Передвижная (кочевая) школа на полуострове Канин
1930 — 1935 годы. Основатель и директор школы — Карпов Николай Степанович.
Была создана для детей и молодежи полуострова Канин. Во всех отношениях школа была необычной. Одновременно, с оленеводами, кочующими с летних пастбищ на зимние, учителя и школьники во главе с директором передвигались разными видами транспорта до села Несь через становища Горбы и Шойну, деревню Кию, посёлок Чижу. Учились по пути в становище Горбы, деревне Кие, жили в частных домах. Именно эта школа и положила начало созданию школ в большинстве населенных пунктов Канинской тундры.
Шоинская начальная школа и неполная средняя школа
1932 – 1942 годы. Директорами Шоинской школы были Домятницына – (декабрь 1932 года — июнь 1933 года), Богданов Николай — (по июнь 1938 года), Прокопьев Иван А. — (с сентября 1938 года по март 1942 года).
В 1932 году в становище Шойна была открыта начальная школа для детей, родители которых непосредственно проживали в становище Шойна, работали на предприятиях и в организациях. Кроме того, эта школа выполняла задачу ликвидации неграмотности взрослого населения. С 1934-1935 учебного года, к тому времени уже рабочем посёлке Шойна, начальная школа была реорганизована в неполную среднюю школу.
Канинская ненецкая начальная школа
1935 — 1940 годы. Директор — Николай Степанович Карпов, с 1940 года — Анашкин Анатолий Петрович.
К 1 сентября 1935 года в Шойне были построены здание школы и интерната для детей оленеводов. С 1935/36 учебного года дети оленеводов Канинской тундры стали учиться в своей школе и жить, во время учебы, в пришкольном интернате в рабочем посёлке Шойна.
Канинская семилетняя школа в годы войны
1941 — 1945 годы. Директора: с сентября 1941 года по март 1942 года — Анашкин Анатолий Петрович, 1942 — 1945 годы — Полежаева Елизавета Петровна.
С сентября 1941 года, в год начала Великой Отечественной войны, Канинская ненецкая начальная школа была реорганизована в Канинскую семилетнюю школу.
Шоинская семилетняя школа в годы войны
1941 — 1946 годы. Директорами школы были: Прокопьев Иван А. — (с 1938 года по март 1942 года), Суровцев Иван Иванович — (21.03.1942 года — 03.07.1944 года), Краюшкин Анатолий И. — (05.07.1944 года — ноябрь 1946 года).
В годы войны Шоинская неполная средняя школа получает статус семилетней школы.
Канинская семилетняя школа в послевоенные годы
1945 – 1958 годы. Директорами школы были: по возвращению с войны и до 1953 года – Анашкин Анатолий Петрович, с 1953 по 1955 годы – Юшманова Г.Я., с 1955 по 1957 годы – Сядейский Тихон Иванович, с 1957 по 1958 годы – Плотникова Надежда Всеволодовна.
Шоинская семилетняя и средняя школа в послевоенные годы
1946 – 1959 годы. Директорами школы были: Мезенцев Василий Иванович (1946-47 гг.), Краюшкин Анатолий Ильич (1947-48 гг.), Вольский Павел Константинович (1948-50 гг.), Кашинцев Дмитрий Васильевич (1950-58 гг.).
В 1952 году Шоинская семилетняя школа была реорганизована в Шоинскую среднюю школу. В 1957 году было построено новое двухэтажное здание для Шоинской средней школы. С 1958 года Шоинскую среднюю школу возглавил Петровский Дмитрий Алексеевич. Первый выпуск учащихся со средним образованием был в 1955 году. Тогда окончило среднюю школу 7 человек.
Шоинская средняя школа после объединения с Канинской семилетней
1959 год - н./время. Директорами этой школы были: Петровский Дмитрий Алексеевич – (сентябрь 1958 года – 10 апреля 1971 года), Попова Роза Федоровна – (10 апреля 1971 года – 1 сентября 1971 года), Рукавишников Владимир Тихонович – (1 сентября 1971 года – 3 июля 1973 года), Плотникова Надежда Всеволодовна – (3 сентября 1973 года – 20 августа 1976 года), Гудаев Михаил Васильевич – (20 августа 1976 года – 2 июля 1984 года), Дерягин Константин Семёнович – (1984 года – 1990 год). С 1991 года школу поселка Шойна возглавляет Широкая Татьяна Павловна.
По решению Канино-Тиманского райисполкома Канинская семилетняя и Шоинская средняя школы с 1959 года были объединены в одну Шоинскую общеобразовательную среднюю школу.
С 24.03.2004 г. на основании решения № 9 сессии депутатов МО «Шоинский сельсовет» школа получила название «Муниципальное унитарное общеобразовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа п. Шойна».
С 2011 года на основании Постановления Администрации муниципального района «Заполярный район» школа получила название "Муниципальное бюджетное образовательное учреждение Заполярного района «Средняя общеобразовательная школа п. Шойна".