После того, как в 1654 году Малороссия была присоединена к России, управлять ею стали свои же малороссы: они собирали подати для царской казны, 60000 реестровых казаков получали жалование от московского царя, гетман избирался большинством голосов казацкого населения. Государь Алексей Михайлович дал право малороссам сносится с иностранными государствами и принимать послов.
Поляки долго ещё не могли смириться с потерей части своих земель, которую они называли раем Польши. Конфликт теперь уже Польши и России мог разрешиться только войной.
Алексей Михайлович, решив начать её, объявил, что идёт сражаться за святые Божьи храмы и православных христиан. Христиане западного края охотно принимали царские войска: некоторые города защищались только для виду, некоторые сдавались без боя. Так были захвачены Смоленск и обширная территория Польши с городами Вильно, Ковно и Гродно. Польше было трудно противостоять русским, потому что со своей стороны шёл на неё со своим войском и Богдан Хмельницкий. Кроме того в это тяжёлое время Польша подверглась и нападению Швеции. Карл Х прошёл её всю с севера на юг, захватив Варшаву и Краков.
Речь Посполитую однако поддержал император Германии (тогда Пруссии) Фридрих Вильгельм. Пруссия сохраняла с Польшей ранее сложившиеся выгодные и добрососедские отношения и была заинтересована в ослаблении Швеции. В Москву были посланы послы с ходатайством о мире. Алексей Михайлович питал надежду быть избранным на польский престол после смерти бездетного Яна Казимира, и мир с Польшей был заключён. Алексей Михайлович удержал за собой Малую и Белую России и устремил войска на Швецию, надеясь утвердиться на берегах Балтийского моря. Русскими были взяты Шведcкие города, крупнейшими из которых были Динабург и Дерпт; но удержать их не удалось, и они вернулись к шведам.
В это время скончался Богдан Хмельницкий, в Малороссии поднялась смута. На Украине старшины и более образованный народ стремился в аристократическую Польшу, простонародье оставалось верным Москве. Место Б. Хмельницкого занял гетман Выговский. Вместе со своими последователями он вернулся к польскому королю, который, собрав силы, снова начал военные действия против России.
Алексей Михайлович вынужден был отказаться от завоёванных им городов и, сдав их Швеции, заключил с нею мир. Все силы он бросил на борьбу с Польшей; но поход его был неудачен: завоёванные им города Вильно, Могилёв, Гродно были сданы.
Польша и Россия были истощены затянувшейся войной. В 1667г. русский дипломат Ордын-Нащёкин заключил мир, по которому Малороссия была разделена по Днепру: восточная её часть осталась за Россией, западная за Польшей. Россия удержала за собой Смоленск. Киев по этому договору перешёл к ней на два года, но уже навсегда остался под русским царём.
Андрусовское перемирие не остановило волнения на Украине, стремление Малороссии к независимости не прекращалось. Лидером этого движения стал реестровый казак, провозгласивший себя гетманом Запорожского войска правобережной Украины Пётр Дорошенко. Он пользовался покровительством турецкого султана и вовлёк Россию в войну с Турцией. Неоднократно турки вместе с крымскими татарами приходили в Малороссию и жестоко опустошали её, пока наконец в Бахчисарае не был заключён мир в 1681г. (В истории эта период русско-турецкой войны назван Чигиринскими походами).
Восточная Украина и Запорожье остались в России; но это произошло уже после смерти Алексея Михайловича. На польский престол в 1674г. взошёл Ян Сабесский, при нём Польша возвысилась в глазах Европы, разбив турок в сражении у Вены.