Переношу свой комментарий в отдельный пост, поскольку Google не имеет вразумительного ответа на зарождение идиомы "молчать в тряпочку", а я в свою очередь не настолько начитан, чтобы вспомнить её упоминание в литературе. Более того, имей я сильное влияние на филологический процесс, я бы несомненно увековечил свою версию "молчания в тряпочку" в прекрасный живущий миф.
Итак, если верить Вл. Далю, был такой аксессуар - чернильная тряпочка, которой, полагаю, вытирали потёкшее перо. Представив это действие, мы легко можем предположить, что "молчать в тряпочку" означало задуматься, уткнувшись пером в чернильную тряпочку.