В конце 1830-х годов болотнинцы, у которых на тот момент своей церкви в селе не имелось, решили построить собственный храм.
После принятия прошения болотнинцев, 16 декабря 1837 года епископом Томским и Енисейским Агапитом был утвержден план строительства деревянной церкви с колокольней в деревне Болотинской.
18 марта 1838 года Томская Духовная Консистория сделала запрос в Томскую Губернскую строительную комиссию на возможность освидетельствования грунта земли, назначенной под строение церкви Томского округа в деревне Болотинской при местном благочинном иерее Павле Соболеве и последующем уведомлении Консистории.
В переписке Томская Губернская Строительная Комиссия уточняла какая будет церковь – каменная или деревянная.
Последним документом в переписке был ответ Томской Губернской Строительной Комиссии от 26 мая 1838 года, в котором сообщалось, что грунт будет освидетельствован, когда будет возможность.
Возможность такая предоставилась через год.
Наконец, 4 июля 1839 года храм был заложен в центре деревни Болотинской на Московском тракте между этапом и почтовой станцией, на перекрестке современных улиц Московская, Комитетская и Подгорная.
Через четыре года, 28 марта 1843 года деревянная однопрестольная церковь с колокольней была построена и освящена. Престол в церкви был освящен во имя Трех Святителей Петра, Алексея и Ионы Московских и всех России чудотворцев. Следовательно, и наш первый Болотнинский храм получил название Трехсвятительской церкви.
Церковь в Болотном была типовым строением своего времени. Альбомы с типовыми проектами или, как тогда говорили, «образцовыми» строениями различного назначения активно распространялись и использовались светскими и церковными властями в Сибири, в том числе и Томской епархией в Томской губернии.
В 1846 году в Сузуне по такому же типовому проекту была построена деревянная однопрестольная церковь во имя Вознесения Господня (Вознесенская церковь). О том, как она выглядела, мы можем судить по фотографиям начала 20 века, сделанным в Сузуне.
После пожара 1864 года первая церковь в Болотном будет уничтожена, однако, ее полностью воссоздадут по проекту 1837 года в 1867 году. Благодаря болотнинской фотографии начала 20 века, мы можем увидеть воссозданный по старому проекту новый храм в Болотном.
Сопоставив вышеизложенные факты и обладая фотодоументами начала 20 века из Сузуна и Болотного, мы вполне определенно можем представить себе облик самой первой церкви в Болотном.
Это небольшая деревянная церковь, имеющая трехчастную композицию: прямоугольные в плане храм с алтарным прирубом; трапезную, связанную с храмом переходом, примерно равным по величине алтарю; невысокую колокольню, рубленную в обло под обшивку.
Первым из известных нам настоятелей Болотнинского храма был Р.Г.Архангельский, назначенный священником в Болотнинскую церковь во имя Трех Святителей в 1845 году.
В 1863 году при Болотнинской церкви была открыта церковно-приходская школа, расположившаяся в церковной сторожке, с одним учителем и тремя группами учеников.
2 февраля 1864 года Трехсвятительская церковь в селе Болотинском сгорела.
Священник Р.Г.Архангельский не застал пожара 2 февраля 1864 года, так как служил в Болотном до 1862 года. Нам пока неизвестно кто был во время пожара настоятелем при Болотнинской церкви. Возможно, место священника было вакантным.
Вероятно, из горящего здания церкви были вовремя спасены утварь, иконы и документы. В позднейших отчетах по Болотнинскому приходу говорится, что в Болотнинской церкви «после пожара копии с метрических книг и исповедных росписей с 1843 года хранятся в целостности».