С точки зрения теории управления предприятием, организационная структура ОАО «РЖД» представляет из себя сложный многомерный симбиоз организационных структур линейного, функционального, дивизионного и проектно-матричного типа.
В упрощенном виде этот симбиоз можно представить как многоуровневую совокупность функциональных дивизионов, объединенных в территориальные дивизионы по принципу проектно-матричной структуры.
Каждый функциональный дивизион представляет собой традиционную линейную организационную структуру, руководитель которой подчиняется Президенту ОАО «РЖД», а также одному или нескольким Вице-президентам ОАО «РЖД».
Наличие множества вице-президентов, каждый из которых курирует одно или несколько направлений деятельности ОАО «РЖД», добавляет в непростую для осознания организационную структуру ОАО «РЖД» дополнительный проектно-матричный элемент.