Утром 17 октября 1941 года в город ворвались захватчики. Многие из авиастроителей остались под немцем. Началась 680 дневная фашистская оккупация. Часть заводчан вернулась в город, потому что не смогла выехать. Слишком быстро все произошло. В конце октября 1941 года комендант Таганрога докладывал начальству о сохранившихся в Таганроге фабриках и заводах, в их числе «об авиазаводе имени Димитрова № 31. Расположен у морского аэродрома, необыкновенно большой, современный завод, на котором можно вырабатывать до 100 самолетов в месяц. Русские вывезли большую часть машин, но его вполне можно приспособить под нужды армии, как ремонтный завод».
Правда, вначале дело у фашистов шло туго. Разминировали здания, но вот организовать работу не получалось. В январе 1942 года на заводе № 31 работало на германское командование всего 25 человек. Потом когда линия фронта отодвинулась, и Таганрог стал тыловым городом, когда перестали совершать на город советская авиация, началась планомерная с немецкой педантичностью организация всего, что могло помочь фашистской армии.
Через биржу труда и полицейские участки на завод стали сгонять оставшихся работников. Нашлись и добровольцы. В феврале 1942 года здесь уже действовал филиал фирмы «Юнкерс». Директор было немец Гофман, а русским директором стал П.Г. Кулаков, работавший войны бухгалтером на предприятии. Стали функционировать некоторые цехи и участки. Потом сюда согнали русских пленных из ближних лагерей и выздоравливающих из госпиталей. Начальником русской охраны завода, а была и немецкая охрана, стал эмигрант бывший белый генерал К.А. Васнецкий. Всего на заводе работало около 500 человек, русских и немцев. Были созданы две большие бригады по ремонту самолетов, чаще всего «юнкерсов». Действовал механический цех, большой цех был занят ремонтом автомобильной техники. Запчасти для самолетов делала бригада во главе которой стоял Клочков, племянник Кулакова. Его не любили в бригаде, он был немецкий прихвостень.
Однажды в его бригаде случалась авария, сорвался с крепления почти готовый самолет лет и сильно помялся. Клочкова отстранили от работы, а мастера-немца отправили на фронт. Всех рабочих вызвали на допрос. Больше недели гестаповцы искали виновных. Причину аварии все же установили. Нашли подпилы в креплении стапеля. Отдельная бригада ремонтировала наши самолеты, но руководил ею немецкий мастер, которого за глаза звали «12-головый змей»… Летом 1942 года на заводе обнаружили листовки, в «Карантине» был подожжен склад с бензином.
Осенью 1942 года завод стало лихорадить. Поступало много разбитой техники: самолетов, автомашин из-под Сталинграда. Было налажено какое-то сотрудничество с Запорожским заводом. Биржа труда присылала новых рабочих. Периодически на заводе что-то «случалось». В октябре сгорел цех с ацетоновыми красителями, там взорвалась цистерна с краской, сгорело несколько автомашин, и готовый к покраске самолет. Вскоре на железнодорожном участке взорвалась цистерна с бензином и сгорел паровоз с несколькими вагонами. В тот же день гестапо арестовало 50 рабочих. Большинство из них не вернулись.
Осенью 1942 года на заводе ввели двухсменную работу. Увеличилось число мастеров-немцев. Завод был забит разбитой техникой, а город ранеными гитлеровцами. Позже на заводе увеличен рабочий день, введены карцеры (их фашисты называли «комнаты отдыха»). Туда сажали рабочих за малейшую провинность (за малейший брак, за пререкания с мастером, за перекур в работе). Мордобой был обычным делом.
После разгрома под Сталинградом фашисты ввели строгий режим на заводе. 12 часовой рабочий день, за неявку на работу – арест, за простой и брак лишали недельного пайка хлеба, а это было самое страшное наказание тогда. Город голодал. Бригадиры и мастера имели права бить рабочих. С новогодней ночи 1943 года начались бомбежки Таганрога нашей авиацией. Особенно доставалось комбайновому заводу и нашему. На заводе № 31 возник сильный пожар, сгорел механический цех и бензосклад на аэродроме. В январе 1943 года участились аресты, облавы, расстрелы. В феврале 1943 немцы стали вывозить оборудование в Запорожье. Готовили списки рабочих для эвакуации туда же. Забрали у всех работающих паспорта. Часто стали арестовывать рабочих прямо на рабочих местах. Завод снова заминировали теперь фашисты и готовили его к взрыву. Это было поручено гестаповцу и генералу Васнецкому.
В ночь на 19 февраля 1943 года гестапо арестовали группу рабочих прямо дома на Лермонтовском переулке. Вскоре завод «Юнкерс» был эвакуирован, а на предприятии разместились мастерские по ремонту автотранспорта. Вернулся русский директор Кулаков. Он продолжал руководить русскими рабочими. Были попытки украсть оружие из караульного помещения рус-ской охраны. Поймали двух молодых ребят и забили до смерти. После появления листовок в цехах было арестовано 10 заложников, и их больше никто не видел. Летом фашистов на заводе снова залихорадило. Близился конец их власти. Снова сгоняли рабочих и вывозили на автомашинах, на баржах из порта в Севастополь, Запорожье, Сталино. Многие рабочие просто прятались. В августе фашисты заминировали в очередной раз главный корпус завода. 27 августа началось бегство немцев с завода. Перед самым приходом наших войск заводские корпуса были взорваны.
В черные дни фашистской оккупации Таганрога территория и корпуса завода пытались использовать в своих целях немецкие фирмы «Юнкерс», «Басер», «Киршенгоф» и «Ваулайтунг». А летное поле и территорию завода использовали различные боевые и вспомогательные подразделения Люфтваффе. Так уже 21 октября 1941 года на заводской аэродром перебазировались истребители «мессершмидты».
Много заводчан погибло в годы оккупации от рук фашистов и их пособников, многие умерли от голода, сотни были вывезены на принудительные работы в Германию. Кто-то поехал добровольно. Всего из Таганрога было вывезено в Германию более 27 тысяч горожан. Было ли на заводе в дни оккупации организованное подполье, или все эти аварии, и взрывы, и листовки - дело рук героев-одиночек остается неизвестным до сих пор.
Но среди активных участников Таганрогского подполья были десятки недавних авиастроителей. Их боевые дела, их мужество и сегодня являются для нас примером служения Отечеству. Смертью героев пали в борьбе с фашизмом в рядах подпольщиков Петр и Раиса Турубаровы, Василий Афонов, Андрей и Михаил Талпа, Алла Варфорломеева, Александр Грибчатов, Степан Мостовенеко, Николай Куликов, Михаил Чередниченко и многие другие.