Анабаптизм зародился как движение в русле Реформации в Швейцарии, как критика цвинглианства, требовавшая более далеко идущих реформ в Цюрихе. Поддерживая вначале цвинглианскую критику нерешительности реформаторской деятельности Лютера, анабаптисты впоследствии подвергли критике и самого Цвингли. Движение Швейцарских братьев (как сами себя назвали анабаптисты) возглавил сын влиятельного члена городского совета Цюриха, один из руководителей богословской школы, открытой Цвингли в Цолликоне, вблизи Цюриха, Конрад Гребель, основываясь на многих местах Священного Писания, в частности на книге Деяний Апостолов, где (Деян.2;37,38,41), услышав проповедь Апостола Петра, люди «умилились сердцем и сказали Петру и прочим Апостолам: что нам делать, мужи братия? Пётр же сказал им: покайтесь, и да крестится каждый из вас во имя Иисуса Христа вследствие прощения грехов и получите дар Святого Духа... Итак, охотно принявшие слово его крестились». Для того, чтобы креститься, людям надо было услышать слово благовествования, охотно принять его, умилиться сердцем, спросить: «Что нам делать?», покаяться для прощения грехов и в процессе крещения пообещать Богу быть Ему верными, добрыми, не ленивыми и не лукавыми рабами. «Что из этого» - спросили анабаптисты – «может совершить младенец?» и ответили: «Ничего». Покаяние и крещение должны осуществляться людьми в сознательном возрасте, в добровольном порядке, а принятое в католичестве крещение младенцев идёт вразрез с Писанием. Следовательно, людям, крещённым в младенческом возрасте, желающим заключить завет с Богом, необходимо перекреститься. Основными признаками анабаптизма (перекрещенства) стали призыв к крещению по вере в сознательном возрасте, отрицание централизованной церковной организации, отрицание присяги, военной службы, отказ подчиняться правительству в сферах, противоречащих религиозным убеждениям. Гонения на анабаптистов, вызванные их богословием, возросли в результате Крестьянской войны в Германии.
24 февраля 1524 г. в швейцарской общине Шлайтхайм в кантоне Шаффхаузен группа Швейцарских братьев приняла Шлайтхаймское исповедание, ставшее главным вероисповедным документом анабаптистов Швейцарии и Южной Германии. Автором исповедания считается Михаэль Заттлер. В Исповедании отрицается крещение младенцев, утверждается крещение верующих в сознательном возрасте; допускается отлучение членов церкви, решившихся следовать за Христом, но вернувшихся на путь греха, и не раскаившихся после наставления со стороны церкви; устанавливается причащение лишь для принявших крещение в сознательном возрасте и живущих согласно заповедям Христа; устанавливается отделение церкви от государства; устанавливются правила избрания священнослужителей; устанавливается христианский пацифизм; запрещаются всякого рода клятвы и присяги.
Бальтазар Губмайер, видный деятель анабаптизма, критиковал декларируемые в Исповедании принципы отделения церкви от государства и непротивления злу. Швейцарские братья направили текст Шлайтхаймского исповедания для ознакомления Ульриху Цвингли и Жану Кальвину, но Цвингли и Кальвин отвергли Исповедание.
Анабаптисты подвергались жестоким гонениям, во время которых ни католические ни протестантские владыки не проявляли к ним жалости. Анабаптисты восходили на костры и эшафоты десятками с удивляющей современников стойкостью, которую Лютер объяснял сатанинским наваждением.
Ян Матис, булочник из голландского города Харлема, примкнув к анабаптистам, в середине февраля 1534 г. направился в вестфальский Мюнстер, где вместе с портным из г. Лейдена Иоанном Лейденским и др. подготовил насильственный захват власти в Мюнстере. Возникла Мюнстерская комунна, как попытка воплощения идеи «мессианского коммунизма». Были осуществлены конфискация церковно-монастырского имущества, сожжение долговых и налоговых документов, усиление обороны города, отмена долгов и денежного обращения, изъятие у населения денег и драгоценностей.