«Лета 7104 (1595 году)… государь, царь и великий князь Фёдор Иванович всея Русии указал поставить на поле новых три городы: на Донце на Северском на Белогородье город, да на Осколе усть Оскольца другой город, да на Семи на старом на Курском городище третий город… И по государеву царёву и великого князя Фёдора Ивановича всея Русии указу те воеводы и головы поставили на поле три городы: на Донце на Северском Белгород, да на Осколе Оскольский городок, да на Семи город Куреск тое же осени». (Разрядная книга. 1475 – 1598 гг., М., «Наука», 1966, стр. 500-501. (Академия наук СССР, институт истории.)
Во исполнение царского Указа осенью 1595 года на Белой меловой горе была построена первая Белгородская крепость. Из «Книги Большого Чертежу» узнаём: «А Белгород стоял на Донце, на Белой горе, на правой стороне Донца, и после литовского разорения был перенесен на левую сторону Донца, с нижней стороны Белого Колодезя, от берега Донца, от старого городища 380 саженей, стоит на низком месте, а Белый Колодезь течёт до Разуменского леса, пал в Донец выше города».
Одновременно с Белгородом строится крепость Оскол (ныне город Старый Оскол – авт.) на правом обрывистом берегу Оскола при впадении в него Оскольца. С трёх сторон крепость окружал глубокий обрыв, вдоль северной стороны шла полоса надолб. Крепостная стена, или острог, из вертикально поставленных брёвен с заострёнными вверху концами, составляла 920 сажен. По тем временам это было серьёзное оборонительное сооружение с довольно большим гарнизоном: в 1601 году он насчитывал 1075 «ратных людей».
Вторая Белгородская крепость стояла «на низком месте», поэтому каждый год подтоплялась вешними водами, деревянные укрепления гнили. Поэтому крепость переносят снова на правую, гористую сторону Донца, строительство Третьей и последней крепости было закончено в 1651 году. Но были и военные причины, связанные со строительством оборонительной черты от «дикого поля».
Когда строящийся по черте земляной вал дошел до Белгорода, то воеводы увидели, что город «стоит не у места». Он оказался отделённым от татарской стороны и валом и рекой, что ослабляло защиту черты в этом месте, и было решено перенести город на черту – на правый берег Северского Донца. Одни предлагали поставить город вновь на Белой горе, другие – в устье реки Везеницы. Выбор пал на устье Везеницы, и с 1650 года и поныне Белгород стоит на этом месте. В основном, город был построен и укреплён к началу зимы этого же года.
Третий по счёту Белгород начинался там, где сейчас проходит улица Пушкина, и, примыкая к валу, тянулся на восток вдоль реки Везеницы до Северского Донца. Он делился на две части: «деревянную» и «земляную».
Первую часть именовали ещё Белгородом-меньшим. По описанию за 1676-1678 годы, «деревянный город» стоял с западной стороны и представлял собой прямоугольной формы крепость, опоясанную земляным рвом и пятиметровой дубовой стеной длиной 558 сажен. Над стенами возвышались 11 башен с шатровыми крышами, увенчанными остроконечными шпилями. Три из них были проезжие: Московская, выходившая на север, Везеницкая – на юг, к реке Везенице, и Никольская – на восток, в «земляной город».
В крепости расположились соборная церковь и 76 дворов: воеводский, митрополита, духовенства, офицерские, «жилецких людей» и тюремный.
По описанию профессора Д. Багалея, третья Белгородская крепость, на правом берегу Северского Донца при впадении в него Везеницы (Везёлки), состояла из двух острогов: деревянного (Белгород Меньшой) и земляного (Белгород Большой).
Белгород Меньшой в окружности был 649 саженей, состоял из стоячего острога с бруствером и десятью башнями, с Соборной церковью, двором митрополита, казённым погребом, дворами воеводы, духовенства и военных и жилецких людей, был окружён рвом. Из крепости шёл подземный ход (тайник) к Везенице.
Белгород Большой в окружности был 1588 саженей. В нём имелось два монастыря, десять церквей, служебных и жилых помещений – всего 629 дворов. Военных и жилецких людей профессор насчитал 2008 человек.
Стена с Никольской башней, отделявшей «деревянный город» от «земляного», шла по западной оконечности современной Соборной площади. От неё начинался и доходил до самого Донца «земляной город», получивший своё название от земляного вала, которым он был защищён с севера. Вал дополняли пять деревянных башен. «Земляной город» имел трое проезжих ворот, одни из которых выходили на Большой Белгородский мост через Донец, он намного превосходил по размерам «деревянный». Длина трёх его сторон, северной, восточной и южной, составляла 1887 саженей. За земляным валом размещались 353 двора с постройки: приказная изба, судная изба, караульная изба, торговые ряды с лавками, Никольский мужской и женский монастыри, 9 церквей, воеводский, таможенный и кружечный, офицерские и рядовых служилых людей, духовенства, ямщиков, посадских людей дворы.
В 70-х годах XVII века стены и башни Белгородской крепости имели 130 пушечных и 2265 ружейных бойниц. Она располагала 268 пушками разного калибра, множеством мушкетов, карабинов, пистолей, имела запас пороха 275 пудов и свинца 2715 пудов, гарнизон насчитывал 1815 человек. В городе проживало также 268 крестьян и посадских людей, остальные жили за её стенами в слободах Стрелецкой, Станичной и других. Белгородская крепость высылала разъездные отряды (сторожей и станицы) в степь на разведку, чтобы «неприятель не пришёл и дурна никакого не учинил». Гарнизон крепости, во взаимодействии с отрядами казаков и «ратными людьми» других крепостей, участвует в отражении набегов крымских и ногайских татар и польско-литовских нападений весь XVII век, защищая южную границу России.
В середине XVII века Белгород становится центральным военным и административным городом Белгородской черты и Белгородского разряда (губернии). В 1669 году над воротами Никольской башни были установлены большие часы с боем – этой чести удостаивались тогда немногие города, которые играли важную роль в жизни государства. Белгород остаётся губернским городом до 1779 года, когда Белгородская губерния упраздняется. Позже эти часы были перенесены на колокольню мужского монастыря и служили городу до 1927 года!
В 1785 году Россия разгромила Крымское ханство и завоевала Крым, и в этом же году Белгород исключается из числа городов-крепостей России, с его стен убирают пушки.