Существовало несколько версий гибели генерала армии, который лишь несколько дней не дожил до вручения маршальских погонов. Шептались, что Черняховского могли убить не немцы, а свои, поляки или даже Иосиф Сталин.
В период Великой Отечественной войны гибли не только рядовые бойцы и офицеры, но и высшие командиры. За четыре года РККА потеряла 343 генерал-майора, 56 генерал-лейтенантов, четырех генерал-полковников и четырех генералов армии. Среди них – четыре командующих войсками фронтов, три их зама и помощника, пять начальников штабов фронтов, 22 командующих армиями и т. д. Одни военачальники, как маршал Борис Шапошников, умерли от болезней, другие были приговорены к казни за трусость или предательство, но подавляющее большинство погибло от действий неприятеля.
Советская пресса особо выделяла две трагедии: смертельное ранение диверсантами из УПА (организация запрещена в России) командующего войсками 1-го Украинского фронта Николая Ватутина и Черняховского. Только в их некрологах газеты использовали формулировку – «талантливейшие молодые полководцы, выдвинувшиеся в ходе Отечественной войны».
Ватутин умер от раны в тот день, когда его ученик и сподвижник Черняховский вступил на пост командующего Западным фронтом.
Сын ветерана Первой мировой войны, скончавшегося от тифа после мобилизации в Белую армию, Черняховский прошел через трудное детство. Он беспризорничал, долгое время не имел стабильных источников для существования, пока не попал в батальон Частей особого назначения (ЧОН). Отряд под его командованием участвовал в разгроме антисоветских сил в лесах Винницкой области. Во второй половине 1920-х и в 1930-х годах Черняховский сделал стремительную военную карьеру. Он рос в званиях и должностях, встретив начало войны в качестве командира 28-й танковой дивизии 12-го механизированного корпуса в Прибалтике.
С июля 1942 по апрель 1944 года Черняховский командовал 60-й армией в Воронежской-Касторненской операции, Курской битве, Житомирской-Бердичевской, Ровно-Луцкой и Проскуровско-Черновицкой операциях. Затем получил повышение до командующего войсками 3-го Белорусского фронта. Под командованием Черняховского армии этого оперативно-стратегического объединения успешно сражались в Белорусской, Вильнюсской, Каунасской, Мемельской, Гумбиннен- Гольдапской и Восточно-Прусской операциях.
По мнению историка Ивана Грибкова, несмотря на все очевидные заслуги, выделять Черняховского среди группы советских военачальников, выдвинувшихся в ходе боевых действий, не совсем верно.
«Черняховский — выдающийся генерал, как говорится, «рожденный войной». При этом за спиной у него — годы кадровой службы. Многие называют его «любимцем Сталина», но это сомнительный комплимент, ведь после войны многие такие «любимцы» были репрессированы. Ждала ли его выдающаяся карьера после войны — это из области догадок и предположений. Можно уверенно сказать, что Черняховский — молодой, талантливый профессионал, воевавший умело и в целом удачно», — рассказал специалист «Газете.Ru».
Самый молодой командующий фронтом успел дважды удостоиться звания Героя Советского Союза. Первую Золотую Звезду ему вручили за «высокие организаторские способности при форсировании Днепра и проявленный личный героизм», вторую – за освобождение Витебска, Минска и Вильнюса
Артиллерийские батареи 3-го Белорусского фронта первыми начали обстрел территории Германии. Успешного генерала сравнивали с Александром Суворовым, говоря о нем как о полководце новой формации. Так, маршал Александр Василевский на вопрос о том, как росло мастерство командиров РККА в годы войны, ответил: Я мог бы назвать сотни имен. Но если уж самый яркий пример – Черняховский!»
«Уже ничего не могло остановить Красную армию. Рукой было подать до Берлина, до Победы. Что ожидало Черняховского? Новые регалии, слава и, без сомнений, маршальские погоны. Казалось, фортуна влюблена в статного, подтянутого генерала, который даже в окопах выглядел так, как будто только что вышел из ателье. Он говаривал: «Не хочу помереть в постели, уж лучше в жарком бою». Не берегся на передовой. Пулей ему пробивало фуражку, плащ и китель, а он ни разу даже не был ранен. Гибель подстерегла его в тихом предместье, на безопасном, казалось бы, расстоянии от линии фронта.
18 февраля 1945 года командующий объезжал штабы своих армий. ГАЗ-61 уверенно мчался то по бездорожью, то по шоссе. Его сопровождал «виллис» с охраной.
Черняховский направлялся в городок, который пруссаки называли Мельзак, а поляки – Пененжно. Там располагались части генерала Александра Горбатова, у которого что-то не ладилось. И тут заговорила дальнобойная немецкая артиллерия. Рядом с машиной командующего разорвался снаряд, его осколок пробил кабину автомобиля, сиденье – и задел генерала армии. Адъютант быстро перевязал его, но рана была большая», — указывал Евгений Тростин в своей статье «Погибший на взлете», опубликованной в журнале «Историк» (№2 за 2020 год).
Акрам Шарипов в своем фундаментальном произведении «Черняховский» о жизни и деятельности полководца писал: «Проснулся Иван Данилович от оглушительного взрыва и от боли. Снаряд разорвался метрах в 20 от машины. Осколок пробил борт машины, бекешу и попал под левую лопатку Ивана Даниловича. Этот же осколок повредил правую руку водителя, вышиб у него руль и застрял в приборном щитке. Старшина Виноградов, превозмогая боль, остановил вездеход. Стиснув зубы и полузакрыв глаза, Черняховский смотрел в хмурое, чужое, стылое небо. О чем он думал в эти минуты? Скорее всего, о том, что вот теперь, когда он так нужен, войска останутся без командующего».
Командующий 3-й армией генерал Горбатов выехал на место происшествия и в пути встретил машину с командующим 3-м Белорусским фронтом. Как отмечал он впоследствии в своих мемуарах, четверо сопровождавших генерала армии не получили ран, равно как обошлась без повреждений и машина. Черняховского доставили в ближайший медсанбат. Врачи очистили рану, перевязали, сделали переливание крови, уколы. Однако приложенные усилия не помогли. Черняховский скончался в медсанбате на руках врачей.
«Еще не рассеялись дым и пыль после разрыва, как я уже был около остановившейся машины. В ней сидело пять человек: командующий фронтом, его адъютант, шофер и два солдата. Генерал сидел рядом с шофером, он склонился к стеклу и несколько раз повторил: «Ранен смертельно, умираю», — вспоминал Горбатов.
Гибель полководца породила множество слухов. Среди прочих появилась легенда о том, что Черняховский сам сел за руль и чуть не столкнулся с танком, отправив свою машину в кювет. После инцидента Черняховский якобы приказал расстрелять танкиста, друзья которого решили отомстить и пальнули по командующему прямой наводкой. Существовала версия и о мести Черняховскому со стороны польских военных из Армии Крайовы за репрессии своих соратников. Впрочем, как подчеркнул кандидат исторических наук Грибков, обе теории едва ли могли иметь воплощение в реальности.
«Сенсационные версии гибели Черняховского (условно, «танкистская» и «польская»), к сожалению для их авторов, не имеют под собой никаких фактических оснований. Их популяризаторы настаивают на якобы имеющихся противоречиях в показаниях свидетелей, но любой историк, работавший с воспоминаниями, подтвердит, что расхождения в мелких деталях — вещь естественная и очевидная. И как раз подозрения бы вызвала обратная ситуация — если бы все свидетели говорили слово в слово одно и то же. На мой взгляд, основной источник этих «сенсаций» — это выяснившиеся в 1990-е годы реальные обстоятельства гибели Ватутина, которого смертельно ранили украинские националисты. Это дало соблазн провести параллели и «найти правду» о гибели и Черняховского.
«Сталинская» же версия (устранен по приказу Сталина) вообще относится к бредовому жанру теории заговоров.
Традиционная версия с гибелью от снаряда имеет и фактическое, и логическое подтверждение. Есть бекеша генерала со следами ранения, есть показания свидетелей и родственников. А самое главное — нет ни одного документа, который бы опровергал эту версию. Поэтому трагическая случайность — обоснованный факт, и оснований считать иначе нет», — констатировал историк.
В 1950 году в Вильнюсе был установлен памятник Черняховскому работы известного скульптора Николая Томского. В начале 1990-х литовские власти демонтировали монумент. Захоронение также было признано объектом коммунистической пропаганды и перенесено в Москву на Новодевичье кладбище.