Как-то в беседе с императорской семьёй Евгений Сергеевич сказал, что в жизни происходит много бед. Он уже много думал об этом и теперь раскрыл их причину. А причина в отсутствии у людей духовности, чувства долга. Дело в том, что мелкие расчёты становятся выше понятия об Отчизне, выше Бога. Случилось так, что отсутствие этого ему пришлось познать в собственной семье. Его жена влюбилась в молодого революционера, учителя своих детей. И ушла к нему. Евгений Сергеевич всего себя отдавал работе, был знающим и уважаемым доктором, добрейшим человеком. Трудно быть успешным во всём. Видно, нарушилась гармония семейной жизни.
Вспоминая первый год после женитьбы, он и сейчас с болью в сердце думал о том, как трудно было пережить потерю полугодовалого сына Серёжи. И сейчас у него есть четверо детей. Они остались с отцом. В годы первой мировой войны Юрий и Дмитрий пошли добровольцами на фронт. Через несколько месяцев Дима героически погиб. Его царь не пустил на фронт. «Бог помог мне оказаться полезным», - писал он брату. Татьяна и Глеб последовали за отцом в ссылку, в Тобольск. Жили на съёмной квартире. Осенью после смерти отца Татьяна выходит замуж за Константина Семёновича Мельника и эмигрируют во Францию. Там родился их сын Константин Константинович. Сын русского эмигранта был лучшим на курсе и первым номером окончил институт политических наук. К.К.Мельник- Боткин (1927 – 2014) – французский политолог и писатель. Его роман «Дело об измене» переведён на русский язык. И ещё удивительный факт: он координировал деятельность французских спецслужб в 1960-х годах. Достоин своей фамилии! Позже во Францию эмигрировал и Юрий. Глеб Боткин эмигрировал в США, где стал прозаиком и публицистом.
С 1891 года был женат на Ольге Владимировне Мануйловой (1872—1946), с которой развелся в 1910 году. Их дети:
Сергей (1892), умер в полугодовалом возрасте.
Дмитрий (1894—1914), хорунжий лейб-гвардии Казачьего полка, герой Первой мировой войны.
Юрий (1896—1941), воспитанник Александровского лицея (1916, не окончил), капитан лейб-гвардии 4-го стрелкового полка. В эмиграции во Франции.
Глеб (1900—1969), иллюстратор, публицист, американский прозаик, основатель и епископ новоязыческой Церкви Афродиты. В эмиграции в США.
Татьяна (1899—1986), замужем за поручиком колчаковской армии К. С. Мельником (1893—1977). В эмиграции во Франции, оставила «Воспоминания о Царской семье». Известен её сын Константин Мельник (1927—2014), который координировал деятельность французских спецслужб в 1960-х годах.
Фото:Семья Е.С.Боткина и О.В.Мануйловой и дети:
Дмитрий, Георгий(Юрий), Глеб, Татьяна.