Важным разделом неоэнеолитичекой керамики являются сакральный узор, распространенный очень широко и географически, и хронологически, и функционально. Б.А. Рыбаков в своей работе о космогонии и мифологии энеолита развил мысль К. Болсуновского о толковании спирального орнамента как змеиного. Очень важно отметить, что пары сплетшихся в клубок змей часто располагаются около грудей женских фигурок, что соединяет змеиную тему с темой дождя в один семантический комплекс. Змеиный сюжет появился еще в палеолите, но там трудно разгадать его смысл. В земледельческом искусстве неолита змеи занимают видное место. Уже в раннем энеолите появляются жертвенники с двумя змеиными головами, чары для воды с рельефным изображением змеи.
Змеи и птицы, отделяясь от облика божества, превращаются в ее атрибуты или в священных животных в собственном значении этого слова. Примерами здесь могут служить фаянсовые статуэтки «богини со змеями» из хранилища в Кноссе и не менее известные золотые бляшки из 3-й шахтовой гробницы в Микенах, изображающих обнаженную богиню с порхающими над головой птицами. Тем не менее до полного разделения божества и его священных животных на Крите так и не дошло и даже в период расцвета дворцовой цивилизации птицы и змеи в минойском искусстве выступают в роли ипостасей Великой богини. Среди многочисленных имен божеств, запечатленных минойскими художниками, особое внимание привлекают к себе три образа – три ипостаси Великой Богини (по Эвансу) или три разных богини (по Нильссону) известных под достаточно условными наименованиями как «Древесная богиня», «Владычица зверей» и «Змеиная богиня».
Внешнему облику Владычицы зверей присущи некоторые специфические черты, не характерные для других минойских женских божеств, - так называемая «змеиная рама». Значение этого странного головного убора, напоминающего извивающихся змей и длинные бычьи или коровьи рога с утолщениями на концах, в дополнение к которым на верхушке иногда водружали двойной топор, до сих пор остается неясням (печать из некрополя Калкани близ Микен, ПЭII). По мнению Р. Хегга и И. Линдау, этам конструкция была изготовлена из рогов жертвенных животных, связанных между собой и украшенных на концах плодами финиковой пальмы. Первоначально жрица Великой богини просто поднимала ее над головой в знак свершения жертвоприношения. Впоследствии «змеиная рама» стала эмблемой богини во время ее эпифании, о чем могут свидетельствовать остатки ее выполненного рельефного воспроизведения на стене Восточного зала Кносского дворца.
Подобно другим атрибутам и символам минойских божеств, змеиная рама изначально была полисемантична и могла менять свою природу и смысл в восприятии людей, почитавших ее сообразно обстоятельствам, как святыню, Змеиная рама могла расцениваться первоначально как самостоятельная сакральная сущность, не связанная с каким-то одним конкретным божеством.
Позже, когда Владычица зверей в образе Великой богини выдвинулась на первый план среди всех минойских божеств, священные символы стали ее персональной собственностью, в т.ч змеиная рама, которой она лишила юного бога (или своего консорта). Тем самым еще раз было утверждено в своих правах традиционное, восходящее к эпохе неолита представление о змеиной природе верховного женского божества. Как особое божество, во многом отличное от Древесной богини и Владычицы зверей, вероятно, можно расценить и т.н Змеиную богиню, известную по знаменитым фаянсовым статуэткам из хранилища храмовой утвари Кносского дворца. С культом Змеиной богини обычно связывают те минойские святилища, в которых находят особого рода ритуальные сосуды в форме цилиндрических или конусообразных труб с ручками или просто налепами из глины, напоминающие змей.
Вместе с культовой утварью такого рода иногда находят и достаточно примитивных глиняных идолов, по всей видимости изображающих саму Змеиную богиню (святилища в Каннии близ Гортины и в Гурнии). В отличие от Эванса, относившего культ Змеиной богини к домашним, К. Брэниген считал, что в дворцовую эпоху Змеиная богиня почиталась преимущественно в горных святилищах, где и были сделаны наиболее ранние находки, связанные с ее культом. Относящиеся к СМI периоду образцы т.н змеиных труб со змееобразными ручками – налепами были найдены в горных святилищах Кумасы, Хамези и т.д).
В Кумысе были открыты и более ранние (РМII периода) изображения Змеиной богини – антропоморфный сосуд в виде женщины, обвитой змеей. Сосуд был обнаружен в одной из купольных могил, из чего можно заключить, что в ранне минойское время Змеиная богиня на Крите почиталась преимущественно как покровительница мертвых. Следы ее культа были обнаружены в самых различных местах: и в горных святилищах, и в некрополях, и в поселениях, и во дворцах.
Священным животным богини и одним из ее воплощений считались на Крите не только змея, но и птица, возможно голубю, хотя определить породу по сохранившимся изображениям довольно сложно. Глиняные фигурки птицы были найдены вместе с идолами Змеиной богини и характерной для нее утварью в святилище в Гурнии. Сама Змеиная богиня на некоторых изображениях соединяет черты змеи и птицы, что характерно для религиозной традиции эпохи евразийского неолита и энеолита. Но особенно ярко эта двойственность ее природы выражена на «вазе с фруктами» и чаше из Феста. Спиралевидные завитки на головах богини и ее спутниц и покрывающие ее туловище «скобки», напоминающие ручки на «змеиных трубах» показывают, что это Змеиная богиня, хотя на ее физиономии мы видим некое подобие птичьего клюва На знаменитом кольце из Исопаты можно различить определенно птичьи или также змеиные черты в фигурах четырех женщин. Сюжет изображения на кольце напоминает роспись на чаше из Феста: эпифания богини (или богинь), однако на чаше из Феста божество как-бы вырастает из земли, а на кольце из Исопаты спускается с неба.
При всей необычности и своеобразии облика Змеиной богини между ней и двумя другими Великими богинями минойского пантеона, по-видимому, не было резкой разграничительной черты. Можно предполагать, что уже изначально Змеиная богиня почиталась, подобно Владычице зверей и Древесной богине, в первую очередь как верховный гарант и регулятор земного плодородия, т.е как божество, властвующее над жизнью и смертью живых существ.
Есть основание для предположений о единовременном существовании на Крите по крайней мере трех культов Великих богинь, т.е универсальных божеств природы, хотя и различающихся между собой по своим главным атрибутам, характеру святилищ и, вероятно, также по приписываемым им функциям, но вместе с тем и во многом достаточно близких друг другу
Несколько более поздние изображения Змеиной богини на чаше и вазе для фруктов из Феста датируются СМII, т.е относятся ко времени старых дворцов, тогда как основной иконографический материал, связанный с Древесной богиней и Владычицей зверей, ограничивается СМIII и ПМ периодами. Отсюда можно было бы сделать вывод, что образы двух богинь возникли в результате своеобразного расщепления образа Змеиной богини. Однако Змеиная богиня продолжала существовать как самостоятельное божество со своим особым культом вплоть до конца минойской эпохи (святилища в Гурнии и Кании, материал которых датируется III периодом)
Как указывает М. Гимбутас, богиня –змея и богиня-птица могли существовать как вместе (в одном теле), так и порознь. На Кикладах и в материковой Греции женские божества в облике птиц почитались от эпохи ранней бронзы вплоть до конца микенской эпохи, тогда как божества со змеиными признаками встречаются сравнительно редко. Во всем ареале богини-птицы имели ясно выраженные черты матерей или нянек: груди и подчеркнутые гениталии кикладских идолов, груди орнитоморфных сосудов с о. Санторин, младенцы на руках у микенских терракотовых статуэток и т.д .
Первоначально в эпоху ранней бронзы и начале эпохи «старых дворцов» четкого разграничения между святилищами разных типов не было, равно как и между почитавшимися в них божествами. Лишь с СМIII периода разные типы этих святилищ были закреплены за разными божествами. Горные святилища достались Владычице зверей, так называемые священные ограды – Древесной богине, а небольшие домашние и городские святилища – Змеиной богине. В то же время эти культы нашли приют во дворцах, получив тем самым статус общегосударственных
Можно предположить, что первоначально эти богини были распределены между отдельными общинами, государствами или районами Крита и лищь на позднем этапе эволюции их культов вошли в состав единого общеминойского пантеона.