Один из известнейших пуританских теологов, получивший всеобщее признание как выдающийся пастырь и автор более 200 трудов. В молодости упорно занимался самообразованием, в 1638 г. был рукоположен в священники Англиканской церкви. Служение Бакстера в Киддерминстере (1641-60) совпало с драматическими переменами в жизни англиканской общины. Бакстер поддержал парламент в борьбе против короля, прослужив недолгое время войсковым капелланом. Он примкнул к партии нонконформистов; в 1662 г., в числе других 2 тыс. священнослужителей, был изгнан из Англиканской церкви. На протяжении своего церковного служения он призывал епископалов, пресвитериан и индепендентов к сотрудничеству и терпимости. Получив запрет на пасторскую деятельность в 1662 г., Бакстер продолжал служить людям своими книгами и проповедями.
Три произведения Бакстера переиздаются особенно часто. В книге «Вечный покой святого» (The Saint's Everlasting Rest, 1650) Бакстер описывает «блаженство святых, радующихся Богу во славе Его». Хотя эта книга в тысячу страниц обычно печатается с сокращениями, она считается одним из шедевров христианской литературы. В «Реформированном пастыре» (The Reformed Pastor, 1656) Бакстер говорит о том, что пастырям необходимо обратить самое серьезное внимание на самих себя, прежде чем опекать паству. Книга содержит практическое руководство по разрешению вечных проблем, возникающих у пастырей в деле наставления верующих и руководства Церковью. «Призыв к необращенным» (A Call to the Unconverted, 1657) свидетельствует об истинно евангельском духе; автор горячо и убедительно призывает необращенных прийти к Богу и принять Его милость. В числе других важнейших работ можно отметить написанные по-латыни «Метод христианской теологии» (Methodus Theologiae Christianae, 1681), где он в наиболее систематическом виде излагает свои теологические воззрения, и автобиографию «Наследие Бакстера» (Reliquiae Baxteri-апае, 1695). Эти и другие книги Бакстера отмечены евангельским пылом, стремлением вернуться к истинному благочестию, страстным желанием примирить враждующие части христианства.
Теология Бакстера отличалась умеренностью и взвешенностью. Он старался избегать полемической остроты и искал теологическую середину между крайностями. В ложных учениях он стремился выявить зерно истины, пытаясь быть миротворцем в теологии, а не только в экклезиологии. Естественно, он оказался весьма непопулярным среди многих своих современников. К примеру, кальвинистов не устраивало, что он разделяет концепцию всеобщего искупления; арминиане же были недовольны, что он согласен с идеей личного избранничества. Бакстер защищал свою позицию, отсылая критиков к Св.Писанию и разуму