Происхождение: Родился 02(14).10.1895 г. Уроженец Лифляндской губернии (усадьба Звирбул Вольмарского уезда/г. Вольмар). Латыш.
Образование: Вольмарская учительская семинария, Владимирское военное училище (05.1917 г., ускоренный курс), Военная академия РККА (1921 г. ).
Учитель. С 01.1913 г. член СДЛ(РСДРП). На действительной службе с 06.07.1916 г.: 2-й пехотный запасный батальон, 246-я Самарская дружина государственного ополчения, 537-й пехотный Лихвинский полк 135-й пехотной дивизии; Северный фронт.. Окончил учебную команду при 537-м пехотном Лихвинском полку 135-й пехотной дивизии. Юнкер, Владимирское военное училище. Выпущен из юнкеров прапорщиком с зачислением по армейской пехоте (01.05.1917 г.; ст. 29.03.1917 г.); Латышский стрелковый запасный полк (г. Юрьев); Северный фронт. 19.05.1917 г. зачислен в строй полка, младший офицер 1-й роты. Врид адьютанта полка (с 20.06.1917 г.). Прапорщик. И.д. младшего офицера 2-й роты (на 12.12.1917 г.). Уволен в бесрочный отпуск. В начале 1918 г. Вольмарским уездным исполкомом был утвержден в должности начальника городской милиции г. Вольмар. После оккупации немецкими войсками территории Латвии командовал отрядом Красной гвардии в Москве.
В Красной армии добровольно с 01.04.1918 г. Начальник маршевого отряда при Московском городском военном комиссариате (1918 г.; 1 мес.). Заведующий инструкторским отделом (1918 г.; 6 мес.) и член коллегии мобилизационного отдела (1918 г.; 4 мес.) Московского городского военного комиссариата . Зачислен слушателем Академии генерального штаба РККА (1-й набор). Участник Гражданской войны (в процессе обучения); Западный, Юго-Западпый и Южный фронты. Младший помощник начальника штаба Двинского укрепленного района (1919 г.; 2 мес.) Помощник начальника штаба 3-й бригады 4-й стрелковой дивизии (1919 г.; 2 мес.). Начальник разведывательного отдела штаба 2-й Конной армии (с 07.1920 г.; 2 мес.). Начальник штаба Отдельной кавалерийской бригады особого назначения при РВС 2-й Конной армии (с 08.1920 г.; 1 мес.).
Начальник мобилизационного управления, с 01.09.1922 г. - отдела штаба Петроградского военного округа (с 11.12.1921/03.1922 г.). Член рабочей комиссии Мобилизационного комитета (с 07.1923 г.) и начальник мобилизационной части мобилизационного отдела (с 01.1924 г.) Штаба РККА/1-й части мобилизационного отдела Управления 2-го помощника начальника Штаба РККА. Помощник начальника, начальник 1-го отдела Мобилизационного управления Штаба РККА (с 04.1924 г.). Начальник 2-го отдела Организационно-мобилизационного управления Штаба РККА (с 11.1924 г.). Начальник штаба 2-го стрелкового корпуса (г. Москва); Московский военный округ (с 03.1925 г.). Начальник Управления по войсковой мобилизации и укомплектованию Главного управления РККА (с 03.1926 г.) и ст. руководитель Военной академии РККА им. М.В. Фрунзе (с 08.1928 г.). Командир 11-го Туркестанского стрелкового полка (г. Ленинград) 4-й Туркестанской стрелковой дивизии; Ленинградский военный округ (с 03.1930 г.). Начальник 9-го управления Штаба РККА (с 30.04.1931 г.). Командир 5-й Витебской Краснознаменной стрелковой дивизии им Чехословацкого пролетариата (г. Полоцк); Белорусский военный округ (с 01.02.1933 г.). Помощник начальника кафедры организации и мобилизации Военной академии Генерального штаба РККА (с 12.09.1936 г.). Начальник кафедры подготовки страны к обороне Военной академии Генерального штаба РККА (с 1937 г.). Комдив (26.11.1935 г.). Профессор. Награжден орденами Красного Знамени (1928 г.) и Красной Звезды (1936 г.). По политическому недоверию уволен в запас (08.1038 г.). Арестован 17.09.1938 г. Военной коллегией Верховного суда СССР 28.04.1939 г. по обвинению в шпионаже и участии в военном заговоре приговорен к пятнадцати годам лишения свободы в исправительно-трудовом лагере. Наказание отбывал в Красноярском ИТЛ. Пленум Верховного суда СССР 04.04.1940 г. приговор в отношении Я. Я. Алксниса отменил и направил дело на дополнительное расследование. Военной коллегией 26.11.1940 г. по прежним обвинениям приговорен к пятнадцати годам лишения свободы в исправительно-трудовом лагере. Наказание по новому приговору отбывал в Устьвымлаге. Умер в лагере. 06.01.1944 года своим постановлением пленум вновь отменил приговор и направил дело на новое расследование со стадии предварительного следствия. 21 марта 1944 года дело в отношении Алксниса было прекращено за смертью обвиняемого. Постановлением следственного отдела 3-го Главного управления КГБ при Совете Министров СССР от 24.08.1956 г. реабилитирован.
Соч.: «Милиционное строительство» (1925 г.), «О характере будущей мобилизации буржуазных армий» (1927 г.), «Начальный период войны» (1929 г.), «Основы мобилизации РККА». (1937 г.).
Примечание: сведения о службе в 3-м Латышском Курземском стрелковом полку, по-видимому, относятся к Алкснису Эрнсту Яковлевичу.