В 1999 году Научно-производственный центр по сохранению историко-культурного наследия Новосибирской области приступил к разработке полноценного проекта ремонтно-реставрационных работ в Турнаевской церкви. Авторами проекта стали С.Н.Богомазова, в то время сотрудник НПЦ, и Н.И.Лыкова. Конструкторскую часть разрабатывал С.И.Клепиков.
После разработки грамотного профессионального проекта восстановления церкви, новый руководитель НПЦ Г.П.Блукке продолжил дело, начатое Л.В.Тимошевской.
На тот момент степень разрушения здания оценивалась специалистами в 50 процентов.
26 ноября 1999 года инициативной группой предпринимателей и священнослужителей (Андриенус И.А., Карауш А.В., Невзоров С.Ю., Баталов В.Н., Гутов Ю.Я., Рублев А.В.) был создан региональный общественный фонд содействия восстановлению церкви Святого Серафима Саровского «Сибирские Кижи». Председателем фонда «Сибирские Кижи» был избран руководитель Новосибирского ООО «Рабочий мир» Андрикенус Игорь Александрович.
Епископ Новосибирский и Бердский Сергий благословил это богоугодное дело. В Турнаево был куплен дом для рабочих, начавших заготавливать лес. Руководителем работ по восстановлению храма был назначен Анатолий Рублев – настоятель Болотнинского прихода.
Корреспондент областной газеты «Советская Сибирь» Г.Черезова, посетившая Турнаево в марте 2000 года, писала о работе фонда «Сибирские Кижи»: «…получены первые пожертвования и начались восстановительные работы. Руководит ими отец Анатолий Рублев, настоятель прихода Святого Николая Чудотворца в г.Болотном. В Турнаево работает артель. Куплены трактор, бревенчатый дом для строителей. С февраля приступили к рубке леса. На очереди приобретение пилорамы, деревообрабатывающего оборудования, стройматериалов и инструментов. С этого момента «Сибирские Кижи» стали, наряду с НПЦ, принимать участие в восстановлении Турнаевской церкви…Много желающих принять участие в строительстве храма. Готовятся к переезду даже несколько семей из других селений. Со временем здесь будет создана православная община, и получит Турнаево вторую жизнь вместе с возрожденным храмом…В 2003 году исполняется 100 лет со дня канонизации Серафима Саровского. К этой дате восстановление храма планируется завершить…».
31 июля 2000 года из Болотного в Турнаево прошел первый Серафимо-Турнаевский Крестный ход, в котором участвовало 50 прихожан Болотнинского и Юргинского храмов.
В том же 2000-м году рядом с Турнаевской церковью на средства И.А.Андрикенуса был заложен фундамент малого храма во имя Святого Праведного Феодора Томского.
В 2001 году священник Анатолий Рублев переехал с семьей в Турнаево.
Там же в сентябре 2001 года было открыто Серафимо-Турнаевское отделение Серафимо-Никольской школы традиционно-русской культуры, созданной в Болотном женой Анатолия Рублева – Татьяной Рублевой.
В это время у Рублева возникает идея организации при восстанавливаемой Турнаевской церкви детского приюта, который, по его замыслу, включал бы в себя одновременно социальный приют и детский дом.
Два года спустя, в 2003 году священник Анатолий Рублев вернется из Турнаево в Болотное и затем несколько лет , вплоть до своего отъезда из Болотного в Новосибирск, будет по субботам приезжать в село на службу, проводимую в малом храме. При малом храме во имя Феодора Томского в Турнаево раз в неделю будут проводиться занятия школы традиционно-русской культуры.
В том же 2003 году наконец начнется реставрация Турнаевской церкви НПЦ (которую раньше предполагалось к этому времени уже завершить).
Одновременно с тогда же состоится освящение малого храма во имя Феодора Томского, построенного за три года И.А.Андрикенусом.
Андрикенус будет поддерживать идею Рублева об устройстве в Турнаево при церкви приюта и будет готов помочь материально воплотить этот замысел священника, однако, прежде всего, так и не найдется единомышленников именно для работы в самом предполагаемом приюте и для дальнейшей жизни в Турнаево.
В 2004 году из-за нехватки финансирования реконструкция Турнаевской церкви НПЦ временно вновь оказалась под вопросом.
Тем не менее, с 2003 по 2009 годы НПЦ смог выполнить все основные работы по восстановлению церкви Серафима Саровского по устранению деформаций сруба, укреплению наружных и внутренних стен всего здания сжимами из брусьев с двух сторон, замене сгнивших венцов, балок и столбиков под черновые полы и замене самих полов.
Обрушенные балки перекрытий и стропильной системы были демонтированы и заменены на новые, отдельные поврежденные места крыши отремонтированы, полностью заменена обрешетка, подведены новые конструкции под главы и кресты.
Окна и двери были изготовлены новыми, подлинные оконные решетки отреставрированы.
Завершающими работами стали внутренние отделочные: обшивка стен и потолков профилированной доской с покрытием лаком, устройство крылец. Все деревянные конструкции были подвергнуты антисептированию и огнезащите.
Кровельные работы, завершающие реконструкцию церкви, были проведены на средства спонсоров священником Анатолием Рублевым.
В 2010 году творческий коллектив в составе сотрудников НПЦ, священнослужителей и строителей-подрядчиков за осуществление проекта реставрации Турнаевской церкви был номинирован на Национальную премию «Культурное наследие» по теме «Памятники гражданского и культового зодчества России: сохранение, популяризация и возрождение».
В 2012 году в Турнаевской церкви был установлен и освящен иконостас.
В 2014 году обновленная церковь во имя Серафима Саровского в Турнаево отметила столетний юбилей.
В праздничных мероприятиях приняло участие около 1200 человек из Новосибирской, Кемеровской, Томской областей и Алтайского края.
В честь юбилейных торжеств Новосибирский Митрополит Тихон вручил епархиальные награды руководителям Болотнинского района. Председатель Совета депутатов Болотнинского района В.Н.Карпов был награжден Архиерейской грамотой, заместители главы Болотнинского района В.И.Грибовский и А.М.Юркевич были награждены Епархиальными благодарственными письмами. От имени Администрации Болотнинского района А.М.Юркевич поблагодарил Митрополита Тихона за высокие награды и за участие в празднике, а также огласил поздравительную телеграмму врио Губернатора Новосибирской области В.Ф.Городецкого по случаю 100-летия храма в Турнаево.
В эти дни в Болотном прошел Второй Турнаевский фестиваль 2014, площадками которого стали учреждения культуры Болотного и центральная городская площадь.
Первый Турнаевский фестиваль прошел в 2013 году в самом Турнаево.
В настоящее время восстановленная Турнаевская церковь приписана к приходу Святого Архистратига Михаила в Болотном, настоятелем которого является протоиерей Алексей Матанцев. С декабря 2011 года все приходы на территории Болотнинского района относятся к Искитимской епархии Новосибирской митрополии.
Иерей Анатолий Рублев, с именем которого связаны восстановление в 1990-х - 2000-х годах Турнаевской церкви и попытка организовать при ней самостоятельный приход, ныне является клириком Иоанно-Предтеченского епархиального мужского монастыря в Новосибирске.
Летом, раз в год, вместе со своей семьей Анатолий Рублев проводит традиционный детский лагерь в Турнаево.
С 2000-го года, каждый год проводится крестный ход из города Болотного в село Турнаево, который собирает до тысячи верующих из Новосибирской области и близлежащих регионов.
Церковь Святого Серафима Саровского в Турнаево продолжает привлекать к себе внимание людей, желающих увидеть ее.
В 2018 году врио Губернатора Новосибирской области А.Травниковым, епископом Искитимской епархии РПЦ Лукой и представителями Министерства культуры Новосибирской области было принято решение включить Турнаево в программу развития туризма в Новосибирской области на 2019 год.