Родился 25 мая (7 июня) 1902 года в селе Самчики Константиновского уезда Каменец-Подольской губернии Российской империи (ныне Староконстантиновский район, Хмельницкая область, Украина) в семье рабочего (плотника или столяра) местного сахарного завода. Окончил церковно-приходскую школу. Работал на сельскохозяйственных работах у помещика. В 1916 году, самостоятельно подготовившись, экстерном сдал экзамен за шесть классов в Старо-Константиновской мужской гимназии.
В 1917—1918 годах по болезни находился на иждивении родителей.
После Октябрьской революции работал на заводе слесарем и токарем.
В 1918 году состоял в вооруженной дружине завода.
В 1919—1920 годах по болезни снова находился на иждивении родителей.
В РККА с мая 1920 года.
Участвовал в гражданской войне с 1920 года.
В составе в 8-й дивизии Червоного казачества воевал против войск генерал-лейтенанта А. И. Деникина, на Западном фронте против белопольских войск.
С 1920 года по 1921 год работал в Решневецком и Купельском волостных военкоматах в Каменец-Подольской губернии.
С 1 августа 1921 года работал в органах госбезопасности, был сотрудником Старо-Константиновского политбюро ЧК/уездного отделения ГПУ (зав. столом финансовых документов, делопроизводитель политчасти, секретарь секретно-оперативной части, шифровальщик), с апреля 1923 года - Шепетовского окружного отделения ГПУ (информатор по уезду, уполномоченный по борьбе с бандитизмом). Принимал участие в ликвидации диверсионно-террористических групп, засылаемых польской разведкой на советскую территорию.
С 1922 (1924) года по 1929 (1930) год служил в пограничных войсках, находился на разведывательной работе в погранвойсках: сначала в 20-м Славутском погранотряде, а затем с апреля 1929 года в 24-м Могилёвском погранотряде.
В 1930—1940 годах служил в Особом отделе Украинского военного округа/Особом отделе УГБ НКВД УССР в должности помощника начальника и начальника отделения.
С 1935 года являлся сотрудником советской внешней разведки.
Участвовал в национально-революционной войне в Испании с мая 1937 года в качестве помощника резидента НКВД в Барселоне, с марта по декабрь 1938 года - старшего советника 14-го (партизанского) корпуса республиканской армии на Южном фронте.*
Имел псевдоним «команданте Николас».
8 июля 1937 года присвоено звание старшего лейтенанта государственной безопасности.
После возвращения из Испании в ноябре 1938 года по ложному доносу был понижен в должности.
10 мая 1940 года был уволен в запас, в августе того же года зачислен в резерв НКВД с прикомандированием к 5-му отделу ГУГБ НКВД.
С октября 1940 года по июнь 1941 года находился на оперативной работе в Хельсинки (Финляндия) под прикрытием должности сотрудника хозяйственной группы полпредства СССР в Финляндии.
Участвовал в Великой Отечественной войне с 1941 года.
В конце лета 1941 года был направлен в Особую группу НКВД СССР.
С сентября 1941 года командовал 4-м батальоном 2-го полка ОМСБОН, с ноября 1941 года по январь 1942 года был старшим оперуполномоченным 16-го отделения 2-го отдела НКВД СССР.
С января 1942 года служил в должности начальника отделения 4-го управления НКВД СССР, одновременно руководил опергруппой Особого отдела Юго-Западного фронта.
В 1942 году был назначен командиром разведывательно-диверсионного отряда специального назначения «Охотники» 4-го управления НКВД.
В ночь на 1 августа 1942 года вместе со своим отрядом был заброшен в тыл противника в 800 километрах от линии фронта, в районе города Олевска Житомирской области. Отряд действовал вначале в западных районах Киевской области, а затем в Цуманьских лесах. В мае 1944 года отряд, выросший в бригаду, передислоцировался в Яновские леса Люблинского воеводства Польши, а уже в августе того же года развернул активную боевую деятельность на территории восточной части Словакии. В конце сентября 1944 года соединение захватило Русский перевал в Восточных Карпатах и удерживало его до подхода войск 4-го Украинского фронта.
Всего соединение провело 23 крупных боевых операции, уничтожило 21 эшелон с живой силой и техникой противника, 3 железнодорожных моста, 38 немецких танков, захватило большое количество оружия и боеприпасов.
5 ноября 1944 года присвоено звание подполковника государственной безопасности.
С декабря 1944 года по июль 1946 года в должности заместителя начальника отдела спецзаданий НКВД/МВД СССР участвовал в национально-освободительной войне в Китае. При его участии сформированы разведывательно-диверсионные группы, которые оказали успешное сопротивление поднявшим мятеж в провинции Синьцзян уйгурским сепаратистам, финансируемым и снабжаемым оружием правительством Чан Кай-ши.
После возвращения из Китая, с июля 1946 года по апрель 1948 года возглавлял отдел внутренних дел управления Советской военной администрации в Германии земли Саксония (Дрезден), участвовал в ряде специальных операций.
В 1948 году присвоено звание полковника.
В 1948—1950 годах работал в Главном управлении по борьбе с бандитизмом МВД СССР (в мае—июне 1948 года — заместителем начальника 8-го отдела, в июне 1948 года – августе 1950 года — заместителем начальника 1-го отдела).
11 августа 1950 года в звании полковника вышел в запас по болезни.
Занимался общественной и литературной деятельностью, был автором ряда статей на русском и польском языках о партизанской борьбе и движении Сопротивления.
Проживал в городе Москва (Россия).
Умер 7 (11) июня 1975 года, похоронен в колумбарии Новодевичьего кладбища в Москве.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 5 ноября 1944 года за успешное выполнение боевых заданий командования и организацию партизанского движения на Украине Николаю Архиповичу Прокопюку было присвоено звание Героя Советского Союза (медаль «Золотая Звезда» № 4514).
Награждён двумя орденами Ленина (05.11.1944, 30.04.1946), тремя орденами Красного Знамени (13.11.1937, 12.10.1944, 12.05.1945), орденом Отечественной войны 1-й степени (31.08.1946), медалью «За боевые заслуги» (28.10.1967) и другими, а также восемью иностранными орденами (ПНР и ЧССР).
Примечание:
* В Испании познакомился с переводчицей Александрой Антоновной Вышинской, на которой женился после возвращения на Родину.