В результате преступлений средневекового папства в обществе возник протест, что нашло отражение в Англии в учении Джона Уиклифа, в Чехии у Яна Гуса.
Эразм Роттердамский (1459-1536), распространявший идеи Возрождения в Европе, подготовивший и снабдивший комментариями первое издание греческого оригинала «Нового завета», положивший начало критическому исследованию Священного Писания, подверг уничтожающей критике схоластический метод, сводивший богословие к изучению трактатов излюбленных средневековых авторитетов, о которых он в своей сатире «Похвала глупости» писал: «Они до такой степени поглощены своим усладительным вздором, что, проводя за ним дни и ночи, не находят ни минуты времени для того, чтобы хоть раз перелистать Евангелие или Послания Апостола Павла. Но занимаясь сим учёным вздором, они вполне уверены, что на их силлогизмах так же держится Вселенская Церковь, как небо на плечах Атласа, и что без них Церковь не продержалась бы и минуты». Признанный «князь гуманистов», Эразм Роттердамский немало способствовал возвращению в обиход европейских дворов античного литературного наследия. Последние годы своей жизни он провёл в Базеле, где умер в ночь на 12 июля 1536 года.
Мартин Лютер (1483-1546), богослов, создатель перевода Библии на немецкий язык и норм общенемецкого национального языка, реформатор образования и музыки, положил начало немецкой Реформации. В своих «95 тезисах» он утверждал, что папство не является посредником между Богом и людьми, что человек оправдывается не через церковь и её обряды, а через веру по благодати Бога. Основополагающим принципом спасения Лютер считал только веру, только благодать и только Писание. Лютер опровергал авторитет Священного предания, постановлений церкви и папских декретов, оставляя единственным мерилом истины Священное Писание. Труды и высказывания христианских деятелей прошлого ценны, но они всегда должны приниматься критически и поверяться Писанием.
В 1521 г. по Вромсскому эдикту Лютер осуждался как еретик. В то время происходило бюргерское движение, сопровождавшееся народными выступлениями, также восстание имперского рыцарства и Крестьянская война, под предводительством Томаса Мюнцера. По окончании Крестьянской войны по требованию германских князей действие Вормсского эдикта было приостановлено, но через три года восстановлено вновь, что привело к протесту шести германских князей и нескольких имперских городов. Это было зафиксировано в специальном документе – Шпейерской протестации. По названию этого документа сторонники Реформации стали именоваться протестантами.
В 1529 г. в Марбурге состоялся диспут между Мартином Лютером и Ульрихом Цвингли, в ходе которого у них выявились разногласия относительно причастия. Причастие – обряд, совершаемый в память об искупительной жертве Иисуса Христа. Превращение хлеба в вина в плоть и кровь следует понимать не мистически, словно бы хлеб и вино в процессе причащения превращаются в плоть и кровь Христа, а диалектически, когда хлеб и вино, потреблённые организмом, действительно превращаются в человеческие тело и кровь. Тайная вечеря действительно присоединила учеников ко Христу и евхаристия действительно соединяет христиан в одно тело. Причастие – таинство. 1Кор.11;29-32: «Кто ест и пьет недостойно, тот ест и пьет осуждение себе, не рассуждая о Теле Господнем. От того многие из вас немощны и больны и немало умирает. Ибо если бы мы судили сами себя, то не были бы судимы. Будучи же судимы, наказываемся от Господа, чтобы не быть осужденными с миром».
В период Реформации возникло радикальное движение анабаптистов (перекрещенцев), признающих истинным крещением крещение, как сознательный акт в зрелом возрасте, в связи с чем призывающих всех, бывших крещёнными во младенчестве, к перекрещению. Позиция анабаптистов имеет основание в Священном Писании, в частности во второй главе книги Деяний Апостолов. Из среды анабаптистов в 1530-е годы в Нидерландах выделились менониты, отличительная черта которых – пацифизм. В 1528-29 гг. на территории Чехии возникло анабаптистское течение гуттеритов, которых отличает общность имущества. В 1693 г. в Европе из среды менонитов выделились амиши, отличающиеся простотой жизни. Во Франции и Нидерландах Реформация проходила под знаменем идей Жана Кальвина, одной из которых была идея предопределённости. Она противоречит библейскому утверждению, что Бог «хочет, чтобы все люди спаслись и достигли познания истины» (1Тим.2;4). Бог оставляет за нами свободу ответить на Его призыв или воспротивиться ему. Человек ответственен за своё спасение, хотя Бог на стороне спасения, а не на стороне осуждения. Однако есть непостижимое нами Божественное предзнание (Рим.8;29,30).
Реформация провозгласила возврат к ценностям первохристианской Церкви. Была выработана теология, основными принципами которой стали пять «только»: Sola skriptura (только Писанние), sola fide (только верой), sola gratia (только благодатью), solus Christus (только Христос), soli Deo gloria (только Богу слава). Библия – единственное, Самим Богом вдохновлённое, подлинное слово Бога.
Оправдание даётся только верой, независимо от наших добрых дел и поступков, и спасение – по благодати, как незаслуженная милость и дар от Бога ради жертвы Иисуса Христа, а не как нечто заслуженное. Христос единственный посредник между Богом и людьми. Надлежит почитать только Бога и поклоняться и служить только Ему. Бог даёт не только дар искупления жертвой Христа на Голгофе, но и дар веры в это искупление. Веру и благодать даёт нам Бог (Еф.1;8). Каждый человек имеет право толковать и излагать Священное Писание.
Страх Божий, сознание своей полной зависимости от Бога, своего совершенного бессилия без Него, своей совершенной силы в Нём, великие немощь, сокрушение, страх и трепет, вникание в себя и в учение, исповедание, покаяние, пребывание в учении, в общении святых, в хлебопреломлении, молитве, славословии, песнопении, хвале, благодарении, в богопознании, в исполнении Христом, в пребывании в Нём, в благотворении и общительности должны лечь в основу чистоты христианской жизни.
Призывание имени Бога, поклонение, славословие и хвала Богу, благодарение Ему, достижение Его в Его Святом Духе, исполнение Им, искание Его слова, водительства, покаяние содержатся в молитве «Отче наш». Надменные, тщеславные, гордые люди недооценивают духовной мощи молитвы «Отче наш», не бодрствуют в молитве (1Пет.4;7), пребывают в плотской немощи, впадают в искушения (Мтф.26;41). Пренебрежение близкими отношениями с Богом неизбежно приводит к превозношению, к обольщению гордостью, к войне амбиций, к разделениям, к отходу от чистоты жизни, к ересям.