На территории утришского заповедника сохранился участок типичного восточно-средиземноморского ландшафта, который является единственным в Северном Причерноморье.
На территории растут только ксерофиты – растения, способные переносить период долгого отсутствия воды. Поэтому флора и фауна заповедника имеет сходство с растениями и животными Средиземноморья. Однако встречаются и разреженные широколиственные леса, покрывающие осыпи.
Множество растений, деревьев и кустарников произрастают только здесь и образуют уникальные можжевелово-фисташковые леса – главную ценность заповедника. Редкие и исчезающие виды занесены в Красные книги различного уровня. В лесах Утриша найдены деревья в возрасте до тысячи лет.
Среди разнообразной флоры наиболее распространены древовидные можжевельники, фисташка туполистная, пицундская сосна, тис ягодный, лук ложножёлтый, бук восточный, морозник кавказский, мушмула германская, скумпия кожевенная, сумах дубильный, клекачка колхидская, ковыль перистый, клен светлый, плющ обыкновенный, калина гордовина. Многочисленные лианы – плющ, ломонос, жимолость обвивают деревья, присасываясь к ним корнями.
В редколесьях растут можжевельник, фисташка, дуб пушистый, граб, ясень. Широколиственные леса состоят из липы, дуба скального, ясеня, бука. Хвойные включают в основном пицундскую и крымскую сосны.
Богатство заповедника – реликтовые леса можжевельника. Здесь произрастают три вида – красный, высокий и дурно пахнущий. Насыщенный аромат можжевельника, его целебные свойства создают неповторимую атмосферу.
Ценность можжевельника в том, что за сутки один гектар можжевельника выделяет почти 30 килограммов фитонцидов, уничтожающих любые микробы. Этого достаточно, чтобы очистить атмосферу крупного города от болезнетворных организмов.
Особое место в растительном покрове побережья занимают шибляки – низкорослые леса и кустарниковые заросли, состоящие из листопадных засухоустойчивых видов.
Основную часть шибляка составляет кустарниковая форма дуба пушистого, который образует небольшие чистые дубравы и рощи с другими породами. Дуб растёт медленно, свето- и теплолюбив, обитает на сухих каменистых склонах и почвах, содержащих известь.
На прибрежных некрутых обрывах небольшими группами растёт фисташник. Фисташка прекрасно приспособлена к произрастанию на юге в условиях крайней сухости воздуха, высоких температур и недостатка влаги в почве. Масса корневой системы этого растения намного больше надземной части, благодаря чему фисташка ухитряется «выпить» из земли 15–20 тонн воды за год.
В более увлажненных местах примешивается граб восточный или грабинник, местами образуя чистые насаждения. На опушках широколиственных лесов образует труднопроходимые заросли – хмеречь.
В сухих местах разрастается держидерево – кустарник с маленькими овальными глянцевыми листочками и невзрачными, многочисленными желтыми цветками. Данный вид теплолюбив, выбирает открытое пространство, сухие и солнечные склоны. Чистые заросли держидерева образуются на вырубках дубняков.
Держидерево неприхотливо к кислотности почвы, предпочитает горные ущелья и каменистые земли. Густые ветви образуют своеобразную природную ловушку – непроходимые заросли, из которых нелегко высвободиться. Тонкие растопыренные ветви оснащены крепкими колючки. Расположенные попарно: одна прямая и тонкая, другая изогнутая, они представляют собой цепкий крючок.
По мере удаления от моря меняется видовой состав и внешний вид древесной растительности: кустарниковая форма уступает место древесной. Граб восточный (грабинник), фисташник, дуб – на побережье представляют собой кусты с 8-12 стволами и высотой 1-1,5 метра. Вдали от побережья это уже деревья со стволами высотой 10-15 метров.
На территории заповедника выделяют следующие типы насаждений:
- можжевелово-пушистодубовые;
можжевеловые, можжевелово-фисташковые;
- можжевелово-фисташково-пушистодубовые редколесья;
- сосново-можжевеловые.
Можжевелово-пушистодубовые насаждения характеризуются двухъярусной структурой древесного полога. Второй ярус (можно отнести к подлеску) образован грабом восточным. Высота древесного яруса 7-8 метров. Занимают достаточно значительные площади.
Наиболее распространены по всей прибрежной зоне можжевеловые, можжевелово-фисташковые насаждения. Часто в древесном пологе присутствует дуб пушистый.
Во втором ярусе граб восточный, ясень остроплодный. В составе древесного полога доминируют можжевельник высокий и можжевельник вонючий.
Занимают более пологие участки, пологие участки на водоразделах, пологие террасы вдоль берега моря.
Можжевелово-фисташково-пушистодубовые редколесья занимают значительные площади на крутых прибрежных склонах. В составе преобладают можжевельник высокий, можжевельник вонючий, фисташка туполистная. В кустарниковом ярусе скумпия кожевенная, жимолость этрусская, пальюрус. Высота древесного полога 5-6 метров.
Сосново-можжевеловые насаждения занимают небольшие прибрежные участки в прибрежном кластере. Лесообразующей породой является сосна пицундская при участии можжевельников и фисташки туполистной.
В подлеске граб восточный, в кустарниковом ярусе скумпия кожевенная, жимолость этрусская, пальюрус, жасмин кустарниковый.
В составе можжевеловых и пушистодубово-можжевеловых лесов и редколесий, преобладают насаждения со средним возрастом превышающим 120-160 лет.