Среди млекопитающих особый интерес представляют рукокрылые, или летучие мыши. Девять видов мышей, обитающих на Утрише, относятся к редким и исчезающим. Два вида – малый подковонос и остроухая ночница, занесены в Красную книгу Российской Федерации.
В прибрежных скалах окрестностей поселка Малый Утриш обитает кожановидный нетопырь. Маленькие зверьки длиной 4-5 см, покрыты золотистой или желто-коричневой волнистой шерстью. Живут колониями, в которой насчитывается до 70 особей.
Днем летучие мыши и нетопыри прячутся в расщелинах скал, в сумерках выходят наружу и всю ночь летают в ущельях в поисках насекомых.
Расположенные на береговых обрывах гроты, служат для осеннего роения большинства видов рукокрылых, включая мигрантов: рыжей и малой вечерниц, двухцветного кожана и лесного нетопыря.
Во время роения в гротах была найдена единственная на Утрише европейская широкоушка: этот темный маленький зверек малочислен. Европейские широкоушки живут поодиночке или парами, не образуют больших колоний. В сумерках над виноградниками, садами и поселками можно наблюдать охоту широкоушки за насекомыми.