Турнаевская церковь, оставшись без причта и церковного совета, была разорена.
В 1938 году с ее колокольни были сброшены колокола: разбившийся при падении большой колокол и почти все малые колокола были впоследствии утеряны.
Уцелел единственный малый колокол, который в 1988 году передала в Болотнинский историко-краеведческий музей Анна Моисеевна Малайкова, жительница станции Тын. С ее слов, этот колокол был в конце 1930-х годов привезен из Турнаево и использовался для встречи и отправки поездов на станции. С 1960 года он хранился у нее дома. В 2000-х годах вокруг этого колокола будет создано несколько легенд, в которых часто будут изменены фамилия, место жительства Анны Моисеевны и обстоятельства сохранения ею колокола.
Тогда же, в 1938 году подверглись разорению иконостас и иконы Турнаевской церкви. Старожилы села вспоминали, что иконы были выброшены из церкви, ими мостили тротуары, часть иконостаса использовалась местными же жителями как дверь в хозяйственных постройках.
Распоряжением Облисполкома № 70 от 9 апреля 1940 года, наконец, Турнаевский приход был закрыт. В том же году здание самой Турнаевской церкви описывалось как «деревянное…купола, колокольня и кресты имеются, внутри иконостас, алтарь и т.п. убраны. Свободное (периодически занимается зерном колхоза)».
Решением Облисполкома № 1043 от 21 ноября 1952 года здание Турнаевской церкви должно было быть разобрано на бревна для строительства в Турнаево сельского клуба.
В 1961 году из бревен Турнаевской церкви хотели построить новую школу в Турнаево. Состоялся сход жителей села, на котором старики заявили, что строительство из церковных бревен школы – дело богоугодное, так как школа делает богоугодное дело – дает знания и занимается воспитанием детей, что лучше, чем зерносклад. Был изготовлен проект стоимостью 12 тысяч рублей, однако на это в бюджете не оказалось средств и церковь вновь решили не трогать.
До 1980-х годов Турнаевская церковь использовалась как зерносклад Турнаевского колхоза и Дивинского птицесовхоза.
В 1980-х годах красивое пустующее старинное здание стало привлекать все большее внимание, ее стали посещать немногочисленные туристы и краеведы.
Фотограф В.Югов, посещавший Турнаево в это время, писал: «…деревянная культовая постройка давно в полном запустении…льют дожди, веют ветры, заносят снега….помню местный учитель Н.Н.Смирнов, будучи уже на пенсии, рассказывал, что дети, проникая во внутрь безнадзорного храма, баловства ради разводили костер…старому человеку приходилось не раз вмешиваться, чтобы предотвратить беду… Мне подумалось, что постройка могла бы после реставрации послужить на благо просвещения и культуры. Разместить бы в ней местную библиотеку или использовать как клуб по интересам, могут быть и иные предложения…В иных областях с ным отношением к старине все это бережно сохраняется. Так не нужно ждать, чтобы погибла еще одна чудом уцелевшая постройка в селе Турнаево, создающая щемящий душу мотив…».
Стало очевидно, что без реконструкции церковь будет и разрушаться и дальше и в будущем может исчезнуть.
В это время Новосибирским архитектором С.Н.Богомазовой были выполнены первые обмеры Турнаевской церкви для ее последующей реставрации.
Появились и первые проекты перевозки церкви из Турнаево в другую местность. Ученые и архитекторы Новосибирска предложили перенести храм в музей старинной архитектуры под открытым небом в Академгородок.
В начале 1988 года настоятель Болотнинской церкви Св.Николая Николай Чугайнов передал уполномоченному совета по делам религий при Новосибирском облисполкоме В.Лымарю письмо с просьбой передать пустующую Турнаевскую церковь Болотнинскому приходу с условием, чтобы ее разобрать, перевезти в Болотное, восстановить в прежнем виде и совершать в ней богослужения. Зная о настроении общественности области, начавшей требовать реставрации церкви на месте, летом 1988 года Чугайнов комментировал эту свою просьбу так: «…конечно, можно восстановить церковь на месте как памятник архитектуры. Но для кого? Кто увидит эти Сибирские Кижи? Нужна дорога, нужно поднять село Турнаево, а когда это будет».
В 1988 году группа верующих новосибирцев выступила с инициативой вернуть Церкви собор Александра Невского в Новосибирске, который после отъезда оттуда студии Западно-Сибирской кинохроники уже начали перестраивать для нужд Новосибирской филармонии. Благодаря публикации в «Вечернем Новосибирске» статьи новосибирского писателя Александра Плитченко, инициатива получила поддержку тысяч горожан. Областные власти предложили компромисс Новосибирской епархии: Церковь отказывается от претензий на здание собора в Новосибирске, но взамен получает возможность разобрать Турнаевскую пустующую церковь в Болотнинском районе и перевезти ее в Новосибирск.
12 октября 1988 года митрополит Новосибирский и Барнаульский Гедеон обратился к председателю Новосибирского облисполкома В.А.Бокову с просьбой о передаче Церкви церковного здания в Турнаево с целью разобрать его и перевезти в Новосибирск, в Ленинский или Кировский район, в которых проживало свыше полумиллиона человек и где не было ни одного православного храма. Гедеон писал, что Турнаево практически не существует, в соседнем Болотном имеется действующий православный храм, и что Турнаевскую церковь легче всего будет восстановить именно в Новосибирске. Незадолго до этого он лично побывал в Болотном, где получил согласие райисполкома на разбор и перевозку церковного здания в город.
Редактор Болотнинской районной газеты «Путь Ильича» А.Верин писал: «…в нескольких минутах езды от Болотного стоит шедевр русских мастеров…увы, это великолепие под угрозой…в районе нашли немного денег, чтобы кое-где покрыть крышу толем, кое-что подлатать внутри, но положения это не исправит…сейчас есть два наиболее приемлимых (в финансовом плане) варианта, но оба они связаны с перевозкой (с одновременной реставрацией) – в Болотное или в Новосибирск. Помочь в этом государству согласна церковь. Но это не по душе жителям Турнаева…».
Все шло к перевозке церкви в Болотное или в Новосибирск.
Однако, твердая позиция о невозможности переноса Турнаевской церкви в другую местность, отстаиваемая Научно-производственным центром по сохранению историко-культурного наследия Новосибирской области (НПЦ), и подоспевший сход турнаевцев, протестовавших против вывоза из их села церкви, решили вопрос о переносе здания в пользу его сохранения и реставрации на прежнем месте.
После празднования Тысячелетия Крещения Руси, 19 января 1989 года, с согласия Болотнинского райисполкома, Новосибирским облисполкомом было принято решение о передаче Турнаевской церкви во имя Преподобного Серафима Саровского в пользование Новосибирскому епархиальному управлению с заключением договора по охране памятника истории и культуры и проведением всего комплекса работ по реставрации, восстановлению, приспособлению церкви под религиозные нужды, благоустройству прилегающей территории.
В 1990 году Решением Новосибирского облисполкома № 282 от 18 июля 1990 года Турнаевская церковь была взята на охрану как памятник архитектуры местного значения. Сразу же после выхода этого решения облисполкома Л.В.Тимяшевская, начальник Научно-производственного центра по сохранению историко-культурного наследия Новосибирской области, выполнявшего тогда функции государственного органа охраны памятников, обратилась к областным властям и в Новосибирскую епархию с просьбой о выделении средств на первоочередные работы с целью спасения храма. Призывы эти тогда никакого действия ни на кого не возымели.
7 октября 1990 года в Турнаево приехал вновь назначенный управляющий Новосибирской епархией епископ Тихон. Осмотрев здание, он решил не брать Турнаевскую церковь под свою опеку, так как к этому времени восстановление храма оценивалось уже в 1 млн. рублей, и таких денег у епархии на это мероприятие не было. Посетовав на турнаевцев, не разрешивших в 1988 году перевезти свою церковь в Новосибирск, он уехал.
В 1993 году, в соответствии с распоряжением Президента Российской Федерации Б.Н.Ельцина № 281-рп от 23.04.1993 года, Турнаевская церковь была передана в ведение Новосибирского Епархиального Управления Русской Православной церкви.
В 1996 году недавно назначенный настоятель Болотнинской Свято-Никольской церкви священник Анатолий Рублев приезжает в Турнаево, встречается с турнаевцами, проводит крещения, служит молебны. В том же году он впервые организует Турнаевскй православный летний лагерь.
На престольный праздник 1 августа 1998 года в полуразрушенной Турнаевской церкви впервые с момента его закрытия им же был отслужен молебен с акафистом Преподобному Серафиму Саровскому.