После захвата Бородина Наполеон бросил основные силы на Багратионовы флеши, небольшие земляные укрепления на левом фланге русской армии. Флеши накануне сражения были заняты 2-й сводно-гренадерской дивизией под командованием генерала М.С. Воронцова. В первой атаке французские дивизии дивизионных генералов Дессе и Компана, преодолев сопротивление егерей, пробились через Утицкий лес, но, едва начав строиться на опушке напротив самой южной флеши, попали под картечный огонь и были опрокинуты фланговой атакой егерей.
Более четырёх часов продолжался бой за флеши. О накале боя говорят потери обеих армий, и то, что в нём были ранены оба дивизионных генерала Дессе и Компан, при падении с убитого коня контужен командир корпуса маршал Даву, ранены практически все бригадные командиры с французской стороны. С русской стороны в штыковом бою были тяжело ранены и унесены с поля боя командиры дивизий, генералы Д.П. Неверовский и М.С. Воронцов. Маршал Мюрат, посланный со своим корпусом на подкрепление, чуть не попал в плен к русским кирасирам, контратаковавшим французов. Однако, около 10 часов утра русские войска были вынуждены оставить флеши. Но контратака подоспевшей 3-й пехотной дивизии Коновницына исправила положение. В схватке погиб генерал-майор А.А. Тучков 4-й, возглавивший атаку Ревельского и Муромского полков. Именно ему было посвящено стихотворение Марины Цветаевой «Генералам двенадцатого года», ставшее песней, исполнявшейся в фильме «О бедном гусаре замолвите слово»:
Ах, на гравюре полустёртой,
В один великолепный миг,
Я встретила, Тучков-четвёртый,
Ваш нежный лик.
И вашу хрупкую фигуру,
И золотые ордена...
И я, поцеловав гравюру,
Не знала сна...
Александр Алексеевич (1778-1812) был младшим из пяти братьев Тучковых. Все они дослужились до генеральских чинов, четверо участвовали в Бородинском сражении. Вдова генерала Мария Тучкова сразу после освобождения Москвы и отступления французских войск приехала на поле Бородина, чтобы отыскать тело мужа. По преданию, ей удалось отыскать его по перстню на руке, но скорее всего место гибели мужа было ей указано П.П. Коновницыным. На этом месте М.М. Тучкова поставила первый бородинский памятник павшим в сражении — церковь Спаса Нерукотворного, освящённую в 1820 году. Позднее ею был основан Спасо-Бородинский женский монастырь для вдов погибших в Отечественной войны, а сама она стала его игуменией.
В 11-м часу утра Наполеон сконцентрировал против флешей около 45 тысяч пехоты и кавалерии, и почти 400 орудий. Багратион, видя, что артиллерия флешей не может остановить движение французских колонн, возглавил всеобщую контратаку левого крыла, общая численность войск которого составляла приблизительно лишь 20 тысяч человек. Натиск первых рядов русских был остановлен и завязался жестокий рукопашный бой, продолжавшийся более часа.
Перевес склонялся на сторону русских войск, но во время перехода в контратаку в Багратиона попал осколок ядра и раздробил берцовую кость. «Он еще силился скрыть несколько мгновений свою рану от войск, чтобы не смутить их. Но кровь лилась из раны, и он стал молча медленно валиться с лошади. Его успели подхватить, положили на землю, затем унесли. То, чего он опасался, во избежание чего пересиливал несколько секунд страшную боль, случилось: «В мгновение пронесся слух о его смерти, и войско невозможно удержать от замешательства... одно общее чувство — отчаяние! — говорит участник битвы Ермолов».
Раненого генерала Багратиона увидел Ф.Н. Глинка. «Белье и платье на нем были в крови, мундир расстегнут, с одной ноги снят сапог, голова забрызгана кровью, большая кровавая рана выше колена. «Лицо, осмуглённое порохом, бледно, но спокойно». Его сзади кто-то держал, обхватив обеими руками. Глинка узнал его. Это и был «второй главнокомандующий», смертельно раненый Багратион. Окружающие видели, как он, будто забыв страшную боль, молча вглядывался в даль и как будто вслушивался в грохот битвы. «Ему хочется разгадать судьбу сражения, а судьба сражения становится сомнительной. По линии разнеслась страшная весть о смерти второго главнокомандующего, и руки у солдат опустились». Багратиона унесли, и это был критический, самый роковой момент битвы. Дело было не только в том, что солдаты любили его, как никого из командовавших ими в эту войну генералов. Они, кроме того, ещё и верили в его непобедимость. «Душа как будто отлетела от всего левого фланга после гибели этого человека», — говорят нам свидетели.
Ярое бешенство, жажда мести овладели теми солдатами, которые были непосредственно в окружении Багратиона. Когда Багратиона уже уносили, кирасир Адрианов, прислуживавший ему во время битвы (подававший зрительную трубу и пр.), подбежал к носилкам и сказал: «Ваше сиятельство, вас везут лечить, во мне уже нет вам надобности!» Затем, передают очевидцы, «Адрианов в виду тысяч пустился, как стрела, мгновенно врезался в ряды неприятелей и, поразив многих, пал мертвым».
Раненый Багратион был увезён с поля боя в Москву, а затем к своему родственнику князю Б.А. Голицыну в село Симы Владимирской губернии. Там, узнав об оставлении Москвы, Багратион сорвал свои повязки и умер.
Служивший под командой Багратиона и много лет бывший его адъютантом, Д.В. Давыдов обращается с прошением к императору о перезахоронении праха полководца на Бородинском поле. Разрешение было дано и Д.В. Давыдов назначен был командовать церемонией, но умер, не дождавшись этого события.
Ныне могила генерала-от-инфантерии князя П.И. Багратиона находится на вершине Курганной высоты у подножия главного монумента на Бородинском поле. Ежегодно в день именин полководца 12 июля (день Святых апостолов Петра и Павла) к могиле возлагаются цветы, а в день его памяти 25 сентября - служится панихида, отдаются воинские почести и проходят Багратионовские чтения.