29 января 2001 года Болотнинский музей посетил министр культуры Российской Федерации М. Е. Швыдкой и оставил свою запись в музейной книге отзывов: «…Новых Вам творческих успехов, - и, надеюсь, что в новом помещении!...». Пожелание министра оказалось пророческим: семь лет спустя музей получит новое помещение.
4 мая 2001 года музей отметил свой двадцатилетний юбилей.
Из Москвы была получена правительственная телеграмма с поздравлениями министра культуры Швыдкого: «…сердечно поздравляю Вас с 20-летием музея. За это время он состоялся как настоящий культурный центр города и района, успешно решающий задачу сохранения и пропаганды историко-культурного наследия…Ваш небольшой коллектив заслуживает самого глубокого уважения за свой подвижнический труд…желаю Вам новых идей и их воплощения в практике…счастья, здоровья и душевного мира…».
За 20 лет в музее было проведено 2600 экскурсий, в музее побывали десятки тысяч посетителей.
23 октября 2002 года Болотнинским музеем совместно с отделом образования была организована и проведена районная конференция «Судьбы людские», на которую впервые собрались юные краеведы из сельских и городских школ Болотнинского района.
С декабря 2003 года на базе музея стали проходить семинары учителей истории Болотнинского района, самый первый из этих семинаров был посвящен проблеме приобщения к краеведению школьников.
В 2003 году к 80-летию Болотнинского района и 60-летию города Болотное новосибирским издательством «АртИнфоДата» была выпущена книга «Прошлое Болотнинской земли», авторами которого стали Новиков А.В., Майничева А.Ю., Кравцов В.М., Грес М.В. Помощь в создании этой книги оказали сотрудники Болотнинского музея, предоставившие по запросу авторов сведения по истории возникновения населенных пунктов Болотнинского района.
В 2004 году Болотнинский районный историко-краеведческий музей выиграл первый областной грант, написав проект «20 век глазами очевидцев».
В том же году состоялась первая выездная выставка музея в Турнаево.
В 2006 году Болотнинский музей отметил свое 25-летие. Л.Е.Афанасьевская, Н.Д.Бурдыко, А.В.Мануйлова и другие активные участники проектирования и создания музея поделились со сцены Дома культуры имени Кирова воспоминаниями о событиях четвертьвековой давности, вспомнив всех, кто отдал немало лет и сил их общему делу.
Среди гостей праздника был представитель Департамента культуры Новосибирской области Владимир Родюшкин. Он, как куратор музеев области, отметил работу Болотнинского районного историко-краеведческого музея в деле сохранения памяти о прошлом Болотнинской земли.
О важности сотрудничества с музеем поведали представители управления образованием, молодежного центра, Дома культуры, болотнинских средств массовой информации, библиотек.
Председатель районного Совета депутатов В.Н.Карпов, отметив, что музей является несомненной гордостью района, сообщил, что одна из важнейших задач – укрепление материальной базы музея и поиск нового помещения для него.
О сотрудничестве с музеем рассказала руководитель районного методического объединения учителей истории и обществознания Л.А.Триппель: «…в школах района ведется региональный компонент «История Сибири»…в проведении таких уроков очень помогают краеведческие материалы музея...».
Сотрудничество с музеем отметила и заведующая детской библиотекой Л.И.Петрова: «…мы принадлежим к друзьям этого замечательного музея…и довольно часто проводим совместные массовые мероприятия, семинары, выставки, конкурсы…».
В интервью районной газете «Наши новости» в 2006 году директор Т.Н. Хомченко рассказала о своем десятилетии работы в музее: «…придя работать в музей, я сразу же поняла, что его просто необходимо технически оснащать. За 10 лет в музее появились необходимые для работы технические средства: фотоаппарат, телевизор, видеомагнитофон, компьютер…большой минус в работе – отсутствие интернета…хотя у нас есть свой сайт в интернете, мы не можем его пополнить, возникла и необходимость создать электронный каталог…но самая большая проблема – катастрофически не хватает места для экспозиций и для правильного хранения экспонатов…».
В 2006 году Болотнинский музей принял участие в самом первом областном фестивале музеев, организуемым Новосибирским Государственным краеведческим музеем, на котором собрались представители 24 музеев Новосибирской области для знакомства друг с другом и обмена опытом. С тех пор сотрудники Болотнинского музея ежегодно посещают и работают в рамках проведения этого фестиваля, ставшего для музейщиков Новосибирской области традиционным.
В 2007 году Болотнинский районный историко-краеведческий музей стал муниципальным учреждением культуры, учредителем которого явилась администрация Болотнинского района.