15 августа 1865 года Епископом Томским и Семипалатинским Виталием было разрешено строительство новой церкви в селе Болотинском.
1 сентября 1865 года церковь была заложена на месте бывшей Трехсвятителькой церкви, на старом фундаменте. Новое здание храма полностью повторяло старое здание, построенное по плану 1837 года.
Два года спустя, 9 июня 1867 года Болотнинская церковь была освящена.
Престол в новой церкви на этот раз был посвящен Святителю и Чудотворцу Николаю Мирликийскому, и Болотнинский храм с этого времени стал называться Свято-Никольским.
С 1868 года была определена хлебная руга от прихожан для причта Болотнинской церкви: священнику 350 и псаломщику 125 пудов в год. В это же время от казны было положено жалование священнику 140 рублей и псаломщику 40 рублей в год.
Дома для священника и псаломщика были общественные от прихожан, «оба деревянные и удобные для пользования».
С 1864 по 1869 год в Болотном служил священник И.И.Изосимов.
В 1880 священником был назначен П.Г.Двинянинов, переведенный в Болотное в 1881 из села Ярского.
В 1882-1883 годах священником Болотнинской церкви был А.Г.Соколов, переведенный из села Спасское. О нем известно, что он «…дьяческий сын, обучался в Калужской Духовной Семинарии и по окончании курсов в ней был уволен с аттестатом 2 разряда в июле месяце 1852 года…1855 года февраля 16 дня по прошению был принят в Томскую епархию, рукоположен во священника…награжден бронзовым на Владимировской ленте наперстным крестом, набедренником, скуфеею, наперстным вызолоченным с таковой же цепочкой серебряным крестом от Святейшего Синода…1882 года мая 7 дня резолюцией преосвященного за № 747 по прошению перемещен к Никольской церкви села Болотинского…В семействе у него жена Евдокия Васильева».
С 1864 года по 1883 год в Болотнинской церкви обязанности псаломщика исполнял Д.И.Павский, о котором говорилось: «…дьяческий сын, по исключении из низшего отделения Тамбовского духовного училища в 1853 году посвящен в стихарь и определен дьяконом…в 1859 году принят по прошению в Томскую Епархию…1864 года октября 18 дня преосвященнийшим Порфирием Епископом Томским и Семипалатинским переведен на настоящее место…».
Церковным старостой в 1882 году был крестьянин деревни Таскаево Афанасий Иванович Баратаев.
В 1884 году в Болотнинской церкви священником стал Арсений Кикин, который уже 11 мая 1884 года был переведен на другой приход. Весь остаток 1884 года и первую половину 1885 года место священника в Болотном было вакантным.
В 1883 году псаломщиком стал Петр Солодчин, который был в 1884 году переведен в село Чингисское, а на его место прибыл псаломщик Евлевеерий Тюменцев из Калтая.
Церковным старостой был утвержден Лаврентий Болотов.
В 1885-1886 годах священником Болотнинской церкви был В.В.Владимиров, рукоположенный в 1885 году. Псаломщик Тюменцев был переведен на другой приход, его место занял Никанор Мальцев. В 1885-1889 псаломщиками были поочередно Никанор Мальцев и Дмитрий Павский, в 1889 году место псаломщика занял Иван Россов, после которого псаломщиком был Петр Пономарев. Весной 1892 года псаломщиком стал Константин Лавров, прибывший из села Бердского.
В 1887-1891 годах священником был Д.М.Вологодский, которого в 1892 сменил А.В.Солодовников, служивший в Болотном по 1898 год.
В 1883 году в одном из отчетов о Болотнинской церкви говорилось: «Не совсем крепка и имеет полусгнившую крышу, от чего в трапезе во время дождей бывает течь. Вообще здание церкви требует поправки и починки».
В 1887 году вышло распоряжение епископа № 10 относительно церковных построек Болотнинского прихода: «Дозволено причту Болотнинской Николаевской церкви с церковным старостой и прихожанами ремонтировать свой храм на средства последних и с добавлением 600 рублей из церковной суммы». Летом 1887 года был проведен капитальный ремонт храма.
В 1899-1908 годах священником Болотнинской церкви был Николай Николаевич Батырев. О нем известно, что в 1900 году ему было 28 лет, он выпускник 4 класса Реального училища, был определен псаломщиком в 1888 году, рукоположен во дьякона в 1891 году, во священника 4 июня 1894 года.
Псаломщиком в церкви с 1897 года служил Сергей Николаевич Светозаров, которому в 1900 году исполнилось 32 года, домашнего образования.
В конце 19 столетия приход Болотнинской церкви состоял из 1340 прихожан мужского пола и 1324 прихожан женского пола.
В приходе числились одна церковно-приходская школа в Болотном и две школы грамоты в Зудово и Мануйлово, в которых обучалось 64 мальчика и 25 девочек.
Школы в Болотном и Мануйлово содержались на деньги Епархиального Училищного Совета.
Школа в Зудово содержалась на средства Братства Св. Дмитрия Ростовского, занимавшегося обращением в православие старообрядцев, в том числе и в самом Зудово.
Учителем в Болотнинской церковно-приходской школе была Н.А.Васинская, окончившая 4 класса женской гимназии, получавшая жалованье 240 рублей в год от Училищного Совета.
В 1900 году в приход Болотнинской церкви входили: село Болотинское, деревни Карасева, Елбакская, Верхне-Елбакская, Мануйлова, Саввинова, Таскаева, Елфимова, Ачинская, Басалаева, Зудова. Прихожан обоего пола было 2900 душ.
В 1900 году священник и псаломщик Болотнинской церкви во имя Святителя Николая Чудотворца получали жалованье от казны 180 рублей и от прихожан церковной руги 475 пудов зерна и жили в домах, содержащихся за счет прихода.
В 1911 году Болотнинская церковь владела 119 десятинами земли. Прихожан обоего пола было 3968 душ. Содержание причта при готовых причтовых домах: жалованье из казны 180 рублей, руга от прихожан 475 пудов, доходы от треб.
К церкви был приписан молитвенный дом в деревне Ача. Под церковно-приходским попечительством находилось училище гражданского ведомства там же.
В самом Болотном при церковной сторожке продолжала работать церковно-приходская школа, в которой обучалось 56 учащихся обоего пола. Учительницей в это время была вдова священника Серафима Калугина, получавшая жалованье 336 рублей в год.
В 1909-1915 годах старшим священником в Болотнинской церкви был Александр Николаевич Мигай, которому в 1914 году исполнилось 53 года. О нем известно, что он обучался в Могилевской духовной семинарии, курса не окончил, был рукоположен во священника в 1888 году, в 1913 году награжден скуфеею.
Младшими священниками служили в 1910-1911 годах Григорий Федорович Безобразов, в 1912-1915 годах Сергей Гавриилович Коновалов.
Безобразову в 1911 году исполнилось 40 лет, о нем известно, что, окончив 2 класса Томской духовной семинарии, в 1888 году он был определен псаломщиком, в 1894 был рукоположен во диаконы, в 1896 во священника, был в 1906 году награжден набедренником.
Коновалову в 1914 году исполнилось 40 лет, он окончил Томскую духовную семинарию, рукоположен во священника в 1894 году, награжден набедренником в 1904 году.
В 1908-1911 годах псаломщиком служил Стефан Афанасьевич Жамин, которому в 1911 году исполнилось 32 года. Он окончил курс в школе церковной грамоты, два года состоял учителем в церковных школах.
В то же время вторым псаломщиком служил Хрисаиф Васильевич Викторов, которому в 1911 году исполнилось 33 года. о нем известно, что он окончил курс в городском трехклассном училище, три года состоял учителем церковных школ, 10 лет был на железнодорожной службе, имел за службу на железной дороге золотую медаль на Станиславской ленте.
С 1912 года дьяконом на вакансии псаломщика служил Александр Статоникеевич Кириллов, выпускник 6-го класса Томской губернской гимназии, рукоположенный во дьякона в 1913 году, которому в 1914 году исполнилось 22 года.
Вольнонаемным псаломщиком служил Евгений Николаевич Захваткин, окончивший курс Бийского миссионерского катехизаторского училища, в 1914 году ему исполнилось 25 лет.