С 1995 года директором Болотнинского районного историко-краеведческого музея стала Тамара Николаевна Хомченко, библиотекарь, закончившая Московский институт культуры, много лет прожившая в разных регионах Советского Союза и вернувшаяся на свою малую родину – в Болотное.
С 1995 года по 2001 год в музее так и были полторы ставки – полная директора и полставки сотрудника, работавшего до обеда.
В одной из своих статей, посвященных районным музеям Новосибирской области, журналист областной газеты «Советская Сибирь» Андрей Нестеренок писал о Болотнинском музее в это время так: «…сейчас до обеда на полставки работает…Александр Васильевич Иванов. Остальное время Хомченко одна…в последние годы из сел люди стали приезжать реже. Школы и предприятия не в состоянии заказать автобус…Хомченко взяла в союзники местные издания и телевидение и повела разговор об истории района».
Об этом же времени рассказывал в одном из интервью второй сотрудник музея Иванов: «за год в музее бывает около 9 тысяч посетителей. В основном дети. Начиная с дошколят и по 6-е классы. Приходят обычно классами, в таких случаях проводится экскурсия. Если просто несколько человек пришли, то индивидуальный осмотр. Ученики 9-11 классов появляются реже. Иногда ходят взрослые, это либо классные руководители, либо родители с детьми (в основном, по субботам). Причем, чаще бывает так, что не родители приводят детей, а наоборот…».
Александр Васильевич проработал в музее до 1999 года и остался в памяти сотрудников музея и болотнинских краеведов как очень отзывчивый и энциклопедически образованный человек. Проживавший до приезда в Болотное в Барабинске, он стал болотнинцем до мозга костей, знал местную историю и не раз помогал в ней разобраться заинтересованным жителям. Для посетителей музея он запомнился как спокойный, добродушный пожилой человек; и это о нем до сих пор вдруг неожиданно спрашивают современных сотрудников музея те, кто бывал в музее когда-то еще в детстве в 1990-х годах: «А где тот самый дедушка, который работал у вас еще в Доме культуры?». В 2010 году Александр Васильевич Иванов умер. Сотрудникам и посетителям нашего музея каждый день служит напоминанием об Александре Васильевиче его книжный шкаф с книгами из личной библиотеки в экспозиции зала советского периода, переданный им в дар Болотнинскому районному музею незадолго до смерти.
В 2001 году Болотнинский районный историко-краеведческий музей перестал быть филиалом Новосибирского государственного краеведческого музея и был уже самостоятельным государственным учреждением при территориальной администрации Болотнинского района.
В это время основной фонд Болотнинского музея составлял более 2-х тысяч предметов.
Коллектив музея состоял из директора – Тамары Николаевны Хомченко и второго сотрудника – Любови Павловны Леухиной, сменившей на этом посту Александра Васильевича Иванова. В начале 2000-х годов Любовь Павловна стала главным хранителем фондов музея.
Чуть позже в музее появился и третий сотрудник – Тамара Викторовна Хомченко. Тамара Викторовна работала экскурсоводом музея.