Who Had Coronavirus’ Says He is Isolated in Wuhan,” BBC News, February 4, 2020. ;
129.Sharon Lerner and Maia Hibbett, “Leaked Grant Proposal Details High-Risk Coronavirus Research,” The Intercept, September 23, 2021. ;
130.Project DEFUSE: Defusing the Threat of Bat-Borne Coronaviruses (grant proposal HR001118S0017-PREEMPT-PA-001, submitted by EcoHealth Alliance to DARPA, March 27, 2018), 11. ;
131.Xing-Yi Ge et al., “Detection of Alpha- and Betacoronaviruses in Rodents from Yunnan, China,” Virology Journal 14, no. 98 (2017), doi:10.1186/s12985-017-0766-9; and Ge et al., “Coexistence of Multiple Coronaviruses.”

Cross-species coronavirus transmission, including between bats and rodents, seems to have been of particular interest to Shi, as evident by the description of the WIV viral database with “20,000 pieces of animal samples and virus data from bats and rodents,” which Shi curated personally and that contained the keywords “cross-species transmission.” Shi deleted those keywords on December 30, 2019. Yuri Deigin, Twitter post, May 14, 2020, 11:00 AM. ;
132.Sarah Temmam et al., “Coronaviruses with a SARS-CoV-2-Like Receptor-Binding Domain Allowing ACE2-Mediated Entry into Human Cells Isolated from Bats of Indochinese Peninsula,” Nature Portfolio (In Review) (2021), doi:10.21203/rs.3.rs-871965/v1. ;
133.RmYN02 is closer to SARS-CoV-2 than RaTG13 only if the receptor-binding domain is excluded from the comparison. ;
134.“Gain of Function Communications between EcoHealth Alliance and NIAID Obtained by the White Coat Waste Project as the Result of a Freedom of Information Act Lawsuit,” Scribd, uploaded by Andrew Kerr, 60. ;
135.Francisco de Asis, Twitter post, November 12, 2021, 6:16 PM; “Rousettus Bat Coronavirus HKU9 Isolate 7554-2 RNA-Dependent RNA Polymerase (RdRp) Gene, Partial cds,” GenBank: MN312670.1. ;
136.Alice Latinne et al., “Origin and Cross-Species Transmission of Bat Coronaviruses in China,” Nature Communications 11, no. 4,235 (2020), doi:10.1038/s41467-020-17687-3. ;
137.MedSci, “;;;;;;SARS;;;;;;;;;;ACE2;;;;;;;;;;;;-;;;;;;;;;;;;-MedSci.cn. (Pathogenicity of Two Novel Bat SARS-Associated Coronaviruses).” ;
138.Segreto and Deigin, “The Genetic Structure of SARS-CoV-2.” ;
139.Shiv Shankhar Kaundun et al., “Derived Polymorphic Amplified Cleaved Sequence (dPACS): A Novel PCR-RFLP Procedure for Detecting Known Single Nucleotide and Deletion–Insertion Polymorphisms,” International Journal of Molecular Sciences 20, no. 13 (2019), doi:10.3390/ijms20133193. ;
140.Sikandar Khan et al., “The Human XPC DNA Repair Gene: Arrangement, Splice Site Information Content and Influence of a Single Nucleotide Polymorphism in a Splice Acceptor Site on Alternative Splicing and Function,” Nucleic Acids Research 30, no. 16 (2002): 3,624–31, doi: 10.1093/nar/gkf469. ;
141.Nathan Havill, Stephen Gaimari, and Adalgisa Caccone, “Cryptic East-West Divergence and Molecular Diagnostics for Two Species of Silver Flies (Diptera: Chamaemyiidae: Leucopis) from North America Being Evaluated for Biological Control of Hemlock Woolly Adelgid,” Biological Control 121 (2018): 23–29, doi:10.1016/j.biocontrol.2018.02.004; Miros;awa Cie;li;ska, “Genetic Diversity of Seven Strawberry mottle virus Isolates in Poland,” The Plant Pathology Journal 35, no. 4 (2019): 389–92, doi:10.5423/PPJ.NT.12.2018.0306; and Jing Zhang et al., “A Loss-of-Function Mutation in the Integrin Alpha L (Itgal) Gene Contributes to Susceptibility to Salmonella enterica Serovar Typhimurium Infection in Collaborative Cross Strain CC042,” Infection and Immunity 88, no. 1 (2019), doi:10.1128/IAI.00656-19. ;
142.Lei-Ping Zeng et al., “Bat Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus WIV1 Encodes an Extra Accessory Protein, ORFX, Involved in Modulation of the Host Immune Response,” Journal of Virology 90, no. 14 (2016), doi:10.1128/JVI.03079-15. ;
143.Michito Sasaki et al., “SARS-CoV-2 Variants with Mutations at the S1/S2 Cleavage Site Are Generated in vitro during Propagation in TMPRSS2-Deficient Cells,” PLOS Pathogens (2021), doi:10.1371/journal.ppat.1009233; Zhe Liu et al., “Identification of Common Deletions in the Spike Protein of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2,” Journal of Virology 94, no. 17 (2020): e00790-20, doi:10.1128/JVI.00790-20; and Siu-Ying Lau et al., “Attenuated SARS-CoV-2 Variants with Deletions at the S1/S2 Junction,” Emerging Microbes & Infections 9, no. 1 (2020): 837–42, doi:10.1080/22221751.2020.1756700. ;
144.Veneet Menachery et al., “Trypsin Treatment Unlocks Barrier for Zoonotic Coronaviruses Infection,” bioRxiv (2019), doi:10.1101/768663; later published in Journal of Virology 94, no. 5 (2020), doi:10.1128/JVI.01774-19. ;
145.Yang Yang et al., “Two Mutations Were Critical for Bat-to-Human Transmission of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus,” Journal of Virology 89, no. 17 (2015): 9,119–23, doi:10.1128/JVI.01279-15. ;
146.Yuanping Zhou et al., “Simultaneous Expression of Displayed and Secreted Antibodies for Antibody Screen,” PLOS ONE 8, no. 11 (2013): e80005, doi:10.1371/journal.pone.0080005. ;
147.Shuai Xia et al., “Inhibition of SARS-CoV-2 (Previously 2019-nCoV) Infection by a Highly Potent Pan-Coronavirus Fusion Inhibitor Targeting Its Spike Protein that Harbors a High Capacity to Mediate Membrane Fusion,” Cell Research 30 (2020): 343–55, doi:10.1038/s41422-020-0305-x. ;
148.Shuai Xia et al., “A Pan-Coronavirus Fusion Inhibitor Targeting the HR1 Domain of Human Coronavirus Spike,” Science Advances 5, no. 4 (2019): eaav4580, doi:10.1126/sciadv.aav4580. ;
149.World Health Organization, “Middle East Respiratory Syndrome Coronoavirus (MERS-CoV).” ;
150.“We constructed the full-length infectious clone of MERS-CoV, and replaced the RBD of MERS-CoV with the RBDs of various strains of HKU4-related coronaviruses previously identified in bats from different provinces in southern China.” Quoted in Sharon Lerner and Maia Hibbett, “EcoHealth Alliance Conducted Risky Experiments on MERS Virus in China,” The Intercept, October 21, 2021. ;
151.“The full-length infectious cDNA clone of MERS-CoV has been successfully constructed. The full-length S gene of 12 different novel bat MERS-related coronaviruses have been amplified and cloned into the T-vectors.” “Understanding the Risk of Bat Coronavirus Emergence” (Grant Number 5R01AI110964-05, report submitted by EcoHealth Alliance to the National Institute of Allergy and Infectious Diseases, August 3, 2021). ;
152.Adrian Jones, “Risky MERSr-CoV Research in Wuhan,” Medium, November 5, 2021. These details were uncovered by DRASTIC, a team of scientists and researchers formed in 2020 to investigate the origins of COVID-19. ;
Yuri Deigin is a biotech entrepreneur with a background in drug discovery