То, что сейчас известно под шифром Виженера, впервые описал Джованни Батиста Беллазо в своей книге La cifra del. Sig. Giovan Battista Bellasо. Он использовал идею tabula recta Трисемуса, но добавил ключ для переключения алфавитов шифра через каждую букву.
Блез Виженер представил своё описание простого, но стойкого шифра перед комиссией Генриха III во Франции в 1586 году, и позднее изобретение шифра было присвоено именно ему. Давид Кан в своей книге «Взломщики кодов» отозвался об этом осуждающе, написав, что история «проигнорировала важный факт и назвала шифр именем Виженера, несмотря на то, что он ничего не сделал для его создания».
Шифр Виженера имел репутацию исключительно стойкого к «ручному» взлому. Известный писатель и математик Чарльз Лютвидж Доджсон (Льюис Кэрролл) назвал шифр Виженера невзламываемым в своей статье «Алфавитный шифр», опубликованной в детском журнале в 1868 году. В 1917 году Scientific American также отозвался о шифре Виженера, как о неподдающемся взлому. Это представление было опровергнуто после того, как Казиски полностью взломал шифр в XIX веке, хотя известны случаи взлома этого шифра некоторыми опытными криптоаналитиками ещё в XVI веке.
Шифр Виженера достаточно прост для использования в полевых условиях, особенно если применяются шифровальные диски. Например, «конфедераты» использовали медный шифровальный диск для шифра Виженера в ходе Гражданской войны. Послания Конфедерации были далеки от секретных, и их противники регулярно взламывали сообщения. Во время войны командование Конфедерации полагалось на три ключевых словосочетания: «Manchester Bluff», «Complete Victory» и — так как война подходила к концу — «Come Retribution».
Гилберт Вернам попытался улучшить взломанный шифр (он получил название шифр Вернама-Виженера в 1918 году), но, несмотря на его усовершенствования, шифр так и остался уязвимым к криптоанализу. Однако работа Вернама в конечном итоге всё же привела к получению шифра, который по-настоящему трудно взломать.
На вставке дан квадрат Виженера на зыке манускрипта Войнича. Слева квадрат Виженера (его шрифт) представлен закодированный в фон (продолжение следует). А продолжение заключалось - написать макрокоманды кодирования и декодирование шифрования и дешифрования шифром Виженера в системе Вектор на языке VBS. Задача оказалась сложной. Мощные пласты программирования пришлось поднять литинг http://old.msun.ru/Vector/Klub-IGRA/Listing-Vigener.htm - где-то с месяц на это ушло. Правда и новые идеи появились, как с короновирусом с помощью магических квадратов бороться (в ранешные времена с их помощью пожары тушили, чуму отводили). Что-то у нас созрело урок 8: http://old.msun.ru/Vector/Klub-IGRA/Vigenere-Square.htm. В манускрипте Войнича сказано, когда этот эпиндрос закончится и какие корешки надо использовать для профилактики, а случилось,то и вылечиться.