Летом 1939 года отдел по делам религий Новосибирского облисполкома активизировал запросы по районам области с целью выяснить информацию о состоянии приходов и о церковных строениях на местах.
7 сентября 1939 года в ответ на запрос Новосибирского облисполкома №13196 от 15 июня 1939 года председатель Болотнинского райисполкома сообщал в рапорте, что на территории Болотнинского района находится 7 православных церквей, документы на закрытие которых утеряны. Все они, в отсутствие церковных советов и священников, пустуют.
2 декабря 1939 года на заседании Болотнинского райисполкома было вынесено новое решение о передаче здания Болтнинской церкви под культурное учреждение, обсуждался вопрос о передаче ее Дому Пионеров.
Официально церковь была закрыта распоряжением Облисполкома № 35 от 10 февраля 1940 года, в этом же году церковь была описана как свободное деревянное здание, переоборудованное под городской кинотеатр, внутри которого произведен капитальный, незаконченный ремонт.
Во время Великой Отечественной войны, в 1942 году, решением райисполкома пустующее здание церкви в Болотном хотели передать под спиртзавод, в 1943 – в аренду артели «Объединенный труд», однако, до1945 года здание оставалось пустым.
После Великой Отечественной войны в бывшем здании церкви был открыт кинотеатр «Победа».
Верующие жители г.Болотное неоднократно обращались в Новосибирский облисполком о возврате церкви и возобновлении богослужений. Дважды это ходатайство было отклонено. В июле 1945 года, получив разрешение на открытие молитвенного дома (Постановление Совета по делам Русской Православной Церкви при Новосибирском облисполкоме от 27 июля 1945 года), верующие жители Болотного, образовали церковную «двадцадку» и 12 октября 1945 года зарегистрировали свою общину в Новосибирском облисполкоме.
В сентябре 1946 года православная община Болотного купила помещение под молитвенный дом по адресу ул. 2-я Кондукторская, 7. В праздник Покрова Пресвятой Богородицы в Болотнинском молитвенном доме состоялось первое богослужение. В 1947 году община купила дом рядом по ул. 1-я Кондукторская, 8, расширив территорию и обеспечив священника квартирой при молитвенном доме. В 1948 году престол в новой церкви, по воспоминаниям старожилов, освятил митрополит Варфоломей. Новый храм освятили, подобно ставшему недоступным для общины храму на ул. Московская, во имя Святителя Николая Чудотворца Мирликийского.
В 1952 году здание Болотнинской церкви на ул. Московская, в котором разместился кинотеатр «Победа», сгорело.
Жители окрестных домов стали свидетелями этого пожара. По их воспоминаниям, здание не удалось потушить сразу, после пожара оно тлело еще два дня. Обгоревший сруб бывшей церкви долго потом чернел, пока не был разобран.
Вокруг этого пожара со временем сложилось несколько местных легенд. Наиболее известной легендой является легенда о белой женщине. Согласно ей, накануне пожара в закрытом на ночь здании бывшей церкви, переоборудованной в кинотеатр, стала являться призрачная женщина в белых одеждах, которую во время обходов заметил сторож. Эта же таинственная женщина появилась в здании и непосредственно перед началом пожара. По легенде, в ту роковую ночь сторож, совершая обход, открыл дверь и вновь увидел в помещении призрачную рыдающую белую женщину. В ужасе сторож выбежал из здания, вслед за этим вспыхнула сцена, устроенная в бывшем алтаре, а от нее огонь перекинулся на стены здания.
Согласно другой легенде, здание невозможно было потушить никакими способами, так как сам огонь имел свойство неугасимости. В одном из вариантов этой легенды также говорилось, что у прибывших пожарных не было воды, чтобы тушить пламя. Все варианты этой легенды сходятся в едином заключении: храм сгорел дотла, чтобы не быть вновь оскверненным.
Третья легенда гласила, что от сгоревшего дотла бывшего храма чудесным образом сохранились маковки куполов с крестами, снесенные ветром во время пожара, и что одна из этих маковок была затем установлена прихожанами на могиле священника Стефания на Болотнинском старом кладбище (вероятно, речь шла о священнике Стефане Крылове, возглавлявшем Болотнинскую православную общину с октября 1945 года по январь 1948 года, на могиле которого православные верующие действительно установили металлический крест со старой церкви, который был снят вместе с другими крестами и куполами с крыши здания в ходе переоборудования здания храма под кинотеатр в 1940 году).
В последующие годы на месте сгоревшего в 1952 году здания бывшей церкви, переоборудованного в кинотеатр, было построено длинное одноэтажное многоквартирное здание (современный адрес: ул. Московская, 112). В этом доме жили работники Болотнинской районной больницы и поликлиники.
22 мая 1998 года православной общиной Болотного недалеко от этого места был установлен высокий деревянный православный крест.
Место нахождения креста, вероятно, частично совпадает с нахождением на нем ранее Болотнинской Трехсвятительской церкви (1843-1864 годы) и первой Болотнинской Свято-Никольской церкви (1867-1912 годы).
По воспоминаниям старожилов, в 1970-х годах на ул. Московская, южнее вышеописанных мест нахождения прежних церковных строений, прокладчиками подземного кабеля были случайно вскрыты захоронения, вероятно, относящиеся к некрополю при Болотнинской церкви.
Невозможно сказать, где именно располагались четыре причтовых дома для 2-х священников и 2-х псаломщиков, а также сторожка, в которой размещалась церковно-приходская школа.
В настоящее время от существовавшего в 1843-1930-х годах комплекса приходских строений ничего не сохранилось.