Доминиканцы к началу XVI века церковь отстроили в новом в церковном зодчестве Северной Германии стиле поздней готики.
В первую очередь в церкви Святого Иоанна «новостильными» явились перекрытие из сетчатых сводов, а также ступенчатый западный фронтон, увенчанный старинным петушком-флюгером, более «оперативно» указывающим направление ветра в сравнении с остальными тремя рижскими петухами, венчающими шпили главных церквей.
В период Реформации в 1523 году толпа разгневанных горожан, ворвалась в церковь Святого Иоанна, подвергнув её интерьер разгрому, после чего церковь оказалась заброшенной и запечатанной.
И стала церковь надолго: сначала – конюшней, затем – зернохранилищем и, перед новым возрождением – оружейным складом.
С приходом нового сюзерена Риги польского короля Стефана Батория в 1581 году изменились судьбы рижских церквей – Яковлевской (на тот момент лютеранской) и Иоанновской (пока не функционировавшей как церковное здание).
Стефан Баторий распоряжается отдать Яковлевскую церковь католическому обществу иезуитов. Рижские лютеране, по его указу, безвозмездно получают в своё бессрочное распоряжение Иоанновскую церковь. Таким образом, храм Святого Иоанна Крестителя перешёл во владение латышской лютеранской общины, которая сразу же организует его расширение и перестройку.
илл. к гл.9.2 http://www.proza.ru/2016/09/18/1077 Церковь св. Иоанна. Вид с церкви св. Петра. 1972 год. Фото из Интернет