Глава 12. Версия Латэма-Уилсон

Глава 12. Версия Латэма-Уилсон.

На основе вновь обнаруженных обстоятельств, вскрытых группой DRASTIC, 15 июля 2020 года на страницах журнала IndependentScienseNews появилась научная статья докторов философии Джонатана Латэма(фото вверху) и Эллисон Уилсон с новой оригинальной гипотезой происхождения коронавируса SARS-CoV-2.

Предполагаемое происхождение SARS-CoV-2 и пандемии COVID-19.

Во всех обсуждениях происхождения пандемии COVID-19 огромное научное внимание уделялось молекулярному характеру вируса SARS-CoV-2, включая его новую последовательность генома по сравнению с его ближайшими родственниками. В отличие от этого, практически не уделялось внимания физическому происхождению этих ближайших генетических родственников, его предполагаемых предков, которые представляют собой две вирусные последовательности, названные BtCoV / 4991 и RaTG13.

Это пренебрежение вызывает удивление, потому что их происхождение более чем интересно. BtCoV / 4991 и RaTG13 были собраны из шахты в провинции Юньнань, Китай, в 2012/2013 годах исследователями из лаборатории Чжэн-ли Ши Уханьского института вирусологии (WIV). Незадолго до этого, весной 2012 года, шесть шахтеров, работавших в шахте, заразились загадочной болезнью, и трое из них умерли (Wu et al., 2014). Специфика этого загадочного заболевания практически забыта; однако они описаны в китайской магистерской диссертации, написанной в 2013 году врачом, который наблюдал за их лечением.

Мы договорились о переводе этой магистерской диссертации на английский язык. Содержащиеся в ней доказательства заставили нас пересмотреть все, что, как мы думали, мы знали о происхождении пандемии COVID-19. Это также привело нас к предположению о вероятном пути, по которому изолированная вспышка заболевания на шахте в 2012 году привела к глобальной пандемии в 2019 году.

Происхождение SARS-CoV-2, которое мы предлагаем ниже, основано на историях болезни этих шахтеров и их лечении в больнице. Эта простая теория объясняет все ключевые особенности нового вируса SARS-CoV-2, в том числе те, которые озадачивали вирусологов с начала вспышки.

Теория может объяснить происхождение сайта расщепления многоосновного фурина, который представляет собой область вирусного белка-шипа, который делает его восприимчивым к расщеплению ферментом-хозяином фурином и который значительно усиливает распространение вируса в организме. Этот участок с фурином является новым для SARS-CoV-2 по сравнению с его ближайшими родственниками (Coutard и др., 2020). Теория также объясняет исключительное сродство белка вирусного шипа к рецепторам человека, что также удивило вирусологов (Letko et al., 2020; Piplani et al., 2020; Wrapp et al., 2020; Walls et al., 2020). Теория также объясняет, почему вирус практически не эволюционировал с начала пандемии, что также является глубоко загадочным аспектом вируса, предположительно нового для людей (Zhan et al., 2020; van Dorp et al., 2020; Chaw et al., 2020). Наконец, теория четко объясняет, почему SARS-CoV-2 поражает легкие, что необычно для коронавируса (Huang et al., 2020).

Мы не предлагаем специально генетически модифицированного или биологического происхождения вируса, но теория предлагает важную причинную роль в пандемии для научных исследований, проведенных лабораторией Чжэн-ли Ши в WIV; таким образом, также объясняет Ухань как местоположение эпицентра.

Почему происхождение RaTG13 и BtCoV / 4991 было проигнорировано?

Очевидным источником пандемии COVID-19 является город Ухань в провинции Хубэй, Китай. В Ухане также находится ведущий в мире исследовательский центр по изучению коронавирусов летучих мышей. В городе есть две вирусологические лаборатории, в обеих либо собирали коронавирусы летучих мышей, либо исследовали их в недавнем прошлом. Лаборатория Shi, которая собрала BtCoV / 4991 и RaTG13, недавно получила гранты для экспериментальной оценки потенциальной пандемической патогенности новых коронавирусов летучих мышей, которые они собрали в дикой природе.
В дополнение к этим наводящим на размышления данным, существует долгая история несчастных случаев, вспышек заболеваний и даже пандемий в результате несчастных случаев в лаборатории с вирусами (Furmanski, 2014; Weiss et al., 2015). По этим и другим причинам, изложенным в нашей статье, доказывается, что COVID-19 имел лабораторное происхождение, мы (вирусолог и генетик) и другие пришли к выводу, что лабораторная вспышка является заслуживающим доверия тезисом. Конечно, лабораторное происхождение имеет, по крайней мере, столько же косвенных доказательств в его поддержку, сколько и любая теория естественного зоонозного происхождения (Piplani et al., 2020; Segreto and Deigin, 2020; Zhan et al., 2020).

Средства массовой информации, обычно столь увлеченные спорами, в значительной степени отказались даже обсуждать возможность побега из лаборатории. Многие новостные сайты просто назвали это теорией заговора.

Основной причиной отказа СМИ от возможности лабораторного происхождения является обзорная статья в Nature Medicine (Andersen et al., 2020). Хотя к 29 июня 2020 года в этом обзоре было почти 700 ссылок, он также имеет серьезные научные недостатки. Эти недостатки заслуживают внимания сами по себе, но они также являются полезной основой для понимания последствий магистерской диссертации.

Андерсен и др., критический анализ

Вопрос о происхождении пандемии COVID-19, в общих чертах, прост. Есть два неопровержимых факта. Во-первых, заболевание вызывается вирусным патогеном человека SARS-CoV-2, впервые выявленным в Ухане в декабре 2019 года и последовательность РНК-генома которого известна. Во-вторых, все его ближайшие известные родственники происходят от летучих мышей. Вне всякого разумного сомнения, SARS-CoV-2 произошел от наследственного вируса летучих мышей. Авторы Nature Medicine поставили перед собой задачу установить относительные преимущества каждого из различных возможных путей (лабораторный или естественный), по которым коронавирус летучей мыши мог попасть к людям и в ходе того же процесса приобрел необычный сайт фурина и спайковый белок, имеющий очень высокое сродство к человеческому рецептору ACE2.

Когда Andersen и др. обрисовывали естественный зоонозный путь, они много размышляют о том, как мог произойти скачок. В частности, они уточняют предполагаемое место жительства у промежуточных животных, вероятно, ящеров. Например, “Наличие у ящеров RBD [домена, связывающего рецептор], очень похожего на домен SARS-CoV-2, означает, что мы можем сделать вывод, что это, вероятно, было в вирусе, который перешел к людям. Это оставляет место многоосновного расщепления, которое происходит во время передачи от человека к человеку ”. Эта вирусная эволюция произошла у “малайских ящеров, незаконно ввезенных в провинцию Гуандун”. Даже с учетом этих предположений в этой теории есть серьезные пробелы. Например, почему вирус так хорошо адаптирован к людям? Почему Ухань, который находится в 1000 км от Гуандуна? (См. Карту).

Авторы не приводят таких предположений в пользу тезиса о несчастном случае в лаборатории, только предположения против него:

“Наконец, образование предсказанных О-связанных гликанов также вряд ли произошло из-за пассажа клеточной культуры, поскольку такие признаки предполагают участие иммунной системы”. (курсив добавлен).

[Пассирование - это преднамеренное помещение живых вирусов в клетки или организмы, к которым они НЕ приспособлены, с целью сделать их адаптированными, то есть ускорить их эволюцию.]

Также следует отметить, что авторы Андерсена установили более высокое препятствие для лабораторной диссертации, чем зоонозная диссертация. По их мнению, лабораторная работа требуется для объяснения всей эволюции SARS-CoV-2 от его предполагаемого вирусного предка летучих мышей, тогда как, согласно их зоонозному тезису, ключевому этапу добавления сайта furin разрешено происходить у людей и, таким образом, фактически необъяснимо.

Еще один дисбаланс заключается в том, что в их отчете отсутствует ключевая информация, необходимая для оценки достоинств теории лабораторного происхождения. Как мы подробно описали в нашей предыдущей статье, в поисках SARS-подобных вирусов с потенциалом зоонозного распространения исследователи из WIV пассировали живые вирусы летучих мышей в клетках обезьян и человека (Wang et al., 2019). Они также провели множество экспериментов по рекомбинанту с различными коронавирусами летучих мышей (Ge и др., 2013; Menachery и др., 2015; Hu и др., 2017). Такие эксперименты вызвали международную озабоченность по поводу возможного создания потенциальных пандемических вирусов (Lipsitch, 2018). Как мы также показали, лаборатория Shi также выиграла грант на распространение этой работы на целых живых животных. Они планировали “эксперименты по заражению вирусом в различных клеточных культурах разных видов и гуманизированных мышей” с рекомбинантными коронавирусами летучих мышей. Тем не менее, Андерсен и др. вообще не обсуждали это исследование, кроме как сказали:

“Фундаментальные исследования, связанные с переносом коронавирусов, подобных SARS-CoV, в культуре клеток и / или на животных моделях, продолжаются в течение многих лет в лабораториях 2-го уровня биобезопасности по всему миру”.
Это утверждение в корне вводит в заблуждение относительно вида исследований, проводимых в лаборатории Shi.

Еще одно важное упущение авторов Андерсена касается истории лабораторных вспышек вирусных патогенов. Они пишут: “Есть задокументированные случаи лабораторного побега SARS-CoV”. Это довольно прозаичный намек на тот факт, что с 2003 года было зарегистрировано шесть зарегистрированных вспышек SARS в лабораториях, не все в Китае, некоторые из которых привели к смертельным исходам (Фурмански, 2014).
Андерсен и др., возможно, также отметили, что широко распространено мнение, что две крупные человеческие пандемии были вызваны лабораторными вспышками вирусных патогенов, H1N1 в 1977 году и венесуэльским лошадиным энцефалитом (обобщено в Furmanski, 2014).). Андерсен мог бы даже отметить, что буквально сотни несчастных случаев в лаборатории с вирусами привели к почти нулевым или очень локализованным вспышкам (обобщено Линн Клотц и Сэмом Хусейни, а также Вайсом и др., 2015).).
Также не упоминались случаи, когда лабораторная вспышка экспериментального или сконструированного вируса была правдоподобно теоретизирована, но остается нерасследованной. Например, наиболее последовательным объяснением пандемии "свиного гриппа" варианта H1N1 в 2009/10 году, в результате которой число погибших, по оценкам, достигло 200 000 человек (Duggal et al., 2016; Simonsen et al., 2013), является то, что вакцина была ненадлежащим образом инактивирована ее производителем (Gibbs et al., 2009). Если это так, H1N1 появился в лаборатории не один, а дважды.

Учитывая, что вирусные вспышки среди людей и домашнего скота часто происходят в лабораториях, и что многие ученые предупреждали о возможных побегах из лабораторий (Lipsitch and Galvani, 2014), а также то, что сам вирус WIV имеет сомнительные показатели биобезопасности, документ Андерсена не является беспристрастным рассмотрением возможного происхождения COVID-19.
Тем не менее, в его тексте выражены некоторые сильные мнения: “Наши анализы ясно показывают, что SARS-CoV-2 не является лабораторным конструктом или целенаправленно управляемым вирусом….Маловероятно, что SARS-CoV-2 возник в результате лабораторных манипуляций с родственным SARS-CoV-подобным коронавирусом ..... генетические данные неопровержимо показывают, что SARS-CoV-2 не происходит от какой-либо ранее использовавшейся магистрали .... доказательства показывают, что SARS-CoV2 не является целенаправленно управляемым вирусом .... мы не верим, что возможен какой-либо лабораторный сценарий ”. (Andersen et al., 2020).
Трудно не прийти к выводу, что их статья в основном показывает, что доктор Дж . Андерсен, Рамбо, Липкин, Холмс и Гарри предпочитают тезис о естественном зоонозном переносе. Их риторика откровенна, но фактические данные не подтверждают эту уверенность.

Действительно, после публикации Андерсена и др. появились важные новые доказательства, которые подрывают их теорию зоонозного происхождения. 26 мая китайский CDC исключил “влажный” рынок Хуанань в Ухане в качестве источника вспышки. Кроме того, новые исследования панголинов, излюбленных промежуточных хозяев млекопитающих, предполагают, что они не являются естественным резервуаром коронавирусов (Lee et al., 2020; Chan and Zhan, 2020). Кроме того, было обнаружено, что SARS-CoV-2 не реплицируется в клетках почек или легких летучих мышей (Rhinolophus sinicus), что означает, что SARS-CoV-2 не является недавно адаптированным разливом (Chu et al., 2020).).

Шахта Моцзян и магистерская диссертация

В нашем собственном поиске решения вопроса о происхождении COVID-19 мы решили сосредоточиться на происхождении последовательностей генома коронавируса BtCoV / 4991 и RaTG13, поскольку они наиболее тесно связаны с SARS-CoV-2 (идентичны на 98,7% и 96,2% соответственно).). См. Рис. 1. (воспроизведено по P. Zhou et al., 2020).

Сходство Sars-CoV-2 с RaTG13

Сходство SARS-CoV-2 с RaTG13 (синяя линия) и другими коронавирусами (красный, зеленый, розовый) (Изображение от Zhou et al., 2020). Чем выше линия, тем более похож вирус.

Для сравнения, следующим ближайшим вирусом к SARS-CoV-2 является RmYN02 (не показан на рис. 1.) (H. Zhou et al., 2020). RmYN02 имеет общее сходство с SARS-CoV-2 на 93,2%, что делает его эволюционное расстояние от SARS-CoV-2 почти в два раза больше.

BtCoV / 4991 был впервые описан в 2016 году. Это фрагмент вируса из 370 нуклеотидов, собранный на руднике Моцзян в 2013 году лабораторией Цзэн-ли Ши в WIV (Ge et al., 2016). BtCoV/4991 на 100% идентичен по последовательности одному сегменту RaTG13. RaTG13 представляет собой полную последовательность вирусного генома (почти 30 000 нуклеотидов), которая была опубликована только в 2020 году, после начала пандемии (P. Zhou et al., 2020).

Несмотря на путаницу, вызванную их разными названиями, в письме, полученном нами, Чжэн-ли Ши подтвердила вирусологической базе данных, что BtCoV / 4991 и RaTG13 взяты из одного и того же образца фекалий летучей мыши и из одной и той же шахты. Таким образом, они являются последовательностями одного и того же вируса. В приведенном ниже обсуждении мы будем ссылаться в первую очередь на RaTG13 и указывать BtCoV / 4991 только по мере необходимости.

Эти особенности важны, потому что именно эти образцы и их происхождение, по нашему мнению, в конечном итоге являются ключом к разгадке тайны происхождения COVID-19.

История начинается в апреле 2012 года, когда шесть рабочих на той же шахте Модзян заболели загадочной болезнью во время удаления фекалий летучих мышей. Трое из шести впоследствии умерли.

В интервью Scientific American в марте 2020 года Цзэн-ли Ши отвергла значение этих смертей, заявив, что шахтеры умерли от грибковых инфекций. Действительно, в документе, опубликованном лабораторией Shi, документирующем сбор RaTG13, не упоминаются шахтеры или случаи смерти (Ge et al., 2016).

Но оценка Ши не согласуется ни с какими другими современными сообщениями о шахтерах и их болезни (Рахалкар и Бахуликар, 2020). Как отметили эти авторы, журнал Science назвал часть инцидента в 2014 году новым вирусом-убийцей в Китае?.  Science ссылалась на другую группу вирусологов, которые обнаружили парамиксовирус у крыс из шахты. Эти вирусологи сообщили Science, что они не обнаружили “прямой связи между заражением человека” и их вирусом. Позже эта экспедиция была опубликована как открытие нового вируса, названного MojV в честь Моцзяна, местности шахты (Wu et al., 2014).

Однако этот эпизод наводит на мысль, что эти исследователи искали потенциально смертельный вирус, а не смертельный грибок. Примерно в то же время на руднике Модзян вирус также искал Каньпин Хуан, автор докторской диссертации, выполненной под руководством Джорджа Гао, главы китайского CDC.

Все это вызывает вопрос о том, почему лаборатория Shi, которая не интересуется грибами, но проявляет большой интерес к коронавирусам летучих мышей, подобным SARS, также обыскивала шахту Модзян на наличие вирусов летучих мышей четыре раза в период с августа 2012 года по июль 2013 года, хотя шахта находится в 1000 км от Уханя (Geи др., 2016). Эти поездки по сбору начались, когда некоторые шахтеры все еще были госпитализированы.

К счастью, существует подробный отчет о диагнозах и лечении шахтеров. Это содержится в магистерской диссертации, написанной на китайском языке в мае 2013 года. Его наводящее на размышления английское название - “Анализ 6 пациентов с тяжелой пневмонией, вызванной неизвестными вирусами“.

В оригинальной английской версии аннотации в качестве вероятного возбудителя упоминается коронавирус, подобный SARS, и что в шахте “было много летучих мышей и фекалий летучих мышей”.

Выводы магистерской диссертации

Чтобы узнать больше, особенно о обоснованности этого диагноза, мы организовали перевод всей магистерской диссертации на английский язык и здесь публикуем перевод. Чтобы прочитать его полностью, см. Встроенный документ ниже (или загрузите его здесь)

Шесть заболевших шахтеров были приняты в Школу клинической медицины № 1 при Медицинском университете Куньмина в короткие сроки в конце апреля и начале мая 2012 года. Куньмин является столицей провинции Юньнань и в 250 км от Модзяна.
Из описаний шахтеров и их лечения, которые включают рентгенограммы и многочисленные томографии, выделяются несколько особенностей:

1) При поступлении в больницу их врачи сообщили “медицинскому отделению” о потенциальной “вспышке заболевания”, то есть потенциальной эпидемической вспышке. Таким образом, шахтеров лечили от инфекций, а не так, как если бы они вдыхали вредные газы или другие токсины.

2) Симптомами (при поступлении) шести шахтеров были: а) сухой кашель, б) мокрота, в) высокая температура, особенно незадолго до смерти, г) затрудненное дыхание, д) миалгия (боль в конечностях). У некоторых пациентов была икота и головные боли. (См. Таблицу 1).

3) Клиническая работа установила, что у пациентов 1-4 было низкое содержание кислорода в крови, “наверняка это был ОРДС” (острый респираторный дистресс-синдром), а иммунное повреждение считалось признаком вирусной инфекции. Кроме того, у пациентов 2 и 4 была отмечена тенденция к тромбозу. Тяжесть симптомов и смертность были связаны с возрастом (хотя из выборки 6 это следует считать эпизодическим).

4) Потенциальные распространенные и редкие причины их симптомов были проверены и в основном устранены. Для пациентов 3 и 4 они включали тесты на ВИЧ, цитомегаловирус, вирус Эпштейна-Барр (EBV), японский энцефалит, геморрагическую лихорадку, денге, гепатит В, ТОРС и грипп. Из них только у 2 пациентов был положительный результат на гепатит и ВЭБ.

5) Лечение шести пациентов включало вентиляцию легких (пациенты 2-4), стероиды (все пациенты), противовирусные препараты (все, кроме пациента 5) и препараты, разжижающие кровь (пациенты 2 и 4). Антибиотики и противогрибковые препараты вводились для борьбы с тем, что считалось вторичными (но значимыми) сопутствующими инфекциями.

6) Было проведено небольшое количество дистанционных встреч с исследователями из других университетов. Один из них был с Чжун Наньшанем в Университете Сунь Ятсена, провинция Гуандун. Чжун - китайский герой эпидемии атипичной пневмонии, вирусолог и, возможно, самый известный ученый в Китае.

7) Образцы, взятые у шахтеров, позже были отправлены Ши Чженли в Ухань и Чжун Наньшань, что еще раз подтвердило серьезные подозрения на вирусное заболевание. У некоторых шахтеров был положительный результат теста на коронавирус (неясно, сколько именно).

8) Было установлено, что источником инфекции является Rhinolophus sinicus, подковообразная летучая мышь, и окончательный вывод диссертации гласит: “неизвестным вирусом, приводящим к тяжелой пневмонии, может быть: SARS-подобный-CoV от китайской рыжеватой подковообразной летучей мыши”. Таким образом, у шахтеров был коронавирус, но, по-видимому, это не была сама атипичная пневмония.

Значение магистерской диссертации

Эти выводы диссертации важны по нескольким причинам.
Во-первых, в свете нынешней пандемии коронавируса очевидно, что симптомы шахтеров очень похожи на симптомы COVID-19 (Huang et al., 2020; Tay et al., 2020; M. Zhou et al., 2020). Любой, кто столкнется с ними сегодня, сразу же предположит, что у него COVID-19. Аналогичным образом, многие методы лечения, применяемые к шахтерам, стали стандартными для COVID-19 (Tay et al., 2020).

Во-вторых, удаленная встреча с Чжун Наньшанем имеет важное значение. Это означает, что болезни шести шахтеров вызывали серьезную озабоченность и, во-вторых, что коронавирус, подобный SARS, считался вероятной причиной.

В-третьих, аннотация, выводы и общие выводы, которые следует сделать из магистерской диссертации, противоречат утверждению Чжэн-ли Ши о том, что шахтеры умерли от грибковой инфекции. Грибковая инфекция как потенциальная основная причина была поднята, но в основном отброшена.

В-четвертых, если источником их заболевания был коронавирус, подобный SARS, подразумевается, что он может напрямую инфицировать клетки человека. Это было бы необычно для коронавируса летучей мыши (Ge et al., 2013). Люди иногда заболевают от фекалий летучих мышей, но стандартным объяснением является гистоплазмоз, грибковая инфекция, а не вирус (McKinsey и McKinsey, 2011; Pan et al., 2013).

В-пятых, отбор проб, проведенный лабораторией Shi, показал, что коронавирусы летучих мышей были необычно обильны в шахте (Ge в соавт., 2016). Среди их находок были два бета-коронавируса, одним из которых был RaTG13 (тогда известный как BtCoV / 4991). В мире коронавирусов бетакоронавирусы отличаются тем, что и SARS, и MERS, самые смертоносные из всех коронавирусов, являются бетакоронавирусами. Таким образом, считается, что они обладают особым пандемическим потенциалом, как подразумевается в заключительном предложении публикации Shi lab, в которой был обнаружен RaTG13: “особое внимание следует уделять этим линиям коронавирусов” (Ge at al., 2016). Фактически, Shi и другие лаборатории в течение многих лет предсказывали, что бета-коронавирусы летучих мышей, такие как RaTG13, станут пандемией; поэтому обнаружение RaTG13 там, где заболели шахтеры, было сценарием, полностью совпадающим с их ожиданиями.

Предложение о перевале шахтеров в Моцзяне

Как магистерская диссертация помогает в поиске вероятного происхождения пандемии?
В нашей предыдущей статье мы кратко обсудили, как пандемия могла быть вызвана либо несчастным случаем при сборе вируса, либо путем передачи вируса, либо с помощью генной инженерии и последующего побега из лаборатории. Возможность генной инженерии заслуживает внимания и подробно рассматривается в важном препринте (Сегрето и Дейгин, 2020).

Мы не исключаем окончательно эти возможности. Действительно, теперь кажется, что лаборатория Shi в WIV не забыла о RaTG13, но секвенировала его геном в 2017 и 2018 годах. Однако мы считаем, что магистерская диссертация указывает на гораздо более простое объяснение.

Мы предполагаем, во-первых, что внутри шахтеров RaTG13 (или очень похожий вирус) эволюционировал в SARS-CoV-2, необычно патогенный коронавирус, высоко адаптированный к людям. Во-вторых, лаборатория Shi использовала медицинские образцы, взятые у шахтеров и отправленные им Университетской больницей Куньмина для их исследования. Именно этот адаптированный к человеку вирус, теперь известный как SARS-CoV-2, вырвался из WIV в 2019 году.

Мы называем эту гипотезу о происхождении COVID-19 гипотезой о прохождении шахтеров Модзяна (MMP).

Пассирование - это стандартный вирусологический метод адаптации вирусов к новым видам, тканям или типам клеток. Обычно это делается путем преднамеренного заражения нового вида хозяина или нового типа клеток-хозяев высокой дозой вируса. Эта первоначальная вирусная инфекция обычно исчезает, потому что иммунная система хозяина побеждает плохо адаптированный вирус. Но при пассировании, прежде чем он вымрет, образец извлекается и переносится в новую идентичную ткань, где вирусная инфекция возобновляется. Этот метод (называемый “серийным пассированием” или просто “пассированием”) интенсивно отбирает вирусы, адаптированные к новому хозяину или типу клеток (Herfst et al., 2012).

На первый взгляд маловероятно, что RaTG13 эволюционировал в SARS-CoV-2, поскольку RaTG13 примерно на 1200 нуклеотидов (3,8%) отличается от SARS-CoV-2. Хотя RaTG13 является наиболее тесно связанным вирусом с SARS-CoV-2, это различие в последовательности все еще представляет значительный разрыв. В заявлении для СМИ эволюционный вирусолог Эдвард Холмс предположил, что этот разрыв составляет 20-50 лет эволюции, и другие предложили аналогичные цифры.

Мы согласны с тем, что обычные темпы эволюции не позволили бы RaTG13 эволюционировать в SARS-CoV-2, но мы также считаем, что условия внутри легких шахтеров были далеки от обычных. Пять основных факторов, характерных для госпитализированных шахтеров, способствовали очень высокой скорости эволюции внутри них.

i) Когда вирусы заражают новые виды, они обычно проходят период очень быстрой эволюции, поскольку давление отбора на вторгающийся патоген велико. Феномен быстрой эволюции у новых хозяев хорошо подтвержден среди корона- и других вирусов (Makino et al., 1986; Baric et al., 1997; Dudas and Rambaut 2016; Forni et al., 2017).

ii) Судя по их клиническим симптомам, таким как компьютерная томография, все инфекции шахтеров были в основном в легких. Эта локализация, вероятно, произошла первоначально из-за того, что шахтеры перенапрягались и поэтому глубоко вдыхали потревоженное гуано летучих мышей. У шахтеров, возможно, уже были повреждены ткани легких (у пациента 3 было подозрение на пневмокониоз) и / или присутствовали твердые частицы, которые раздражали ткани и, возможно, способствовали первоначальному проникновению вируса.

Напротив, стандартные коронавирусные инфекции локализуются в горле и верхних дыхательных путях. Обычно они не попадают в легкие (Perlman and Netland, 2009). Легкие - это гораздо более крупные ткани по весу (килограммы против граммов), чем верхние дыхательные пути. Поэтому, вероятно, внутри шахтеров было гораздо большее количество вируса, чем в случае обычной коронавирусной инфекции.

Сравнение типичной инфекции дыхательных путей, вызванной коронавирусом, с распространенностью инфицированных легких у шахтеров с чисто математической точки зрения указывает на потенциальный масштаб этой количественной разницы. Пищеварительный тракт человека имеет приблизительно 20 см в длину и 5 см в окружности, то есть площадь поверхности около 100 см2. Площадь поверхности легкого человека составляет от 260 000 до 680 000 см2 (Hasleton, 1972). Таким образом, количество потенциально инфицированной ткани в среднем легком примерно в 4500 раз больше, чем при обычной коронавирусной инфекции. Таким образом, количество вируса, присутствующего в инфицированных шахтерах, достаточное для госпитализации всех из них и смерти половины из них, было пропорционально очень большим.

Эволюционные изменения во многом зависят от численности населения. Мы предполагаем, что легкие шахтеров поддерживали очень высокую вирусную нагрузку, что привело к пропорционально быстрой эволюции вируса.

Кроме того, согласно магистерской диссертации, иммунная система шахтеров была скомпрометирована и оставалась таковой даже у тех, кто был уволен. Эта слабость со стороны шахтеров, возможно, также способствовала эволюции вируса.
iii) Продолжительность заражения шахтеров (особенно пациентов 2, 3 и 4) намного превышала продолжительность обычной коронавирусной инфекции. Пациент 2 сначала был слишком болен, чтобы работать в шахте, и прожил 57 дней, пока не умер. Пациент 3 выжил через 120 дней после прекращения работы. Пациент 4 прожил 117 дней, а затем был выписан как вылеченный. Каждый из них подвергался воздействию в шахте в течение 14 дней до появления серьезных симптомов; таким образом, у каждого предположительно были зарождающиеся инфекции в течение некоторого времени, прежде чем он заболел (см. Таблицу 2 диссертации).).

Напротив, при обычных коронавирусных инфекциях вирусная инфекция проходит в течение примерно десяти-четырнадцати дней после заражения (Tay et al., 2020). Таким образом, в отличие от большинства пострадавших от коронавирусной инфекции, у госпитализированных шахтеров были очень длительные приступы заболевания, характеризующиеся постоянной высокой вирусной нагрузкой. В случаях пациентов 3 и 4 их болезни длились более 4 месяцев.

iv) Хорошо известно, что коронавирусы рекомбинируют с очень высокой скоростью: 10% всего потомства в клетке могут быть рекомбинантами (Makino et al., 1986; Баннер и Лай, 1991; Дудас и Рамбо, 2016). При нормальной эволюции вируса в центре внимания находятся частота мутаций и давление отбора. Но в случае адаптации коронавируса к новому хозяину, когда для полной адаптации к новому хозяину требуется множество мутаций, распределенных по всему геному, скорость рекомбинации, вероятно, будет иметь большое влияние на определение общей скорости адаптации вирусной популяции (Baric et al., 1997).

Внутри шахтеров большая ткань была одновременно заражена популяцией плохо адаптированных вирусов, поэтому каждый из них находился под давлением, требующим адаптации. Даже если бы исходная популяция вируса не отличалась каким-либо разнообразием, многие отдельные вирусы приобрели бы мутации независимо, но только рекомбинация позволила бы этим мутациям объединиться в одном геноме. Для рекомбинации вирусы должны присутствовать в одной и той же клетке. В такой ситуации особенности тканей легких становятся потенциально важными, поскольку наличие дыхательных путей (бронхов и т. д.) позволяет частично адаптированным вирусам из независимых вирусных популяций перемещаться в дистальные части легкого (или даже в другое легкое) и сталкиваться с другими такими частично адаптированными вирусами и популяциями. Это движение вокруг легких, вероятно, привело бы к тому, что составило бы эффект прохождения без необходимости для исследователя заражать новые ткани. Действительно, в магистерской диссертации несколько раз делается замечание о том, что участки легких конкретного пациента, по-видимому, заживают, даже в то время как другие части легких инфицируются.
v) В шахте также был обнаружен ряд необычных вещей, связанных с коронавирусами летучих мышей. Они были аномально многочисленны, но также было много разных видов, часто вызывая сопутствующие инфекции летучих мышей (Ge et al., 2016). Вирусные сопутствующие инфекции часто более заразны или более патогенны (Latham and Wilson, 2007).

Как исследователи WIV заметили о летучих мышах в шахте:
“мы наблюдали высокий уровень совместного заражения двумя видами коронавируса и межвидового заражения одним и тем же видом коронавируса внутри или между семействами летучих мышей. Эти явления могут быть вызваны разнообразием и высокой плотностью популяций летучих мышей в одной пещере, способствуя внутри- и межвидовой передаче коронавируса, что может привести к рекомбинации и ускорению эволюции коронавируса ”. (Ge и др., 2016).

Разнообразие коронавирусов в шахте предполагает, что шахтеры подверглись аналогичному воздействию и что их болезнь потенциально могла начаться как сопутствующее заражение.

Объединяя эти наблюдения, мы предполагаем, что легкие шахтеров предоставили беспрецедентную возможность для ускоренной эволюции коронавируса, адаптированного к летучим мышам, в коронавирус, адаптированный к человеку, и что десятилетия обычной эволюции коронавируса могли легко сжаться в месяцы. Тем не менее, мы признаем, что эти условия были уникальными. Они и их масштабы не имеют точного научного прецедента, на который мы могли бы сослаться, и их было бы трудно воспроизвести в лаборатории; таким образом, важно подчеркнуть, что наше предложение полностью соответствует основополагающим принципам вирусной эволюции, как они понимаются сегодня.

В поддержку теории MMP мы также кое-что знаем об образцах, взятых у шахтеров. Согласно магистерской диссертации, у пациентов были взяты образцы для “научных исследований”, а образцы крови (по крайней мере) были отправлены Ши Чженли.
“На более позднем этапе мы работали с доктором Чжун Нань Шанем и взяли некоторые образцы. У пациента * положительный результат теста на сывороточный IgM, проведенного Уханьским институтом вирусологии. Это предположило существование вирусной инфекции ” (стр. 62 в разделе “Комплексный анализ”).

(* В оригинале не указано количество обследованных пациентов.)

В магистерской диссертации также выражается сожаление по поводу того, что у пациентов 1 и 2 не было взято образцов для исследования, что подразумевает, что образцы были взяты у всех остальных.

Мы также знаем, что 27 июня 2012 года врачи провели необъяснимую тимэктомию у пациента 4. Тимус - это иммунный орган, который потенциально может быть удален без нанесения значительного вреда пациенту, и в нем могло содержаться большое количество вируса. Помимо этого, в магистерской диссертации, к сожалению, неясно, какие конкретно образцы были взяты, с какой целью и куда направлялся каждый конкретный образец.

Учитывая интересы лаборатории Shi в зоонозном происхождении болезней человека, после того, как им был отправлен такой образец, для них было бы очевидно и просто исследовать, как вирус от летучих мышей смог заразить этих шахтеров. Любые вирусы, извлеченные из шахтеров, вероятно, рассматривались бы ими как уникальный естественный эксперимент по прохождению через человека, дающий беспрецедентную и иначе невозможную информацию о том, как коронавирусы летучих мышей могут адаптироваться к людям.

Логичным ходом таких исследований было бы секвенировать вирусную РНК, выделенную непосредственно из незамороженных образцов ткани или крови, и / или генерировать живые инфекционные клоны, для которых было бы полезно (если не обязательно) амплифицировать вирус, поместив его в культуру клеток человека. Любой метод мог привести к случайному заражению лабораторного исследователя.
Наше предположение о том, почему между сбором образцов (в 2012/2013 годах) и вспышкой COVID-19 был временной лаг, заключается в том, что исследователи ожидали строительства и сертификации лаборатории BSL-4, которые были начаты в 2013 году, но отложены до 2018 года.

Мы предполагаем, что, когда замороженные образцы, полученные от шахтеров, были в конечном итоге вскрыты в лаборатории в Ухане, они уже были высоко адаптированы для людей в степени, возможно, не ожидаемой исследователями. Одна небольшая ошибка или механическая поломка могли непосредственно привести к первому заражению человека в конце 2019 года.

Таким образом, один из шахтеров, скорее всего, пациент 3 или пациент 4 (у которого был удален тимус), фактически был нулевым пациентом эпидемии COVID-19. В этом сценарии COVID-19 не является искусственным вирусом; но, в равной степени, если бы он не был доставлен в Ухань и для него не проводились или не планировались дальнейшие молекулярные исследования, тогда вирус вымер бы от естественных причин, а не сбежал, чтобы инициировать пандемию COVID-19.

Доказательства в пользу предложения MMP

Наше предложение согласуется со всеми основными неоспоримыми фактами, касающимися SARS-CoV-2 и его происхождения. Предложение MMP имеет дополнительное преимущество, заключающееся в согласовании многих наблюдений, касающихся SARS-CoV-2, которые оказалось трудно согласовать с какой-либо естественной зоонозной гипотезой.

Например, используя различные подходы, многочисленные исследователи пришли к выводу, что спайковый белок SARS-CoV-2 обладает очень высоким сродством к человеческому рецептору ACE2 (Walls et al., 2020; Piplani et al., 2020; Shang and Ye et al., 2020; Wrapp et al., 2020). Такое исключительное сходство, в десять-двадцать раз превышающее сходство с исходным вирусом SARS, возникает не случайно, что делает его очень трудным для объяснения каким-либо другим способом, кроме того, что вирус был строго отобран в присутствии человеческого рецептора ACE2 (Piplani et al., 2020).

В дополнение к этому, в недавнем отчете было обнаружено, что спайк RaTG13 связывается с рецептором ACE2 человека (Shang and Ye et al., 2020). Выше мы предположили, что вирус в шахте напрямую инфицировал клетки легких человека. Основным фактором, определяющим клеточную инфекцию и видоспецифичность коронавирусов, является первоначальное связывание с рецептором (Perlman and Netland, 2009). Таким образом, RaTG13, в отличие от большинства коронавирусов летучих мышей, вероятно, может проникать в клетки человека и заражать их, обеспечивая биологическую правдоподобность идее о том, что шахтеры заразились коронавирусом, напоминающим RaTG13.

Более того, домен, связывающий рецептор (RBD) SARS-CoV-2, который является областью шипа, который физически контактирует с рецептором ACE2 человека, недавно был кристаллизован, чтобы выявить его пространственную структуру (Shang and Ye et al., 2020). Эти авторы обнаружили тесное структурное сходство между всплесками SARS-CoV-2 и RaTG13 в том, как они связывают человеческий рецептор ACE2:
“Во-вторых, как и в случае SARS-CoV-2, bat RaTG13 RBM [область RBD] содержит аналогичный мотив с четырьмя остатками в цепочке связывания ACE2, что подтверждает предположение о том, что SARS-CoV-2 мог развиться из RaTG13 или связанного с RaTG13 коронавируса летучих мышей (расширенная таблица данных 3и расширенные данные Рис. 7). В-третьих, изменения остатков L486F, Y493Q и D501N с RaTG13 на SARS CoV-2 усиливают распознавание ACE2 и, возможно, способствовали передаче SARS-CoV-2 от рук летучих мышей к человеку (таблица расширенных данных 3 и рис. 7 расширенных данных). Мутация лизина в аспарагин в позиции 479 в SARS-CoV RBD (соответствует позиции 493 в SARS-CoV-2 RBD) позволила SARS-CoV заразить людей. В-четвертых, Leu455 благоприятно влияет на распознавание ACE2, и он сохраняется между RaTG13 и SARS CoV-2; его присутствие в RBM SARS CoV-2 может быть важным для передачи SARS-CoV-2 от рук летучих мышей к человеку " (Shang and Ye et al., 2020).). (курсив добавлен)

Значение этого молекулярного сходства очень велико. Коронавирусы разработали разнообразный набор молекулярных решений для решения проблемы связывания ACE2 (Perlman and Netland, 2009; Forni et al., 2017). Тот факт, что RaTG13 и SARS CoV-2 используют одно и то же решение, делает RaTG13 весьма вероятным прямым предком Sars-CoV-2.

Еще одной широко известной особенностью SARS-CoV-2 является его фуриновый сайт (Coutard et al., 2020). Этот сайт отсутствует у RaTG13 и других близкородственных коронавирусов. Наиболее тесно связанным вирусом с таким участком является высокосмертельный MERS (который вспыхнул в 2012 году). Обладание сайтом фурина позволяет SARS-CoV-2 (как и MERS) поражать легкие и многие другие ткани организма (такие как желудочно-кишечный тракт и нейроны), что объясняет большую часть его летальности (Hoffman et al., 2020; Lamers et al., 2020). Однако убедительного объяснения того, как SARS-CoV-2 приобрел этот участок, пока не предложено. Мы предполагаем, что это произошло из-за высокого давления отбора, которое существовало в легких шахтера и которое в целом обеспечивало высокую адаптацию вируса к легким. Это объяснение, которое охватывает, как SARS-CoV-2 стал поражать ткани легких в целом, является важным аспектом нашего предложения.

The implication is therefore that the furin site was not acquired by recombination with another coronavirus and simply represents convergent evolution (as suggested by Andersen et al., 2020).

An intriguing alternative possibility is that SARS-CoV-2 acquired its furin site directly from the miner’s lungs. Humans possess an epithelial sodium channel protein called ENaC-a whose furin cleavage site is identical over eight amino acids to SARS-CoV-2 (Anand et al., 2020). ENaC-a protein is present in the same airway epithelial and lung tissues infected by SARS-CoV-2. It is known from plants that positive-stranded RNA viruses recombine readily with host mRNAs (Greene and Allison, 1994; Greene and Allison, 1996; Lommel and Xiong, 1991; Borja et al., 2007). The same evidence base is not available for positive-stranded animal RNA viruses, (though see Gorbalenya, 1992) but if plant viruses are a guide then acquisition of its furin site via recombination with the mRNA which encodes ENaC-a by SARS-CoV-2 is a strong possibility.

A further feature of SARS-CoV-2 has been the very limited adaptive evolution of its genome since the pandemic began (Zhan et al., 2020; van Dorp et al., 2020; Starr et al., 2020). It is a well-established principle that viruses that jump species undergo accelerated evolutionary change in their new host (e.g. Baric et al., 1997). Thus, SARS and MERS (both coronaviruses) underwent rapid and readily detectable adaptation to their new human hosts (Forni et al., 2017; Dudas and Rambaut, 2016). Such an adaptation period has not been observed for SARS-CoV-2 even though it has now infected many more individuals than SARS or MERS did. This has even led to suggestions that the SARS-CoV-2 virus had a period of cryptic circulation in humans infections that predated the pandemic (Chaw et al., 2020). The sole mutation consistently observed to accumulate across multiple studies is a D614G substitution in the spike protein (e.g. Korber et al., 2020). The numerically largest analysis of SARS-CoV-2 genomes, however, found no evidence at all for adaptive evolution, even for D614G (van Dorp et al., 2020).

The general observation is therefore that Sars-CoV-2 has remained functionally unchanged or virtually so (except for inconsequential genetic changes) since the pandemic began. This is a very important observation. It implies that SARS-CoV-2 is highly adapted across its whole set of component proteins and not just at the spike (Zhan et al., 2020). That is to say, its evolutionary leap to humans was completed before the 2019 pandemic began.

It is hard to imagine an explanation for this high adaptiveness other than some kind of passaging in a human body (Zhan et al., 2020). Not even passaging in human cells could have achieved such an outcome.

Two examples illustrate this point. In a follow up to Shang and Ye et al., (2020), a similar group of Minnesota researchers identified a distinct strategy by which the spike (S) protein (which contains the receptor bind domain; RBD) of SARS-CoV-2 evades the human immune system (Shang and Wan et al., 2020). This strategy involves more effective hiding of its RBD, but it implies again that the spike and the RBD evolved in tandem and in the presence of the human immune system (i.e. in a human body and not in tissue culture).

The Andersen authors, in their critique of a possible engineered origin for SARS-CoV-2, also stress the need for passaging in whole humans:
“Finally, the generation of the predicted O-linked glycans is also unlikely to have occurred during cell-culture passage, as such features suggest the involvement of an immune system” (Andersen et al., 2020).

The final point that we would like to make is that the principal zoonotic origin thesis is the one proposed by Andersen et al. Apart from being poorly supported this thesis is very complex. It requires two species jumps, at least two recombination events between quite distantly related coronaviruses and the physical transfer of a pangolin (having a coronavirus infection) from outside China (Andersen et al., 2020). Even then it provides no logical explanation of the adaptedness of SARS-CoV-2 across its whole genome or why the virus emerged in Wuhan.

В отличие от этого, наше предложение MMP требует только скачка на один вид, что задокументировано в магистерской диссертации. Хотя мы не исключаем ни возможной роли смешанных инфекций в легких шахтеров, ни возможности рекомбинации между близкородственными вариантами в этих легких, ни потенциального приобретения сайта furin из мРНК хозяина, для получения SARS-CoV-2 из RaTG13 потребовалась только мутация. Отсюда наше внимание ранее к рисунку P. Zhou et al., 2020, показывающему, что RaTG13 является наиболее тесно связанным вирусом с SARS-CoV-2 по всей его длине. Это расширенное сходство полностью согласуется с мутационным происхождением SARS-CoV-2 от RaTG13.

Короче говоря, теория MMP является правдоподобным и экономным объяснением всех ключевых особенностей пандемии COVID-19 и ее происхождения. Это объясняет склонность инфекций SARS-CoV-2 поражать легкие; очевидную преадаптированную природу вируса; и его передачу от летучих мышей в Юньнани к людям в Ухане.

Дополнительные вопросы

Гипотеза о том, что SARS-CoV-2 эволюционировал в легких шахтера Модзяна, потенциально решает многие научные вопросы о происхождении пандемии. Но это поднимает другие вопросы, связанные с тем, почему эта информация до сих пор не появилась. Наиболее очевидные из них касаются действий лаборатории Shi в WIV.
Почему лаборатория Shi не признала смерть шахтеров ни в одном документе, описывающем образцы, взятые из шахты (Ge et al., 2016 и P. Zhou et al., 2020)? Почему в названии статьи Ge at al. 2016 лаборатория Shi назвала это “заброшенной” шахтой? Когда они опубликовали последовательность RaTG13 в феврале 2020 года, почему лаборатория Shi предоставила новое название (RaTG13) для BtCoV / 4991, когда к тому времени они дважды цитировали BtCoV / 4991 в публикациях и один раз в базе данных последовательностей генома, и когда их последовательности были из одного образца и на 100% идентичны(П. Чжоу и др., 2020)? Если это было просто изменение названия, почему в их документе 2020 года не было подтверждения этого, описывающего RaTG13 (Bengston, 2020)? Эти странные и ненаучные действия скрыли происхождение ближайших вирусных родственников SARS-CoV-2, вирусов, которые, как предполагается, вызвали заболевание, подобное COVID, в 2012 году и которые могут быть ключом к пониманию не только происхождения пандемии COVID-19, но и будущего поведения SARS-CoV-2.

Это не единственные сомнительные действия, связанные с происхождением образцов из шахты. В пяти научных публикациях на самом раннем этапе пандемии сообщалось о целых последовательностях генома SARS-CoV-2 (Chan et al., 2020; Chen et al., 2020; Wu et al., 2020; P. Zhou et al., 2020; Zhu et al., 2020). Несмотря на то, что трое из них были опытными вирусными эволюционными биологами в качестве авторов (Джордж Гао, Чжэн-ли Ши и Эдвард Холмс), только один из них (Chen et al., 2020) удалось идентифицировать наиболее близкородственную вирусную последовательность на сегодняшний день: BtCoV / 4991 вирусная последовательность, имеющаяся в лаборатории Shi в WIV, которая отличается от SARS-CoV-2 всего на 5 нуклеотидов.

Как мы отмечали в нашей предыдущей статье, наиболее важные вопросы, связанные с происхождением SARS-CoV-2, потенциально могут быть решены путем простого изучения полных лабораторных записных книжек и записей по биобезопасности соответствующих исследователей в WIV. Теперь, когда существует достоверная и проверяемая гипотеза побега из лаборатории, эта задача потенциально становится намного проще. Таким образом, этот момент является подходящим для возобновления этого призыва к независимому и прозрачному расследованию в УИВ.

Запрашивая расследование, мы знаем, что ни одно научное учреждение нигде не обращалось с подобным запросом. Мы считаем, что эта неудача подрывает доверие общественности к “научному ответу” на пандемию. Вместо этого научное учреждение назвало теорию побега из лаборатории “слухом“, “непроверенной теорией” и “заговором”, когда ее собственное название - гипотеза. Занимая такую позицию, научный истеблишмент недвусмысленно дал понять, что ученые, которые серьезно относятся к возможности лабораторного происхождения, ставят под угрозу свою карьеру. Таким образом, в то время как бесчисленные научные публикации о пандемии утверждают в своих вводных, что зоонозное происхождение SARS-CoV-2 является фактом или почти достоверным (а у Andersen et al 860 цитат по состоянию на 14 июля), до сих пор нет ни одной опубликованной научной статьи, в которой утверждается, что побег из лаборатории как правдоподобная гипотеза заслуживает изучения.

Любой, кто сомневается в этом давлении, должен прочитать интервью с Биргером Соренсеном в норвежском журнале Minerva, в котором Соренсен обсуждает “нежелание” журналов публиковать его оценку о том, что существование вируса, который “исключительно хорошо приспособлен для заражения людей”, является “подозрительным” и “не мог развиться естественным путем”. По словам Серенсена, источником этого нежелания является не рациональность или научные доказательства. Это является результатом конфликта интересов. Это отражает наш опыт. Чтобы найти действительно критический анализ теорий происхождения COVID-19, нужно зайти в Twitter, сообщения в блогах и серверы препринтов. Недомогание становится глубоким, когда даже ученые начинают жаловаться на то, что они не доверяют науке.
Тем не менее, мы надеемся, что журналисты проведут расследование некоторых конфликтов интересов, которые мешают ученым и учреждениям должным образом исследовать гипотезу о побеге из лаборатории.

References

Andersen, K. G., Rambaut, A., Lipkin, W. I., Holmes, E. C., & Garry, R. F. (2020). The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature medicine, 26(4), 450-452.
Azhar, E. I., El-Kafrawy, S. A., Farraj, S. A., Hassan, A. M., Al-Saeed, M. S., Hashem, A. M., & Madani, T. A. (2014). Evidence for camel-to-human transmission of MERS coronavirus. New England Journal of Medicine, 370(26), 2499-2505.
Banerjee, A., Kulcsar, K., Misra, V., Frieman, M., & Mossman, K. (2019). Bats and coronaviruses. Viruses, 11(1), 41.
Becker, M. M., Graham, R. L., Donaldson, E. F., Rockx, B., Sims, A. C., Sheahan, T., … & Denison, M. R. (2008). Synthetic recombinant bat SARS-like coronavirus is infectious in cultured cells and in mice. Proceedings of the National Academy of Sciences, 105(50), 19944-19949.
Bloom, J. D. (2021). Recovery of deleted deep sequencing data sheds more light on the early Wuhan SARS-CoV-2 epidemic. bioRxiv.
Boni, M. F., Lemey, P., Jiang, X., Lam, T. T. Y., Perry, B. W., Castoe, T. A., … & Robertson, D. L. (2020). Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic. Nature microbiology, 5(11), 1408-1417.
Choo, S. W., Zhou, J., Tian, X., Zhang, S., Qiang, S., O’Brien, S. J., … & Sitam, F. T. (2020). Are pangolins scapegoats of the COVID;19 outbreak;CoV transmission and pathology evidence?. Conservation Letters, 13(6), e12754.
Corman, V. M., Ithete, N. L., Richards, L. R., Schoeman, M. C., Preiser, W., Drosten, C., & Drexler, J. F. (2014). Rooting the phylogenetic tree of middle East respiratory syndrome coronavirus by characterization of a conspecific virus from an African bat. Journal of virology, 88(19), 11297.
Segreto, R., & Deigin, Y. (2021). The genetic structure of SARS;CoV;2 does not rule out a laboratory origin: SARS;COV;2 chimeric structure and furin cleavage site might be the result of genetic manipulation. BioEssays, 43(3), 2000240.
Frutos, R., Serra-Cobo, J., Chen, T., & Devaux, C. A. (2020). COVID-19: Time to exonerate the pangolin from the transmission of SARS-CoV-2 to humans. Infection, genetics and evolution, 84, 104493.
Guan, Y., Zheng, B. J., He, Y. Q., Liu, X. L., Zhuang, Z. X., Cheung, C. L., … & Poon, L. L. M. (2003). Isolation and characterization of viruses related to the SARS coronavirus from animals in southern China. Science, 302(5643), 276-278.
Ge, X. Y., Li, J. L., Yang, X. L., Chmura, A. A., Zhu, G., Epstein, J. H., … & Shi, Z. L. (2013). Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature, 503(7477), 535-538.
Ge, X. Y., Wang, N., Zhang, W., Hu, B., Li, B., Zhang, Y. Z., … & Shi, Z. L. (2016). Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft. Virologica Sinica, 31(1), 31-40.
Guo, H., Hu, B., Si, H. R., Zhu, Y., Zhang, W., Li, B., … & Shi, Z. (2021). Identification of a novel lineage bat SARS-related coronaviruses that use bat ACE2 receptor. bioRxiv.
Hu, B., Zeng, L. P., Yang, X. L., Ge, X. Y., Zhang, W., Li, B., … & Shi, Z. L. (2017). Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus. PLoS pathogens, 13(11), e1006698.
Hul, V., Delaune, D., Karlsson, E. A., Hassanin, A., Tey, P. O., Baidaliuk, A., … & Duong, V. (2021). A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia. BioRxiv.
Kaina, B. (2021). On the Origin of SARS-CoV-2: Did Cell Culture Experiments Lead to Increased Virulence of the Progenitor Virus for Humans?. in vivo, 35(3), 1313-1326.
Kuo, L., Godeke, G. J., Raamsman, M. J., Masters, P. S., & Rottier, P. J. (2000). Retargeting of coronavirus by substitution of the spike glycoprotein ectodomain: crossing the host cell species barrier. Journal of virology, 74(3), 1393-1406.
Lam, T. T. Y., Jia, N., Zhang, Y. W., Shum, M. H. H., Jiang, J. F., Zhu, H. C., … & Cao, W. C. (2020). Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature, 583(7815), 282-285.
Latinne, A., Hu, B., Olival, K. J., Zhu, G., Zhang, L., Li, H., … & Daszak, P. (2020). Origin and cross-species transmission of bat coronaviruses in China. Nature Communications, 11(1), 1-15.
Lau, S. K., Li, K. S., Huang, Y., Shek, C. T., Tse, H., Wang, M., … & Yuen, K. Y. (2010). Ecoepidemiology and complete genome comparison of different strains of severe acute respiratory syndrome-related Rhinolophus bat coronavirus in China reveal bats as a reservoir for acute, self-limiting infection that allows recombination events. Journal of virology, 84(6), 2808.
Lee, J., Hughes, T., Lee, M. H., Field, H., Rovie-Ryan, J. J., Sitam, F. T., … & Daszak, P. (2020). No evidence of coronaviruses or other potentially zoonotic viruses in Sunda pangolins (Manis javanica) entering the wildlife trade via Malaysia. Ecohealth, 17(3), 406-418.
Li, Y., Wang, H., Tang, X., Fang, S., Ma, D., Du, C., … & Zhong, G. (2020). SARS-CoV-2 and three related coronaviruses utilize multiple ACE2 orthologs and are potently blocked by an improved ACE2-Ig. Journal of virology, 94(22), e01283-20.
Li, L., Wang, J., Ma, X., Li, J., Yang, X., Shi, W., & Duan, Z. (2021a). A novel SARS-CoV-2 related virus with complex recombination isolated from bats in Yunnan province, China. bioRxiv.
Li, P., Guo, R., Liu, Y., Zhang, Y., Hu, J., Ou, X., … & Qian, Z. (2021b). The Rhinolophus affinis bat ACE2 and multiple animal orthologs are functional receptors for bat coronavirus RaTG13 and SARS-CoV-2. Science Bulletin, 66(12), 1215-1227.
Li, Z., & Zhang, J. Z. (2021). Quantitative analysis of ACE2 bindings to coronavirus spike proteins: SARS-CoV-2 vs SARS-CoV and RaTG13. Physical Chemistry Chemical Physics.
Liu, K., Pan, X., Li, L., Yu, F., Zheng, A., Du, P., … & Wang, Q. (2021). Binding and molecular basis of the bat coronavirus RaTG13 virus to ACE2 in humans and other species. Cell, 184(13), 3438-3451.
Luk, H. K., Li, X., Fung, J., Lau, S. K., & Woo, P. C. (2019). Molecular epidemiology, evolution and phylogeny of SARS coronavirus. Infection, Genetics and Evolution, 71, 21-30.
Lytras, S., Hughes, J., Martin, D., de Klerk, A., Lourens, R., Pond, S. L. K., … & Robertson, D. L. (2021). Exploring the natural origins of SARS-CoV-2 in the light of recombination. bioRxiv.
Menachery, V. D., Yount, B. L., Debbink, K., Agnihothram, S., Gralinski, L. E., Plante, J. A., … & Baric, R. S. (2015). A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence. Nature medicine, 21(12), 1508-1513.
Mou, H., Quinlan, B. D., Peng, H., Guo, Y., Peng, S., Zhang, L., … & Farzan, M. (2020). Mutations from bat ACE2 orthologs markedly enhance ACE2-Fc neutralization of SARS-CoV-2. BioRxiv.
Murakami, S., Kitamura, T., Suzuki, J., Sato, R., Aoi, T., Fujii, M., … & Horimoto, T. (2020). Detection and characterization of bat Sarbecovirus phylogenetically related to SARS-CoV-2, Japan. Emerging infectious diseases, 26(12), 3025.
Opriessnig, T., & Huang, Y. W. (2021). Third update on possible animal sources for human COVID;19. Xenotransplantation, 28(1).
Piplani, S., Singh, P.K., Winkler, D.A. et al. In silico comparison of SARS-CoV-2 spike protein-ACE2 binding affinities across species and implications for virus origin. Sci Rep 11, 13063 (2021).
Rahalkar, M. C., & Bahulikar, R. A. (2020). Lethal pneumonia cases in Mojiang miners (2012) and the mineshaft could provide important clues to the origin of SARS-CoV-2. Frontiers in public health, 8, 638.
Shang, J., Ye, G., Shi, K., Wan, Y., Luo, C., Aihara, H., … & Li, F. (2020). Structural basis of receptor recognition by SARS-CoV-2. Nature, 581(7807), 221-224.
Sirotkin, K., & Sirotkin, D. (2020). Might SARS;CoV;2 have arisen via serial passage through an animal host or cell culture? A potential explanation for much of the novel coronavirus’ distinctive genome. BioEssays, 42(10), 2000091.
van Dorp, L., Richard, D., Tan, C. C., Shaw, L. P., Acman, M., & Balloux, F. (2020). No evidence for increased transmissibility from recurrent mutations in SARS-CoV-2. Nature communications, 11(1), 1-8.
Wang, L. F., Shi, Z., Zhang, S., Field, H., Daszak, P., & Eaton, B. T. (2006). Review of bats and SARS. Emerging infectious diseases, 12(12), 1834.
Wacharapluesadee, S., Tan, C. W., Maneeorn, P., Duengkae, P., Zhu, F., Joyjinda, Y., … & Wang, L. F. (2021). Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia. Nature communications, 12(1), 1-9.
Wrobel, A. G., Benton, D. J., Xu, P., Roustan, C., Martin, S. R., Rosenthal, P. B., … & Gamblin, S. J. (2020). SARS-CoV-2 and bat RaTG13 spike glycoprotein structures inform on virus evolution and furin-cleavage effects. Nature structural & molecular biology, 27(8), 763-767.
Yu, P., Hu, B., Shi, Z. L., & Cui, J. (2019). Geographical structure of bat SARS-related coronaviruses. Infection, Genetics and Evolution, 69, 224-229.
Zhan, S. H., Deverman, B. E., & Chan, Y. A. (2020). SARS-CoV-2 is well adapted for humans. What does this mean for re-emergence?. bioRxiv. doi: https://doi.org/10.1101/2020.05.01.073262
Zhou, P., Yang, X. L., Wang, X. G., Hu, B., Zhang, L., Zhang, W., … & Shi, Z. L. (2020). A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. nature, 579(7798), 270-273.
Zhou, H., Chen, X., Hu, T., Li, J., Song, H., Liu, Y., … & Shi, W. (2020). A novel bat coronavirus closely related to SARS-CoV-2 contains natural insertions at the S1/S2 cleavage site of the spike protein. Current Biology, 30(11), 2196-2203.
Zhou, H., Ji, J., Chen, X., Bi, Y., Li, J., Hu, T., … & Shi, W. (2021). Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses. BioRxiv. [Now published in Cell: Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses: Cell]
Zhou, P., & Shi, Z. L. (2021). SARS-CoV-2 spillover events. Science, 371(6525), 120-122.